Seleksiyanın nəzəri bazası "genetika" hesab olunur. Geniş mənada, seleksiya kompleks elmdir. O, elm kimi Ç. Darvinin işlərindən sonra formalaşmışdır. Ç. Darvin heyvanların əhilləşdirilməsi və bitkilərin mədəniləşdirilməsi haqqında geniş materialı analiz edərək, süni seçmə haqda təlimini formalaşdırılmışdır. Seleksiya təkamül forması olub, ümumi qanunauyğunluqlara tabedir. Bir proses kimi burada təbii seçmə insan tərəfindən həyata keçirilən süni seçmə ilə əvəz olunur. Seleksiya prosesinin son nəticəsi olaraq sort, cins yaranır.

Bitki sortu, heyvan cinsi və mikroorqanizm ştammları insan tərəfindən süni surətdə yaradılan, müəyyən keyfiyyətlərə malik olan, oxşar irsi xüsusiyyətlər daşıyan və mühit şəraitinə birtipli reaksiya verən orqanizmlərin cəmidir.

Xarici mühitin təsirinə müəyyən reaksiya göstərmək hər bir cins və ya sort üçün xarakterikdir. Məsələn, buğdanın yazlıq sortu yazda, payızlıq sortu payızda əkilir. Əgər biz əksinə etsək, onda heç bir məhsul ala bilmərik. Yazlıq və payızlıq buğda sortları zahirən oxşar olsalar da, onların əsas fərqi mühitin temperatur və fotoperiodik şəraitə reaksiyasına görədir. Müxtəlif heyvan cinsləri də mühitin dəyişməsinə eyni cür cavab vermir. Belə ki, yemləmənin artırılması ətlik qaramal cinsi olan Şorthornun kütləsini artırsa da, yumurta verən Leqqorn toyuq cinsinin kütləsini dəyişmir, lakin onun yumurtlama qabiliyyətini yüksəldir. Beləliklə, sort və ya cinsin müsbət keyfiyyətli fenotip əlamətləri yalnız müəyyən saxlama, yemləmə, aqrotexniki şərait və iqlim amilləri olduqda tam şəkildə meydana çıxır. Müasir bitki sortları və heyvan cinsləri insanın apardığı seleksiyanın nəticəsidir.

Mədəni bitkilərin müxtəlifliyi və coğrafi yayılamsı N. İ. Vavilov və onun əməkdaşları tərəfindən öyrənmişdir. Bunun üçün dünyanın bir çox ölkəsinə ekspedisiyalar təşkil edilmiş (Avstraliyadan başqa) və 1600-ə yaxın bitki növü öyrənilmişdir.

(Bitkilərin yoluxucu xəstəliklərə qarşı immuniteti haqda təlimin müəllifidir. Mədəni bitkilərin mənşə mərkəzlərini öyrənmiş və homoloji sıralar qanununu müəyyən etmişdir).

Mədəni bitkilərin hər birinin öz müxtəliflik mərkəzi vardır. Burada həmin bitkinin çoxlu miqdarda növü və irsən kənara çıxan növ müxtəlifliyi cəmlənmişdir. Hər hansı bir bitkinin növ müxtəlifliyinin və növlərin cəmləşdiyi yer həmin mədəni bitkinin mənşə mərkəzi hesab olunur. Bu mərkəzlər qədim əkinçilik ocaqlarına uyğun gəlir. Vavilov 7 belə müxtəliflik mərkəzini fərqləndirmişdir. Bu mərkəzlər, əsasən dağlıq əraziləri əhatə edir.

Mədəni bitkilərin əksəriyyəti cədvəldə adı çəkilən mərkəzlərin bir və ya bir neçəsi ilə əlaqədar mənşə mərkəzinə malik ola bilər.

Hibridləşmə və seçmə müasir dövrdə bitki seleksiyasında ən geniş tətbiq edilən metodlardır. Bu metodlardan birlikdə istifadə edilir.
Seçmə metodları, seçmə aparılan bitki növünün çoxaldılma formasından asılıdır. Bununla əlaqədar olaraq hazırda kütləvi və fərdi seçmə formalarından geniş istifadə olur. Kütləvi seçmə zamanı yerli sortlar arasında qarşıya qoyulmuş məqsədəuyğun əlamətlərə malik fərdlər ayrılır. Bu zaman pis əlamətlərə malik olan fərdlər çıxdaş edilir. Bir neçə nəsil boyu ümumi kütlə içərisində seçmə aparılaraq müəyyən sort yaradılır.

