Sonuncu şam yeməyi əsəri 450 × 870 sm (15 x 29 fut) ölçüdə olub İtaliyanın Milan şəhərindəki Santa Mariya della Qrasiya monastırının yemək otağının arxa divarında çəkilmişdir. Da Vinçi əsəri işlədiyi zaman otaq yeməkxana olmasa da, bu mövzu məbəd yeməkxanaları üçün üstünlük verilən ənənəvi mövzulardan olmuşdur. Əsərin işlənməsi zamanı monastırın əsas kilsə binası yenicə tamamlansa da (1497) Ludoviq Sfroza tərəfindən tutulmuş Donato Bramante tərəfindən yenidən işlənilir və binanın ailəsinin türbəsi olması nəzərdə tutulurdu. Əsər də Sfroza tərəfindən türbənin mərkəzi divarını bəzəmək üçün sifariş edilmişdi. Şəklin əsas hissəsinin üstündə olan tavanla əsər arasındakı hilal şəkilli aralıq hissə, üç kəmər sırasıyla bəzədilərək mərkəzdə Sfroza ailəsinin gerbi təsvir edilmişdir. Sonuncu Şam Yeməyi əsərinin işləndiyi divarın qarşısındakı divarda isə İsanın (ə.s.) xaça çəkilməsi səhnəsini təsvir edən bir əsər işləmişdir. Leonardo da Vinçi isə əsərə sonradan Sfroza ailəsinin üzvlərinin təsvirini daxil etmişdir. Lakin həmin əsər, eləcə də əsərə sonradan Da Vinçi tərəfindən əlavə edilmiş obrazlar Axırıncı Şam Yeməyi əsərindən daha çox ziyan çəkmiş və tanınmayacaq qədər pozulmuşdur.

Leonardo təxminən 1495-ci ildə əsəri işləməyə başlamış və 1498-ci ildə əsər üzərində işi bitirərək, üstündə işləməyi dayandırmışdır. Da Vinçinin əsər üzərində işləməyə başladığı tarix dəqiq məlum deyil. "Çünki monastırın arxivi məhv edilmiş, mütəxəssislərin əldə etdikləri yeganə sənəddə isə əsərin 1497-ci ildə işlənməyə başlaması qeyd edilir. Lakin həmin tarix Da Vinçinin əsəri bitirmə tarixinə çox yaxın olduğu üçün heç bir mütəxəssis tərəfindən qəbul edilimir."

Əsərdə İsanın xəyanət barədə xəbərini alan həvarilərin üzündəki təəccüb xüsusilə vurğulanmış, nəzərə çarpacaq şəkildə təqdim edilmişdir. Hər bir həvarinin üzündə özünəməxsus qəzəb, təəccüb dolu baxışlar təsvir olunmuşdur. Da Vinçi həvarilərin simasını qədim əlyazmaları tədqiq etdikdən sonra, oradakı qeydlərə və təsvirlərə əsasən dəqiqliklə göstərməyə çalışmışdır. Bu əsərə qədər isə yalnız İuda, Pyotr, İoann və İsanın (ə.s.) təsvirləri dəqiq şəkildə işlənmişdir. Soldan sağa doğru , və bir qrup şəklində təəccüblü simalarla göstərilmişdir. , Müqəddəs Pyotr və Həvari İoann isə bir üçlükdə təsvir edilmişdir.

İuda yaşıl və mavi rəngli paltarda, xeyli arxaya çəkilmiş və planlarının açığa çıxmasından böyük narahatlıq keçirməsini gizləməyə çalışırmış kimi təsvir olunmuşdur. O, əlində balaca kisə tutub. Ola bilsin ki, bu kisə onun İsanı satması qarşılığında aldığı gümüş və ya onun on iki həvari arasında oynadığı vəznədar roluna işarədir. Həmçinin o, əsərdə yeganə obrazdır ki, dirsəyi stolun üstünə dayanmışdır. Pyotr əsəbi görünür və əlindəki sivri uclu bıçağı üzü qərbə tərəf olmağla İsadan uzaqda tutmuş vəziyyətdə dayanmışdır. Bu ola bilsin ki, onun gələcəkdə İsanın tutulması zamanı Geşemanaya göstərəcəyi sərt reaksiyaya işarədir. Gənc həvari İoann isə bayqın halda təqdim edilmişdir (bəzi tədqiqatçılar bu obrazın xüsusiyyətlərini incələyərək, onun həvari İoann yox, İsaya xüsusi yaxınlığı ilə seçilən Mariya Maqdalena olduğunu və Da Vinçinin bu obrazı şam yeməyində təsvir etməkə xristianlığın hansısa gizli məqamlarına işarə etdiyini iddia edirlər. Çünki Sonuncu şam yeməyini təsvir edən müqəddəs mətnlərin heç birində Mariya Maqdalenanın bu mərasimdə iştirak etməsi haqqında qeydlər yoxdur.

