AMEA Əlyazmalar İnstitutunun toplusuna 222-i fars dilində, 71-i türk dilində (qədim azəri dili və qədim türk dili), 70-i ərəb dilində olmaqla 363 təbabət və əczaçılıqla bağlı orta əsr əlyazması daxildir. Buradakı ən qədim əlyazmalardan biri İbn Sinanın "Tibb elminin qanunu" əsəridir. Bu əlyazmanın nüsxəsi 1143-cü ildə Bağdadda hazırlanıb və 1956-cı ildə Azərbaycan SSR Elmlər Akademiyasının respublika fonduna verilib. Onunla birlikdə Qanunun 1259-cu ildə yenidən yazılmış ikinci əlyazması fonda təqdim edilib. Bu əlyazma daha bütövdür və Qanunun ikinci cildinin üçüncü, dördüncü və beşinci kitablarını göstərir. Bu əlyazmanı köçürən XIII əsrin məşhur həkimi Mənsur ibn İbrahim ibn Əbu Səid Xəmədandır. Bu əlyazmalar yaxşı qorunmuşdur. XIX əsrdən bəri bu əlyazmalar Azərbaycan (Şuşa) həkimi Qayıbovun ailəsində nəsildən nəsilə keçərək saxlanmışdır. Akademiyanın fondunda həmçinin ХIII əsrin sonlarında yazılan ilk "Qanun" kitabı var və bu kitab Şiraz həkimi Qütbəddinin "Qanunu"su və "Şəfa kitabı"nın əlyazmasının şərhidir.

Əlyazmalar institutunun kolleksiyasında olan fars dilindəki məşhur orta əsr əlyazmaları bunlardır: Hacı Zeynalabdin Attarın "İxtiyarat-i Bədii" əsəri (XVIII əsrdə köçürülüb), Mənsur bin İlyasın "Kifayət-i Mücahidə" əsəri (1653-cü ildə köçürülüb), Məhəmməd Möminin "Tuhfat əl-Möminin" əsəri (1713-cü ildə köçürülüb) və s.

Təbabətlə bağlı bir çox kitablar XIV–XIX əsrə aiddir: Yusif bin İsmail Xoyinin "Cam əl-Bağdadi" əsəri (bu kitabın orjinalı 1311-ci ildə ərəbcə yazılıb, ancaq Əlyazmalar institutunun kolleksiyasında bu kitabın orta əsrlərdə farsca tərcüməsi var), Əbdülməcid Təbibin "Kitab əl-Müdavət" əsəri, Həsən bin Rza Şirvaninin "Sirac ət-Tibb" əsəri, "Fəvaid əl-Hikmət" əsəri, Əbülhəsən Marağayinin "Müalicati Münfəridə" əsəri, Murtuza Qulu xan Şamlu Ərdəbilinin "Xirqə" əsəri və s.

İnstitutda həmçinin təbabətlə bağlı ərəbcə, farsca, azərbaycanca, türkcə əlyazmaların nüsxələri var: 1669-cu ildə yazılmış Məhəmməd Möminin "Tuhfat əl-Möminin" əsəri (33 bütöv və yarımçıq nüsxə), 1728-ci ildə yazılmış Məhəmməd Mehdinin "Zəd əl-Müsafirin" əsəri (13 nüsxə), 1586/7–1628/9-cu illərə aid Müzəffər bin Məhəmməd Şəfainin "Qarabadin" əsəri (9 nüsxə), 1368-ci ildə yazılmış Hacı Zeynalabdin Attarın "İxtiyari Bədii" əsəri (5 nüsxə). Bu əlyazmalar içində dünya əhəmiyyətli bəzi nadir və dəyərli nümunələr var.

İnstitutdakı orta əsr əlyazmalarının çoxu XIX və XX əsr alimləri və filosoflarının şəxsi kolleksiyasından gəlir. Bunlara Abbasqulu ağa Bakıxanov, Mirzə Fətəli Axundzadə, Əbdülqani Əfəndi Xalisagarizadə, Hüseyn Əfəndi Qayıbov, Bəhmən mirzə Qovanlı-Qacar, Mir Möhsün Nəvvab daxildir. İnstitut Azərbaycanın hər yerindən əlyazmaları, nadir kitabları və tarixi sənədləri toplamağa davam edir.