Kütləvi seçmə ən çox çarpaz tozlanan bitkilərə tətbiq edilir. Çovdar bitkisinin bir neçə geniş yayılmış sortları (məsələn, Vyatka sortu), məhz, bu metodla alınmışdır. Kütləvi seçmə nə qədər dəqiq aparılarsa, yerli sortlardan əmələ gətirilən yeni sortlar hələ genotipcə homo və heteroziqotla qarışıq olur. Belə hallarda seçmə aparılan obyektin içərisində nəzərə alınmayan yararsız əlamətlərin daha artıq yayılması imkanları artırır. Bu cür kütləvi seçmədə nəsilin genetik tərkibi aydın olmur. Deməli, çarpaz tozlanan bitkilərin populyasiyalarında həmişə böyük miqdarda heteroziqot fərdlər olur. Kütləvi seçmə, adətən, sonrakı nəsillərə dəfələrlə tətbiq edilir, lakin bu, birdəfəlik də ola bilər.

Fərdi seçmə çarpaz tozlanan bitkilərlə işləyən zaman çətinləşir. Bu halda fərdi öz-özünə tozlanan xətlərin özülünü qorumaq mümkündür. Fərdi seçmədə ayrı-ayrı fərdlərdə insanı maraqlandıran əlamətləri seçməkdə və ondan nəsil almaqda istifadə edilir. Fərdi seçmə bir dəfə və ya təkrar aparıla bilər. Bu üsul, buğda, arpa, vələmir və s. kimi öz-özünə tozlanan bitkilərə tətbiq edilir. Öz-özünə tozlanan bir fərdin nəsli saf xətt adlanır. Öz-özünə tozlanma zamanı homoziqot formalar yaranır. Nəticədə bir və ya bir neçə saf homoziqot xətdən ibarət sort alınır, lakin saf xətlərdə də mutasiyalar baş verdiyi üçün heteroziqot genotipli fərdlər yaranır. Belə hallarda daha yüksək göstəricilərə malik olan xətlər sonralar seleksiya işində başlanğıc material kimi istifadə edilir.

Təkamüllü fizioloji, davranış genetikası və canlılar biologiyası digər sahələrindəki işlər də, hər nə qədər inkişaf etmiş onurğalı canlılarda nəsillərin ikiyə qatlanma prosesləri uzun çəksə və ya islah etmədə daha çox çətinliklər olsa da, süni seçilimden faydalanırlar

Məşhur seleksiyaçı İ. V. Miçurin bütün həyatı boyu meyvə bitkilərinin seleksiyası sahəsində işləyərək yeni meyvə-giləmeyvə bitkilərinin yaradılmasında xeyli miqdarda praktiki nəticələrə nail olmuşdur. Onun fəaliyyətində mühüm nəticə ondan ibarət dir ki, o, bitkilərin uzaq hibridləşməsi haqqında təsəvvürlərin inkişafına imkan yaratmışdır, lakin İ. V. Miçurin yeni sortların yaradılmasında əsas olan hibridləşmə və seçmə metodlarından o dəqiqə istifadə etməmişdir. Özünün fəaliyyətinin başlanğıcında, o, belə bir təsəvvür irəli sürüdü ki, meyvə ağaclarının yeni mədəni sortlarının yeni mühit şəraitinə uyğunlaşması, onların gövdəsinə dözümlü və soyuğadavamlı sortları calaq etməklə nail olmaq olar, lakin bu yolda İ. V. Miçurin kədərlənir və müvəffəqiyyətsizliyə yuvarlanır.

Sonralar İ. V. Miçurin hibridləşmə və seçmə metodları ilə işləməli olur (şəkil 3). Hibrid bitkilərdə əlamətlərin inkişafının xarici mühit şəraitindən asılılığını müəyyən edərək İ. V. Miçurin dominantlığın idarə olunmasının mümkünlüyünü göstərdi. Yaxşı gübrələnmiş torpaqlarda hibrid bitkilərin yetişdirilməsi, onlarda yüksək məhsuldar sortun xassələrinin formalaşmasına imkan yaradır, lakin qeyri-əlverişli iqlim şəraitinə davamlılığının azalmasına səbəb olur. Əksinə, daha az münbit torpaqlarda yetişdirilən zaman yüksək mədəni keyfiyyətlərə malik hibrid bitkilər az inkişaf etmişdir.