Altı həvaridən sonra, əsərin mərkəzində ən önəmli fiqur olan İsa təsvir edilmişdir. O, qırmızı və mavi paltar geyinmiş, uzun saçları isə ənənəvi şəkildə çiyninə tökülmüşdür. İsanın üzündə qəmli ifadə olmaqla yanaşı, o danışırmış kimi görsənir və başını bir qədər sola əymiş vəziyyətdədir.

İsadan solda isə daha üç həvari – , və növbəti üçlük kimi göstərilmişdir. arxaya itələnməsi açıqca görünür, onu arxaya itələyən Yakov isə coşmuş şəkildə, hər iki əli havada, sinəsini qabağa verərək sanki İsanı qorumağa çalışır. Eyni zamanda Filip də qəmli görünür. Həmçinin o, sanki nəyinsə açıqlanması üçün xahiş edirmiş kimi İsaya doğru əyilərək, ona baxır.

Sonuncu üçlük kimi isə Həvari Matfey, Müqəddəs Faddey və göstərilmişdir. Faddey və Matfeyin üzü Simona doğru çevrilmiş vəziyyətdədir. Ola bilsin ki, onlar, İsanın açıqlamasından sonra beyinlərində yaranmış suallara Simonun cavab verə biləcəyini düşünmüşlər.

O dövrdə Sonuncu Şam Yeməyi təsvirlərində yayğın olan xüsusiyyətlərdən birini bu əsərdə də görmək mümkündür. Belə ki, Leonardo da bir çox XV əsr İtaliya rəssamları kimi əsərdəki personajları masanın bir tərəfində elə oturtmuşdur ki, onlardan heç birinin arxası izləyiciyə tərəf deyil. Lakin daha əvvəlki zamanlarda bu mövzuda çəkilmiş əsərlərdə İuda masanın qarşı tərəfində tək halda, İsa isə İuda xaric digər on bir həvarinin arasında təsvir edilirdi. Leonardo isə yalnız İuda obrazını bir qədər kölgəli təsvir etməklə kifayətlənmiş, lakin onu digər on bir həvaridən ayırmayaraq isayla bir cərgədə, həm də İsanın yaxınlığında təsvir etmişdir. İsa güman edir ki, gələcəkdə onu satacaq adam masada hamıdan əvvəl çörək götürəcək. O, bunları düşünərkən Tomas və Ceyms İsanın verdiyi xəbərə sərt reaksiya göstərirlər. Lakin İsa düşündüklərini həvarilərinə demir. Söhbət əsnasında əhvalı korlanmış İuda özü də bilmədən əlinə bir parça çörək alır. Beləcə mələklər İsanın beyninə zəka işığı salaraq kimin onu satacağı haqqında əvvəlcədən məlumat verirlər.

Əsərdə üç rəqəmi ilə bağlı xüsusi diqqətə layiq xüsusiyyətlərin olması nəzərə çarpır ki, bunu da tədqiqatçılar xristianlıqdakı Müqəddəs Üçlüklə (Müqəddəs Ata, Oğul və Ruh) əlaqələndirirlər. Belə ki, təsvirdə həvarilə üçlük qruplar şəklində əyləşmişlər, İsanın arxasında üç pəncərə var və ən nəhayət İsanın duruş şəkli əsərin tam mərkəzində bir üçbucaq əmələ gətirir. Lakin bu üçbucağı gizli paqan təriqətlərlə də əlaqələndirən tədqiqatçılar vardır.

Da Vinçi Sonuncu Şam Yeməyi əsərini suvağa nisbətən daha sərt və quru divar üzərində işləmişdir və bu səbəbdən də o, əsl freska deyil. Çünki rəssam işi freska kimi qəbul edilə bilməz. Leonardo o zamana qədər mövcud olan freska yaradıcılığı ənənələrindən kənara çıxaraq daş divarın səthini yonaraq hamarlaşdırmış, və ilə üzlədikdən sonra, tempera ilə həmin səthi sərtləşdirmişdir. Məhz bu səbəbdən də Leonardonun əsəri tamamlamasından bir neçə il sonra artıq xarab olmağa başlamışdır.