Əlyazmalardan üçü — fars mənşəli alim İbn Sinanın "Tibb elminin qanunu" əsərinin II cildi, fars mənşəli həkim Rüstəm Curcaninin "Nizamşahın ehtiyatları" əsəri, ərəb mənşəli həkim və alim Əbu Əl-Qasım Əl-Zəhrəvinin "əl-Məqalə əs-Sələsun" əsəri Azərbaycanda YUNESCO-un Dünya Sənəd İrsi "Dünyanın yaddaşı" siyahısına daxil edilib.

  Əsas məqalə: Zəxireyi-Nizamşahi

Rüstəm Curcaninin "Nizamşahın ehtiyatları" əsəri orijinal əsər olmaqla bərabər məşhur XII əsr Mərkəz Asiya müəllifi Zeynaddin ibn Əbu İbrahim Curcaninin "Xarəzmşahın ehtiyatları" əsərinə oxşayır. Bu əlyazma nadirdir və dünyanın digər əlyazma anbarlarında tapılmamışdır. Hər halda dünyadakı bilinən digər kataloqlarında bu ada rast gəlinməyib. Yazılma ili məlum olmasa da, əlyazma XVI əsrdə (Hicrə ilə 954) köçürülüb.

Kitab tibbi bitkilərin, heyvandan alınan maddələrin, mineralların və mürəkkəb dərmanların əczaçılıq üzrə xüsusiyyətlərinin təsvirini verir. Bu kitab farsca danışan və ya fars dilinin istifadə edildiyi ölkələrdə təbabət və əczaçılığın inkişafına təkan verib. Azərbaycanda bu kitab qismən tədqiq edilib. Əsər əlyazma şəklində qalıb və hələ də tərcümə və çap edilməyib.

Əlyazma Nəstəliq xətti ilə ağ kağızda qara mürəkkəb ilə yazılıb. Başlıqlar qırmızı mürəkkəb ilə yazılıb. Cildlənməsi qara dəridəndir. İlk səhifə ornamentlə naxışlanıb.

  Əsas məqalə: Əl-qanun fit-tibb

Bu əlyazma Azərbaycanda "Qanun" əsərinin ən qədim əlyazmasıdır və dünyada ən qədim əlyazmalardan biridir. Əlyazma 1143-cü ildə (Hicrə ilə 537) Bağdadda köçürülüb. Tibb elminin qanunu əsəri əczaçılıq və təbabət sahəsindəki ən qədim kitablardan biridir. İkinci kitab əsasən əczaçılığa həsr edilib. O, yüzlərlə təbii dərmanın əczaçılıq baxımından təsvirini verir: bitkilər, minerallar və heyvanlardan alınan maddələr. Bu əlyazmanın nadir olmasının səbəbi əsərin ən qədim əlyazmalarından biri olmasıdır, hansı ki, müəllifin ölümündən 104 il sonra köçürülüb. Tibb elminin qanunu əsərinin ikinci cildi Bakı əlyazmasından özbək və rus dilinə tərcümə edilib.

Əlyazma qalın ağ kağız üzərində yazılıb. Mətndə qara, başlıqlarda qırmızı mürəkkəbdən istifadə edilib.

  Əsas məqalə: Əl-məqələtus-səlasim

Bu əlyazma ərəbcə yazılmışdır və "Cərrahiyyə və cərrahi alətlər" haqqında yazılan ümumi kitabın cildlərindən biridir. Nadir əlyazma dünyada bu kitabın ən nadir və ən qədim əlyazmalarından biridir. Kitabda təxminən 200 tibbi cərrahi alətin şəkli var. Zəhrəvi (1013-cü ildə ölüb) bu qədər çox cərrahi alətin şəklini təqdim edən tək orta əsrlər müəllifidir və onların tətbiqini də izah edir. Bakı əlyazmasının faksimilesi və rus dilinə tərcüməsi 1983-cü ildə Moskvada Professor Ziya Bünyadov tərəfindən edilib.

XI əsr kitabının XIII əsr nüsxəsi olan bu kitab filiqranlarla nazik ağ kağız üzərində qara mürəkkəb ilə yazılıb. Fəsillərin başlıqları qalın hərflərlə yazılıb.

• Azərbaycanda YUNESCO-nun "Dünyanın yaddaşı" obyektlərinin siyahısı
• Azərbaycanda YUNESKO-nun Ümumdünya irsi obyektlərinin siyahısı
• Azərbaycanda YUNESKO-nun qeyri-maddi mədəni irs siyahısı
• Azərbaycanda YUNESCO-nun təhlükə altında hesab etdiyi dillərin siyahısı