Taksonomiya (ing. taxonomy) — yun. taxis – dərəcə, sıra və qanun – taksonlar, onların qruplaşdırılması və tabeliliyi haqqında elm və ya yaxud təsnifatın prinsipləri haqqında təlim.

Sistematikada bir ərazinin orqanizmləri öyrənilərkən ümumi əlamətləri olan oxşar fərdlər toplusu rast gəlir. Növü təşkil edən belə fərdlər toplusu başqa əlamətlərə malik fərdlər toplusundan aşkar fərqlənir. Məlumdur ki, yalnız eyni növdən olan və cinsi yolla çoxalan fərdlər bir-biri ilə cütləşir, ayrı-ayrı növ fərdləri arasında cütləşmə getmir. Bir çox ümumi əlamətlərə malik növləri taksonun daha yüksək ranqı (dərəcəsi) olan cinsə daxil edirlər. Cinslər isə fəsilədə birləşdirilir və i.a. Taksonların bir-birinə tabe olan formalarının bu qayda ilə yüksəlməsi təsnifatda iyerarxiya sistemi adlanır. Bu sistem əsasında fərdlər, onun zirvəsnndə isə bu sistemin bütün dərəcələrinin tabe olduğu takson durur. İyerarxiyanın əsası ilə zirvəsi arasında müxtəlif taksonlar yerləşir ki, bunların hər birinin tərkibinə özündən aşağı səviyyədə duran bir və ya bir neçə takson daxildir və o özündən yüksəkdə duran mərtəbəyə tabedir. Belə düzülüş taksonomik iyerarxiya, onun ayrı-ayrı mərtəbələri isə taksonomik ranqlar adlanır. Hər bir ranqın taksonları həmin taksonomik kateqoriyalara aiddir. Taksonomik kateqoriyaların iyerarxiyasını ilk dəfə Karl Linney yaratmışdır.

Müasir istifadədə əsas kateqoriyalar aləm, tip (bu kateqoriya bəzən bitkilərdə şöbə əvəzinə istifadə olunur), sinif, dəstə(bitkilərdə sıra) fəsilə, cins və növdür. Yeni növlər yarandıqca və bu növlər arasında qohumluq əlaqələri barədə bilgilər artdıqca növlərin taksonomik vəziyyətini (yerini) daha dəqiq göstərməyin zəruriliyi meydana çıxdı. Bu, göstərilən yeddi kateqoriyanın bölünməsi və əvvəlki kateqoriyaların adlarına "üstü" (super), yaxud "yarım" (sub) sözlərinin əlavə olunması və yeni kateqoriyaların yaranması ilə əldə edilmişdir. Beləliklə, , , fəsiləüstü, yarımfəsilə, triba və s. kateqoriyalar yaranmışdır. Bəzi təbiətşünaslar əlavə bölgü kimi , terminlərindən də istifadə etmişlər. Paleontoloqlar dəstə və sinif arasında kaqorta kateqoriyası işlədirlər.

Müasir təsnifatda müxtəlif əhəmiyyətli 20-dən artıq kateqoriya var. Onlar 3 qrupa bölünür: növ kateqoriyası, növ daxilində populyasiyaları göstərən kateqoriyalar və yüksək taksonların kateqoriyası.