Transilvaniyada şahzadə IV İştvan Batori və Macarıstan vəliəhdi Stefan Teleqdinin qızı Katerina Teleqdinin ailəsində anadan olub. Padua Universitetində oxuyub. 1571-ci ildə qısa bir vətəndaş müharibəsi nəticəsində Transilvaniya şahzadəsi oldu.

1574-cü ildə Valua kralı Henrinin qaçmasından sonra Polşa-Litva Birliyində kralsızlıq dövrü başladı. Pravoslav Qərbi Rus əyanları (aralarında Kşiştof Qrayevski də seçilirdi) Moskva krallığı ilə ittifaq bağlamaq və türklərə və Krım tatarlarına qarşı birgə mübarizə aparmaq üçün çar Polşa tacına namizədlər kimi irəli sürdü. Daha sonra namizəd olaraq, Osmanlı ilə mübarizə kursundan da sadiq qalan və Moskva tərəfindən dəstəklənən, Müqəddəs Roma İmperatorluğunun imperatoru II Maksimilian və Maksimiliyanın oğlu, Avstriya arxduke Ernst irəli sürülüb.

Osmanlı sultanı II Səlim ağalara məktub göndərərək, Müqəddəs Roma İmperatorluğunun imperatoru II Maksimilyanı kral seçməməyi tələb etmiş və Osmanlı İmperiyasının vassalı Transilvaniya şahzadəsi Stefan Batory də iddiaçılardan biri kimi göstərilmişdir.

1575-ci ilin sentyabr-oktyabr aylarında Birliyin şərq torpaqlarına (Podoliya, Volıniya və Çervonnaya Rus) tatar basqını orta yerli zadəganları Batoriya namizədliyinə sövq etdi. Onun təkidi ilə o, Polşa krallarına seçildi.

1576-cı ildə Litva Böyük Hersoqluğunun seçki pəhrizinin üzvləri Transilvaniya şahzadəsi və Polşa kralı Stefan Batorini Litvanın Böyük Hersoqluğu elan etdilər.

1578-ci ildə Stiven Bathory ailəsi üçün Livoniya Krallığının taxt-tacı hüququnu əldə etdi. Milliyyətcə bir macar (Szekei) olan və macar və moldavan dillərini və Venesiya ləhcəsini bilən Stefan, demək olar ki, nəzarəti altında olan Birlik əhalisinin milli dillərində danışmırdı və təbəələri ilə latın dilində danışırdı.

1579-cu ildə Moskva dövlətinə qarşı yürüşə çıxdı, Sokol qalasını aldı, 4000 müdafiəçini vəhşicəsinə məhv etdi. 1580-ci ildə Velikiye Lukini tutdu. Qayıdandan sonra son bir neçə il ərzində o, Qrodno şəhərində yaşamış, burada yeni kral iqamətgahı üçün Köhnə Qalanı yenidən qurmuş, lakin 1586-cı ilin dekabrında qəflətən uremiyadan vəfat etmişdir (cəsədinin yarılması ilk belə tibbi müayinə hesab olunur). Şərqi Avropada sənədləşdirilmiş akt); Qrodnoda əvvəlcə dəfn edildi, lakin sonra tabutu Krakova aparıldı və Vaveldə dəfn edildi. Ölümündən sonra Reç Pospolitada kralsızlıq başladı, Sigismund Vasa tərəfindən qazanılan yeni monarx üçün seçkilər keçirildi.