Uruqvayda iki partiya (Kolorados və Ağlar) arasında daima mübarizə gedir. Dövlətin səriştəsizliyi sayəsində bu iki partiya daima şəxsi düşmənçilik və ideoloji mübarizə gedir. Bunun nəticəsində qarşılıqlı toqquşmalara və kütləvi ölümlərə səbəb olurdu. Uzun illər davam edən Uruqvay Vətəndaş müharibəsi nəhayət ki 1851 ildə bitir. 1850-ci illərdə ölkədə barışıq sazişi imzalanır ki, bu da ölkədə inkişafa səbəb olur. Bu inkişaf Fuzionizm adlandırılır. Bir müddət sonra Kolorados partiyasının bəzi üzvləri bu inkişafı Ağların hakimiyyətin gücləndirilməsinə səbəb olması bildirirlər və buna qarşı çıxırlar. Həmin üsyançılar tutulur və edam edilir. Flores fuzionizmə qarşı cıxaraq Argentinaya müraciət edir. Belə ki bu vaxt orada Argentina konfedarasiyası və Buenos Ayres hökuməti arasinda mübarizə gedir. Kolorados partiyası ilə Batolome Mitre arasında birgə mübarizə haqqında anlaşma imzalanır. Bu köməyin sayəsində 1861-ci ilə Pavon döyüşündə Argentina Konfederasiyası məğlub olur və Argentina birləşdirilir. 1863-cü ilin may-iyun aylarında Mitre verdiyi sözə qismən də olsa, əməl edir. Flores hökumətə qarşı çıxaraq "Qurtuluş yürüşü"nə başlayır. Uruqvayın Paraqvayla ittifaqa girmək istəyi bir nəticə vermir, amma Karlos Antonio Lopesın oğlu bu birliyi dəstəkləyir. Səbəb o idi ki, o, Argentinanın Rio-de-la-Plata vitse-krallığının ərazisini bərpa etmək üçün Uruqvay və Paraqvayı işğal etmək istədiyini düşünürdü. 1863-cü ildə Argentina federalistlərinin rəhbəri Urkiso bu birliyə qoşulur. Braziliya Uruqvayda hadisələri diqqətlə izləyirdi. 1852-ci ildəki Rosasodakı hücumdan sonra Braziliya Rio-de-la-Plata hövzəsində hökmranlıq etməyə başladı. Argentina və Uruqvay arasındakı mübarizədə hansısa tərəfin güclənməsini Braziliya istəmirdi. Uruqvaydakı vətəndaş müharibəsi zamanı oradakı braziliyalılar bundan təbii ki, zərər çəkirdi. Uruqvayın əhalisinin 18%-i (220.000 nəfər) portuqalca danışırdı və onlar özlərini braziliyalı hesab edirdi. Floresın əsas tərəfdarları məhz onlar idi. David Konabario və Antoniu di Soza Netu (Ferropal çevrilişində iştirak edən) Braziliyanın paytaxtına gedərək müdaxilə edilməsini tələb edir. Buna səbəb kimi uruqvaylıların braziliyalıları qırması və fermaları dağıtması göstərilirdi. Bu zaman Braziliyada vəziyyət fərqli idi. Belə ki Britaniya imperiyası ilə müharibə həddində idi. Buna baxmayaraq, Braziliya öz gücünü nümayiş etdirmək üçün Uruqvaya qoşun yeritməyi düşünürdü.

1 mart 1864-cü ildə Bernardo Berronun prezidentlik müddəti bitir və onu Agirre əvəz edir. Braziliya Uruqvaydakı münaqişənin bitməsi üçün ora nümayəndə göndərir. Montevideo hökuməti Paraqvayla ittifaqa arxalanaraq Braziliyanın təzyiqinə əhəmiyyət vermir. 1864-cü ildə Braziliya, Argentina və Britaniyanın vasitəçiliyi ilə ağlar və kolorados arasında danışıqlar başlanır. 4 avqustda danışıqlar dalana dirənir.

10 avqustda Braziliya Uruqvay ərazisinə soxulur. İlk öncə donanma su sərhədini pozur. 24 avqustda Paraqvayın Villa del Salto gəmisi Braziliya gəmilərinə yaxınlaşaraq xəbərdarlıq atəşi acır, sonra Argentina sularına çəkilir. 30 avqustda buna cavab olaraq Uruqvay Braziliya ilə bütün əlaqələri kəsir. 7 sentyabrda braziliyalılar gəmini ələ keçirmək istəyir. Bu zaman heyət gəminin Braziliya donanmasına qismət olmaması üçün gəmini sahilə üzdürərək quma otuzdurur. "General Artigas" gəmisi dokda idi, amma Uruqvay gəminin braziliyalılar tərəfindən ələ keçirilməsinin qarşısını almaq üçün onu satırlar. Braziliyalıların Ağlara qarşı müharibəsindən istifadə edərək Flores və Sarayvo ilə danışıqlar başlayır. 20 sentyabrda sürətli məktublaşmadan sonra Floreslə Braziliya donanmasının admiralı Lisboa arasında gizli sazış imzalanır. 12 oktyabrda Xose Luis Meni Barret əsas qüvvələrdən ayrılaraq 2 gündən sonra Serro Lorqoya doğru irəliləyir. Kiçik toqquşmalar onun hücumunu ləngitsə də, Ağların Melo şəhərini tərk etməsi ilə şəhər ələ keçirilir. Serro Lorqoye döyüşsüz daxil olan braziliyalı qüvvələr şəhəri koloradosa təhvil verərək 24 oktyabrda əsas qüvvələrin yanına qayıdır. Növbəti hədəf Salto şəhəri olur. 28 noyabrda şəhər döyüşsüz təslim olur. Kolorados 4 top və 250 nəfəri ələ keçirir. Paysand şəhəri mühasirəyə alınır. 6–8 dekabrda şəhərə hücuma keçilsə də, nəticə əldə olunmur. Agirre bura 3000 əsgər və 4 top göndərir. Braziliyalılar da bura əlavə qüvvələr göndərirlər.

24 dekabrda Cənub ordusu Paysanda doğru irəliləyir və 2 yanvarda şəhər tutulur. 31 yanvarda ordu paytaxta yaxınlaşır. 27 yanvar 1865-ci ildə Munos 1500 nəfərlə Braziliya sərhədini keçir. Milli qvardiya ilə toqquşmadan sonra İnquaran şəhəri mühasirəyə alınır. Munos şəhərin təslim olmasını tələb etsə də, bir nəticə əldə etməyib geriyə, Uruqvaya qayıdır. 15 yanvarda Agirrenin prezidentlik müddəti bitir və onu Tomas Vilyalbu əvəz edir. Vilyalbu Floreslə danışıqlara gedir. Razılaşmaya əsasən Flores rəsmi seçkilərə qədər prezident vəzifəsini yerinə yetirir.

Martın əvvəlində Flores əsasən kolorados partiyasından ibarət hökumət təşkil edir. Yeni hökumət ordunu və icra hakimiyyətini Ağlardan və Fuzionistlərdən təmizləyir. Braziliya özünə Floresin timsalında müttəfiq tapır. Argentina isə bir tərəfdən Mitrenin köhnə dostunun Floresin hakimiyyətə gəlməsi qane edirdisə də, bu müttəfiqlik nəticəsində Paraqvay müharibəsinə cəlb olunmasına səbəb olmuşdur.