Təbii Seçmənin çox qədim bir tarixi var. Bəzi canlıların təbiətə qarşı təsadüfi bir şəkildə daha üstün hala gəldikləri fikrini ilk irəli sürən adam e.ə. 450-ci illərdə yaşamış olan Empedokl dur. Daha sonra şagirdi Lukretius , daha sonra Aristotel, kimi adlar bu fikri təyin etmiş və inkişaf etdirmişdir. Biruni də təbiətdə bu tip bir seçmə olduğunu irəli sürmüşdür. 18-ci əsrdə bir müddət fasilədən sonra təkrar gündəmə gələn təbii seçmə fikri, tərəfindən aktuallaşdırılmışdır, lakin bütün bunların fikirlərindən yola çıxıb, möhtəşəm bir müşahidə gücü və müqayisə qabiliyyətiylə, ətraflı şərhləriylə irəli sürən və o günə qədərki Platonçu və Lamarkçı izahlardan təmizləyən adam, Çarlz Darvindir.

Darvin, Biql səfərinə çıxdığı illərdə, Christ's College'də oxuyurdu. Bura, rahib alimlər yetişdirən bir teologiya (din-elm) məktəbi idi. Burada Darvin, məşhur botanik teoloq olan John Stevens Henslow'un rəğbətini qazanmışdı. Henslow təbiətdə müəyyən səbəblərdən bu qədər böyük bir müxtəliflik və canlılar arasında kiçik fərqliliklər olduğunu düşünürdü. O dövrə qədər bir çox insan İncildəki yaradılışı təsdiq etməyə çalışmışdı, lakin konkret dəlillərə çatılmamışdı. Bu səbəblə Henslow, İncildəki yaradılışın gözəlliyi və gücünü sübut etmək və konkret tapıntılar əldə etmək üçün, ən parlaq şagirdlərindən biri olan Çarlz Darvini seçmiş və Biql gəmisinin çıxacağı səfər üçün Kapitan Robert FitzRoya onu təklif etmişdi. Yəni Darvin, həmin vaxt rahib olmaq üçün təhsil alırdı və güclü bir şəkildə yaradılışa inanırdı. Biql təklifini qəbul etmə səbəbi də təbiətə olan inanılmaz eşqi və yaradılışı elmi olaraq isbat edən ilk adam olma arzusu idi. Darvinin səfəri tam 5 il davam etdi və yaradılışı sübut etmək baxımından xəyal qırıqlıqlarıyla dolu keçdi, lakin heç bir zaman, Təkamül Əleyhdarlarının iddiasındakı kimi Qalapaqos adalarında "vəhy enmiş kimi" Təbii Seçmə qanununu tapmadı; onsuz da özündən əvvəlki bir çox insan bu fikri irəli sürmüşdü. O isə, bu fikirlərin nə qədər doğru, yaradılış inancının isə nə qədər əsassız olduğunu, 5 illik çalışma və tədqiqatlar nəticəsində gördü və bu müşahidələrini elmi bir təlim halına gətirdi.

Təbii seçmə, həqiqətən də olduqca güclü və təsirli bir təbiət qanunudur. Çünki vəhşi təbiət, bu anda evinizdə oturduğunuzda xəyal edə bilməyəcəyiniz qədər kompleks proseslər üzərinə qurulmuşdur və ən kiçik bir səhv ölümlə nəticələnir. Hərçənd heç bir canlı mükəmməl olmadığı və Müxtəliflik Mexanizmləri sayəsində davamlı olaraq canlılar arasında bəzi fərqliliklər meydana gəldiyi üçün (əkiz olmayan qardaşınızdan və ata-ananızdan nə qədər fərqli olduğunuzu düşünün), təbiətdə bəzi canlılar mühitə uyğunlaşmış, bəziləri isə uyğunlaşa bilməmişdir. Bu, təbiətdə davamlı bir seçmənin olmasını da özü ilə gətirməkdədir. Çünki ilkin canlılıqdan bəri təkamülləşən "var olma məqsədi" aydındır: Həyatda qalmaq və törəmək. Bunun xaricindəki bütün həyat məqsədləri (sənət, musiqi, əyləncə, dinclik, din, və s.) insan tərəfindən zəkanın təkamülüylə birlikdə uydurulmuşdur və başqa heç bir canlıda bu ikincil həyat məqsədləri yoxdur. Bu ikincili məqsədlərin təbiət üçün heç bir mənası yoxdur və etibarsızdır. Bu uydurulmuş həyat məqsədlərindən hər hansı birini və hətta heç birini etmədən nəslinizi və varlığınızı davam etdirə bilərsiniz — ki təbiət üçün əhəmiyyətli olan, nəslin artırılmasıdır. Məsələn, insan növü həyatda qalma mübarizəsinə son versə və ya törəməkdən imtina etsə, ən yaxşı ehtimalla 90 ildə tək bir insan fərdi belə həyatda qalmaz və insan növünün nəsli kəsilər. Bu səbəblə, insanların da, özü kimi olan digər bütün heyvanlar və canlılar kimi var olmasında tək məqsədi həyatda qala bilmək və çoxalmaqdır.