Sonuncu şam yeməyi əsərinin iki erkən nüsxəsi mövcuddur ki, onların da Leonardonun hansısa tələbəsinə aid olması güman edilir. Nüsxələr demək olar ki, orijinalla eyni ölçülərə malikdirlər və əsərdən fərli olaraq kağız üzərində olan erkən nüsxələrdə bəzi xırda detallar xarab olmadan, dəqiqliklə dövrümüzə çatmışdır.

1517-ci ilin əvvəllərində əsərin parçaları artıq yavaş–yavaş qoparaq tökülməyə başlamışdır. 1556-cı ildə – Leonardonun əsəri tamamlamasından 58 il sonra Leonardonun bioqrafı artıq qeyd edir ki, əsərin yalnız qalıqları durur və sonra bildirir ki, obrazların kimliyini seçmək mümkün deyil. 1652-ci ildə əsər boyunca qapı arası hissə (sonradan həmin hissənin əvvəlki kimi bərpa edilməsi də mümkün olmayıb) kəsilmiş, daha sonra isə yerinə yapışdırılaraq bərpa edilmişdir. Bunu indi əsərin mərkəzi hissəsinə yaxın düzgün quraşdırılmamış arka detallarından açıqca görmək mümkündür. Əsərin ilkin nüsxələrinə istinad edərək qeyd edilir ki, İsanın ayaqlarının duruşu gələcək xaça çəkilmə hadisəsini simvolizə edəcək şəkildə çəkilmişdir. Lakin bu gün əsərin həmin hissəsində sonradan kobud şəkildə quraşdırılmış arka var və İsanın ayaqları detalı yalnız ilkin nüsxələrdə qorunmuşdur. 1768-ci ildə isə əsəri qorumaq məqsədi ilə uzun illərdən bəri əsərin üstündən asılmış pərdə götürülmüşdür. Lakin xeyirxah məqsədlə edilmiş bu dəyişiklik də əsərin zədələnməsinə və ziyan çəkməsinə səbəb olmuşdur. Belə ki, uzun illərdir pərdənin qoruduğu əsərin üzü açıldıqdan sonra divarın nəmlənməsi nəticəsində əsər islanmış, təkrar pərdənin divara asılması zamanı isə pərdə sulu divara yapışaraq əsərin rənglərinin qarışmasına və daha da xarab olmasına səbəb olmuşdur.

1796-cı ildən etibarən monastırın yeməkxanası İtaliyaya soxulmuş fransız ordusunun silah anbarı kimi istifadə olunmağa başlayır. Fransa ordusunun əsgərləri əsərin üstünə daşlar ataraq ona çox ciddi zədələr vurur, bu da azmış kimi, nərdivanla yuxarı çıxaraq həvarilərin gözlərini oyur və divarda deşiklər açırlar. Leonardonun yaratdığı dünya mədəniyyətinin ən nadir incilərindən biri olan bu divar rəsmi tanınmayacaq hala salınaraq zədələndirilir. Daha sonra isə monastırın həmin yeməkxanası həbsxana kimi istifadə olunmağa başlayır. Həmin dövrdə də əsərə çox ciddi ziyan vurulur.

İkinci dünya müharibəsi zamanı, 15 avqust 1943-cü ildə monastırın yeməkxanası bomba ilə vurulur. Qumla doldurulmuş torbalar vasitəsiylə əsərin bombanın qəlpələrindən zədə almasının qarşısı önlənsə də bombanın yaratdığı güclü titrəmə də əsərə zərbə endirir.

Əsərin ilk dəfə bərpa olunmasına 1726-cı ildə tərəfindən cəhd edilmişdir. O, əsərdə qopmuş hissələri yağlı boya ilə bərpa etməyə cəhd etmiş, sonra isə bütün divar rəsmini vernikləmişdir. Lakin bu bərpa uğurlu alınmamış, növbəti bərpa isə 1770-ci ildə tərəfindən edilmişdir. əsərə əlavə etdiyi bütün hissələri (yağlı boya ilə işlənmiş detalları) əsərdən təmizlədikdən sonra, divar rəsmini demək olar ki, yenidən işləmişdir. O, demək olar ki, əsərdəki hər şeyi yenidən işləmiş, yalnız sonuncu üç simaya (Matfey, Faddey, Simon) əhalinin ciddi etirazından sonra toxunmamışdır.