Təbii Seçmə, təməl olaraq bunlardan birincisiylə, həyatda qalmaqla əlaqəlidir. Təbiətdəki bəhs etdiyimiz müxtəlifliklər səbəbiylə, üstün olanlar davamlı olaraq seçilir və gələcək nəsillərə özlərindəki üstün xüsusiyyətləri təmin edən genləri köçürmə şansı əldə edirlər. Bunun nəticəsində, hər dəfəsində, bir qədər daha çox üstün gen köçürülür və hər yeni nəsildə meydana gələn bala fərdlərin mühitə daha da adaptasiya olmaları təmin edilir. Buna "təcrübəli seçmə" (təcrübəli təkamül) deyilir.^{[mənbə göstərin]}

İstiqamətli təbii seçmə müəyyən bir xüsusiyyətin üstün olduğu vəziyyətlərdə, Təkamülün müvəqqəti o istiqamətə doğru irəliləməsi və o xüsusiyyətə sahib olan fərdlərin üstün mövqeyə keçmələridir. İstiqamətli Təbii Seçmə nəticəsində, orijinal populyasiyadakı bir xüsusiyyətin paylaşılması, başqa bir oriyentasiyaya doğru, istiqamətli olaraq sürüşür.

Bir populyasiyadakı fərdlərin hər bir xüsusiyyəti, təməl olaraq bir qrafik göstərir. Beləliklə, bəzən uclarda olmaq üstün olmamağa səbəb ola bilər. Məsələn, bir insan körpəsi normal olaraq 3–4 kq və 45–55 santimetr olaraq doğulur; çünki ana bətnindən çıxa bilmək üçün orta hesabla bu xüsusiyyətlərdə olmaq lazımdır. lakin xüsusilə kilo baxımından bu sərhədlərə uyğun gəlməyən körpələr, doğum əsnasında ölə bilərlər. Yəni çox ağır və ya həddindən artıq zəif doğulan körpələr, ya ana bətnindən çıxa bilməyəcək ya da həyatda qala bilmək üçün lazımlı olan ağırlığa sahib ola bilməyəcəklər. Bu səbəblə də ölərək məğlub olacaqlar və hər vaxt orta vəziyyətə, çəkiyə sahib olanlar üstün olacaq.

Xüsusiyyət paylaşması baxımından uclarda qalanlar uduzur və ortalardakı fərdlər dəstəklənir. Bunun nəticəsində uc tərəfdəki fərdlər həyatda qala bilməyib sayları azalır və ortalardakı fərdlərin sayı artır. Buna, stabilləşdirici təbii seçmə deyilir.

Bu vəziyyətdə isə, parabola əyrisinin ortasındakı fərdlər üstünlüksüz mövqedə qalacaq və uclardakılar üstün mövqeyə keçəcəklər. Məsələn bir bitki üçün, çox uzun boylular yüksəkdən uçan heyvanlar tərəfindən, alçaq boylular isə yerə yaxın yaşayan heyvanlar tərəfindən tozlandırılacaq, amma orta boya sahib olanların səviyyəsində yaşayan bir heyvan yoxdursa, tozlanmaları çətinləşəcək və çoxala bilməyəcəklər. Bu vəziyyətdə, uclarda olan fərdlər üstün mövqeyə keçəcək və saylarını artıracaqlar.

Pozucu Təbii Seçmə, bir populyasiyadakı fərdləri ikiyə bölməyə meyllidir və bu, növyaranma prosesini inanılmaz dərəcədə dəstəkləyən bir xüsusiyyətdir. Pozucu Təbii Seçmə sayəsində ikiyə bölünən bir populyasiyadan, fərqli istiqamətlərdə təkamül keçirməsi nəticəsində yeni növlər ortaya çıxacaqdır.

Təbii Seçmə təbiətdə fərqli formalarda baş verə bilər.

Təbiətdə bir seçmə olduğu istər istəməz qəbul edilməkdədir, çünki bu Cazibə Qüvvəsi qədər aydın və müşahidə edilə bilən bir faktdır. Təbii Seçmə varsa, Təkamül qaçılmazdır. Fərdlər arasındakı fərqliliklər Təbii Seçmə sayəsində ayırd edilir və bu, davamlı olaraq növlərin dəyişilməsinə səbəb olur.