Fransızların divar rəsminə vurduqları ciddi zədələrdən sonra əsər üzərində ilk bərpa işlərini aparmaq həvalə edilir. Freskaların bərpası üzrə tanınmış mütəxəssis olan Barezzi 1821-ci ildə əsər üzərində bərpa işlərinə başlayır, lakin qısa müddət sonra o, işini yarımçıq saxlamalı olur. Çünki o, Da Vinçinin yaratdığı bu əsərin bir freska olmadığını, sadəcə olaraq çox məharətlə yaradılmış möhtəşəm divar rəsmi olduğunu anlayır. Lakin bu zaman artıq çox gec idi. Çünki artıq Barrezi bu həqiqəti anlayan kimi əsərin mərkəzi hissəsinə (İsa və onun yaxınlığında olan həvarilərin surətinə) böyük zədə vurmuşdu. Əsəri bərbad hala salmasından çox kədərlənən Barezzi daha sonra əsrin mərkəzi hissəsindən qoparılmış parçaları gillə yerinə yapışdırmağa cəhd etmişdi.

1901–1908-ci ildə ilk dəfə əsərin ciddi tədqiqinə başlanmışdır. ehtiyatla və səliqəylə əsərin ətrafı tədqiqi və öyrənilməsi ilə məşğul olmuş, daha sonra isə onu sonradan əlavə edilmiş ünsürlərdən təmizləmişdir. 1924-cü ildə isə əsərdə bir qədər də təmizləmə işləri aparmış və bəzi hissələri alçı ilə bərkitmişdir.

İkinci dünya müharibəsi zamanı, 1943-cü ildə divar rəsminə qarşı edilmiş bombalı hücumdan sonra isə əsər üzərində ilk bərpa işlərini 1951–1954-cü illərdə aparır. Pelisiolli əsərin təmizlənməsinə fikir verməklə yanaşı, bombanın təsiri ilə qopmuş hissələrin bərkidilməsinə xüsusi diqqət ayırır.

1970-ci illərin sonunda əsər olduqca pis vəziyyətdə idi. Beləliklə 1978-ci ildə əsəri ikinci həyat verən və hələ 1652-ci ildə əsərə edilmiş dəyişiklik xaric, əsərin ilkin görünüşünü demək olar ki, bərpa edən əsaslı bərpa işlərinə başlanıldı. 1978–1999-cu illərə ərzində yəni düz 21 il davam edən bərpa işlərinə rəhbərlik etmiş, əsərin bərpası üçün böyük bir komanda şəklində, ən yüksək peşəkarlığa malik mütəxəssislər çalışmışlar. Bərpa işləri zamanı həm də əsər ətraflı şəkildə tədqiq edilmişdir.

Bərpaçılar işə başlamazdan əvvəl əsəri birdəfəlik möhkəmlətməyi, əsrlərlə onun üstünə hopmuş çirki təmizləməyi, əsərə vurulmuş zədələri götürməyi və XVIII–XIX əsrlərdə dəfələrlə edilmiş yanlış bərpa işlərinin nəticələrini aradan qaldırmağı üzərlərinə götürmüşdülər.

Bundan əvvəlki təcrübələr göstərmişdir ki, əsərin ilkin yerini dəyişərək onun bərpasına və qorunmasına çalışmaq çox vaxt mənfi nəticələr doğurur. Buna görə də işçi qrup monastırın yeməkxanasını möhürləyərək, yaxşı müdafiə olunan məkana çevirmək qərarına gəlir. Görülmüş tədbirlərdən biri də otğın havasına, otaqdakı istilik dərəcəsinə xüsusi diqqət yetirilməsi olmuşdur. Alınmış qərara əsasən yeməkxananın pəncərələrinin açılması qadağan edildi.

Daha sonra əsərin əslinin bərpa olunması üçün çalışmalara başlandı. İlk növbədə əsərin orijinalı ilə, sonradan müxtəlif əsrlərdə onun üstündə bərpa işləri aparmağa çalışmış ustalar tərəfindən əlavə edilmiş hissələrin fərqləndirilməsi üçün əsər üzərində infraqırmızı şüalandırma, reflektoskopik və mikroskopik baxış kimi müxtəlif təcrübələr aparıldı. Bərpa üçün gərəkli olan Vindsor qəsrinin Kral Kitabxanasında saxlanılan əsərin ilkin nüsxələri gətirilərək üzərində çalışmaq üçün bərpaçılara təqdim edildi. İlkin tədqiqatlar zamanı əsərin bəzi hissələrinə toxunulmadığı, yəni bərpaçıların zərər yetirmədiyi güman edilirdi. Bu açıq maviylə qarışıq bulanıq rənglə işlənmiş hissələr idi. Lakin tədqiqatların sonrakı mərhələsində həmin hissələrin də əsərə sonradan əlavə edilməsi və əslində orijinal formada belə detalların əsərdə olmaması müəyyən edildi.

21 il davam edən bərpa çalışmalarından sonra – 28 may 1999-cu ildə əsər ictimaiyyətə təqdim edildi. Lakin əsərə baxmağa gələn tamaşaçılar onun yaxınlığına buraxılmadı və hər tamaşaçıya yalnız on beş dəqiqə müddətində əsərə tamaşa etməyə icazə verildi. Lakin əsərin ictimaiyyətə təqdim edilməsindən sonra əsərdə edilmiş ciddi dəyişikliklər mübahisə və müzakirələrə, etirazlara səbəb oldu. Bir çox mütəxəssislər Da Vinçinin orijinal yaradıcılığına növbəti əlavələr edilməsini qeyd etdilər. Belə ki, əsərdə rəng və ton dəyişiklikləri, hətta bəzi simaların təsvir dəyişikliyi aydın şəkildə hiss edilməkdə idi. Xüsusilə Kolumbiya Universitetinin incəsənət tarixi üzrə professoru və ""ın banisi Ceyms Bek əsərdə edilmiş bu cür dəyişikliklərə ciddi reaksiya vermişdi.

Əsərlə bağlı uzun illər səsələndirilən əsas fikirlərdən biri budur ki, Leonardo İsa və obrazlarını yaratmaq üçün eyni adamın simasından istifadə etmişdir. Lakin belə bir əhvalat da tez–tez dilə gətirilir ki, İsa obrazını yaratmaq üçün Leonardo məsum, gənc görünüşlü, təxminən 19 yaşında olan fırınçı oğlanın simasından istifadə etmişdir. Bir neçə il keçdikdən sonra isə Leonardo inadkar, sərt və günahkar görünüşlü bir insanla qarşılaşmış və İudanın obrazını yaratmaq üçün də bu insanın surətindən istifadə etmişdir. Göründüyü kimi ikinci əhvalat birincini inkar edərək, İsa və İuda obrazlarının yaradılması üçün eyni simadan istifadə olunmasını təkzib edir. Həmçinin Leonardo da Vinçinin hər iki obrazı yaratmaq üçün eyni insanın surətindən istifadə etdiyini isbat edəcək hansısa dəlil və tarixi mənbələrdə bununla bağlı qeydlər yoxdur.

Əsərlə əlaqəli ən mühüm və diqqət çəkən məqamlardan biri isə bəzi tədqiqatçıların İsanın sağ tərəfindəki obrazın Həvari İoanna yox, Mariya Maqdalenaya aid olması ilə bağlı mübahisələrdir. Həmin obrazın Həvari İoann olmadığını iddia edən mütəxəssislər fikirlərini əsaslandırmaq üçün Leonardonun əsərdə təsvir etdiyi obrazın İoannla bağlı tarixən formalaşmış ikonoqrafiya ənənələri ilə qətiyyən uyğunlaşmaması ilə izah edirlər. Həmçinin incəsənət tarixi üzrə mütəxəssislərin də əksəri bu iddianı dəstəkləyərək əsərdə Leonardonun yaratdığı obrazın Həvari İoannın ikonoqrafik ənənələrinə zidd olduğunu bildirirlər. Bu nəzəriyyə 1997-ci ildə nəşr edilmiş "The Templar Revelation" (azərb. "Tampilyerlərin Açığa Çıxması"‎) əsərinin və Den Braunun 2003-cü ildə nəşr edilmiş məşhur "" (azərb. "Da Vinçi Şifrəsi"‎) əsərinin mövzusu olmuşdur. Həmin əsərlərdə birmənalı şəkildə İsanın sağında, stolda əyləşmiş obrazın məhz qadın olması və Mariya Maqdalena olması göstərilir. Lakin bu məsələ həddən artıq ziddiyyətli olduğundan mütəxəssislər bu haqqda qəti fikir bildirə bilmirlər. Çünki bəzi nüfuzlu incəsənət tarixçiləri İsanın sağındakı obrazın Həvari İoann olması fikrini dəstəkləyirlər.

Bəzi mütəxəssislər isə İsadan soldakı – Həvari Filipp olması qeyd edilən üçüncü obrazın isə əsərdəki ikinci qadın obrazı olmasını düşünürlər. Həmin tədqiqatçılar bu obrazın xüsusiyyətlərini nəzərə alaraq onun Marta ola biləcəyini qeyd edirlər. Qeyd etmək lazımdır ki, Həvari İoannın (Mariya Maqdalena) obrazından sonra Həvari Filip (Marta) obrazı əsərdəki ikinci saqqalsız obrazdır. Bundan başqa həmin tədqiqatçılar bildirirlər ki, İsanın və Mariya Maqdalenanın bədən quruluşlarını və baş vəziyyətlərini Da Vinçi bilərəkdən elə təsvir etmişdir ki, onların birləşməsindən M hərfi alınır və bu da Mariya Maqdalenaya işarədir. Həmçinin bu məqamda İsa və Maqdalena (Həvari İoann) obrazlarının eyni cür və neqativ rəngli paltarlar geyməsini də təsadüf saymır və bununla Da Vinçinin onların bir ailənin nümayəndələri (evli) olmalarını göstərmək istədiyini bildirirlər.

Həmçinin əsərdə başqa işarələrin (bu işarələrin xristianığın qaranlıq və sirli keçmişi ilə əlaqəli olduğu güman edilir) olması da vurğulanır. Onlardan biri İsadan sağda İudanın arxasından çıxan bıçaq tutmuş naməlum əldir. İlk baxışda həmin əlin Müqəddəs Pyotra aid olması görüntüsü yaransa da əsərə diqqətlə baxdıqda heç də belə olmadığı ortaya çıxır. Əsərə diqqətlə baxdıqda Müqəddəs Pyotrun bir əlinin Mariya Maqdalenanın (Həvari İoann) çiynində olması, digər əliylə isə bıçaq tutmuş əlin bilək hissəsindən yapışması görünür. Yəni bıçaq tutmuş əlin sahibi naməlum olaraq qalır. Həmin əlin İudaya aid olması istisnadı. Çünki, o, bir əli ilə kisə tutub, digər əlini isə çörəyə uzadır. Həvari İoann (Mariya Maqdalena) obrazının sol əli aydın görünsə də sağ əli görünmür və buna istinad edən bəzi tədqiqatçılar əlin Həvari İoanna (Mariya Maqdalena) aid olmasını güman edirlər. Lakin bu əsərdə uyğunsuzluq yaradır. Belə ki, Mariya Maqdalenanın əlinin İudanın arxasından çıxaraq görünməsi üçün normal insan əlindən iki dəfə uzun olması lazım idi. İnsan anatomiyasına dərindən bələd olan Leonardo da Vinçinin əsərdə belə kobud səhv etməsi isə inandırıcı görünmür. Bəzi mütəxəssislər Da Vinçinin burada yenə hansısa gizli mətləblərə işarə etdiyini güman edirlər.

Bununla belə həmin əlin Müqəddəs Pyotra aid olmasını iddia edən kiçik bir qrup tədqiqatçı da var. Onlar isə Pyotrun əlində bıçaq olmasını onun gələcəkdə xristian qayda-qanunlarında etdiyi dəyişikliklərlə xristianlığın təməl daşlarını sarsıtması fikri ilə izah edirlər. Lakin bu mövqe xristian din adamlarının sərt reaksiyası ilə üzləşdiyindən, o qədər də aktiv səsləndirilmir.

Əsərdə ən çox diqqət çəkən detallardan biri də Müqəddəs Pyotrun Mariya Maqdalenın (Həvari İoann) çiyninə qoyulmuş əlidir. Bu detal da araşdırmaçılar arasında müzakirələrə səbəb olmuşdur. Da Vinçi əli elə təsvir etmişdir ki, o, sanki bıçaq kimi Mariya Maqdalenanın boğazına dirənib. Əlin quruluşu, barmaqların uzun və nazik olması ilk baxışdan onu bıçağa bənzətməyə imkan verir. Həm də Müqəddəs Pyotr əlini Mariya Maqdalenanın çiyninə qoymayaraq sanki yalnız biləyini onun çiyninə dayamış, əlini isə bıçaq kimi qadının (əgər həmin obrazın Mariya Maqdalena olduğu qəbul edilsə) boğazına dirəmişdir. Bu detalı Da Vinçinin növbəti işarəsi sayan tədqiqatçılar burada rəssamın Mariya Maqdalenaya qarşı Pyotr tərəfindən təşkil edilmiş sui-qəsdə işarə edildiyini bildirirlər. Lakin bu fikir ümumiyyətlə din xadimləri tərəfindən qəbul edilmir, katolik kilsəsinin banisi olan Müqəddəs Pyotrun hər hansı bir sui-qəsddə əlinin olması inkar edilir.

Əsərlə bağlı ən mürəkkəb və mübahisə doğuran məsələlərdən biri də Leonardonun təsvir etməməsidir. Belə ki, müqəddəs mətnlərdən Sonuncu Şam Yeməyində İsanın sağ əlində tutaraq, həmin kuzədən şərab içməsi bildirilir. Lakin Da Vinçinin təsvirində bununla qarşılaşmırıq. Belə ki, Leonardonun yaratdığı Sonuncu Şam Yeməyi əsərində on iki həvarinin ortasında oturmuş İsanın hər iki əli masanın üstündədir və o, heç bir kuzə tutmayıb.

Digər bir məsələ isə, müqəddəs təsvirlərə görə, masanın üstündə yalnız bir kuzə – olmalı olduğu halda Da Vinçi masada çoxlu kuzələr təsvir edib. Lakin hal-hazırda, əsər orijinal görünüşünü itirdiyindən həmin kuzələr o qədər də dəqiqliklə seçilmir. Da Vinçinin bu detalla başqa bir gizli mətləbə işarə etməsi güman edilir. Belə ki, bəzi araşdırmaçılar dedikdə heç də real anlamıyla hansısa bir qabın yox, İsanın qanının və soyunun davamçısı olan qadının nəzərdə tutulduğunu qeyd edirlər. qadın simvolu kimi qəbul edilən "V" işarəsinin kuzəyə bənzəməsi səbəbiylə bu anlamda kuzə sözündən istifadə edilməsini bildirirlər. Da Vinçinin əsərini tədqiq edən mütəxəssislərin bəzisi rəssamın məhz qadın simvolu kimi əks etdirdiyini, İsa və Mariya Maqdalena (Həvari İoann) obrazlarının bir-birinə münasibətdə duruş formasının əsərin tam mərkəzində qadın simvolunu əmələ gətirdiyini bildirirlər.

Əsərlə bağlı bir çox məşhur spekulyasiyalar da vardır. Belə ki, bəzi araşdırmaçılar tərəfindən, iddia edilir ki, əsərdə obrazının üstündəki hissəyə yandan baxıldıqda orda bənzər fiqur görmək mümkündür. Leonardonun burada nə isə təsvir edib-etmədiyi məlum olmasa da, masanın üstündə təsvir edilməməsini əksər mütəxəssislər birmənalı olaraq qəbul edirlər. Bununla belə bəziləri əsərdə İsanın əlində təsvir edildiyini, lakin görüntünün pozulması səbəbiylə onu yalnız nərdivanla əsərin qabağına çıxıb diqqətlə baxdıqda görmək mümkün olduğunu qeyd edirlər. Lakin əsərin böyüdülməsi zamanı İsanın qabağındakı hissədə həndəsi fiqurlar silsiləsi meydana çıxır ki, bunun da daha çox obrazların arxasında oturmuş olduğu mərmər masanın üstünün bəzəkləri olması güman edilir.

Tədqiqatçı Slavisa Pesci qeyd edir ki, "Leonardonun çəkdiyi əsərin orijinal təsvirinin üstünə, onun güzgüdəki əksinin təsviri yerləşdirildikdə inanılmaz görüntü – sol tərəfdə Mariya Maqdalena obrazının arxasında Məbəd Cəngavəri, qucağında bələkdə olan uşaq və İsanın qabağında Müqəddəs Kuzə görüntüsü ortaya çıxır." Da Vinçinin orijinal yazı üslubunun da məhz güzgüylə oxunduğu nəzərə alındıqda bu fikrin olduqca maraqlı görünməsi qeyd olunur.

İtalyan musiqiçi Covanni Maria Pala isə qeyd edir ki, Leonardonun əsərdə təsvir etdiyi obrazların əl vəziyyətləri və masanın üstündəki çörək dilimləri not kimi qəbul edilərək sağdan sola oxunduğunda Leonardonun yazısı üçün xarakterik olan ortaya çıxır.

Vatikan araşdırmaçısı Sabina Sfroza Qalitzia isə Leonardonun Sonuncu Şam Yeməyi əsərinin "riyazı və astroloji" sirrini çözməsi haqqında xəbər yaymışdır. O, qeyd edir ki, Da Vinçi 21 mart 4006-cı ildə baş verəcək ümumdünya daşqını ilə bəşəriyyətin məhv olması və 1 noyabrda həmin daşqının başa çatması ilə "insanlığın yeni tarixinin başlayacağını" görmüş və əsərində bu haqqda məlumat vermək istəmişdir.

Əsərin XVI əsrə aid yağlı boya ilə kətan üzərində işlənmiş bir nüsxəsi Belçikanın Antverpen şəhərindəki saxlanılır. Həmin nüsxədə əsərin orijinalında saxlanmamış bəzi detallar öz incəliyi ilə qorunmuşdur.

Roman mozaika rəssamı əsərin daha bir nüsxəsini (1809–1814) Vyanadakı hazırlamışdır.

1955-ci ildə Salvador Dali əsərin daha bir nüsxəsini işləmişdir. Bu nüsxədə İsa sarışın, uzun saçlı, üzü təmiz taraş olunmuş şəkildə təsvir olunmuşdur. Əsərin bu nüsxəsi Vaşinqtondakı saxlanılır.

1986-cı ildə Endi Varola (Andy Warhol) Sonuncu Şam Yeməyi mövzusunda silsilə əsərlər çəkmək sifariş olunur. Rəssam bu silsiləni tamamladıqdan sonra dünyasını dəyişir və bu əsərlər onun son işləri olur.

Heykəltaraş Marisol Eskobar Da Vinçinin Sonuncu Şam Yeməyi əsərindən təsirlənərək 1982–1984-cü illərdə Sonuncu Şam Yeməyi adlı heykəllər ansamblı hazırlamışdır. Heykəllər təbii ölçülərdə (insan ölüçlərində), ağac, qəhvəyi qumdaşı, plaster və alüminiumdan istifadə edilməklə işlənmişdir. Hal-hazırda bu əsər Nyu-Yorkun saxlanılır.

1988-ci ildə Avstraliya rəssamı Syuzan Dorotea Vayt (Susan Dorothea White) Sonuncu Şam Yeməyi əsərinin yeni bir nüsxəsini işləmişdir. Bu rəssam Da Vinçidən fərqli olaraq əsərdəki on üç kişi obrazı yerinə on üç qadın obrazı təsvir etmiş, həvariləri, o cümlədən İsanı qadın kimi göstərmişdir.

2004-cü ildə İrlandiya rəssamı Con Börn (John Byrne) əsərin 9,3×2,2 m ölçüdə daha bir nüsxəsini yaratmışdır. Bu nüsxə şəffaf mina üzərində 13 müasir Dublin sakininin foto surətinin əks etdirilməsi ilə yaradılmışdır.

• Da Vinçinin Sonuncu şam yeməyi dəfələrlə müasir rəssamlar tərəfindən parodiya edilmişdir. Onlardan 1998-ci ildə müasir rəssam Vik Muniz Sonuncu Şam Yeməyi iştirakçıların əylənmələrini əks etdirən təsvir hazırlamış və bu təsvir "Bosko" Çokolad Siropunun üstündə əks olunmuşdur.
• 2009-cu ilin mart ayında DaundDave əsərin yeni nüsxəsini hazırlayaraq İsa obrazında tele ulduz Ceyd Qudini, İuda obrazında isə onun həyat yoldaşı Cek Tvidi təsvir etmişdir. Bu tablo "Ceydin sonuncu şam yeməyi" adlandırılmışdır.
• Luis Bunuelin 1961-ci ildə çəkdiyi Viridana filmində yaradılmış qonaqlıqda əyləşmiş dilənçilər səhnəsi də Da Vinçinin "Sonuncu şam yeməyi" əsərinin parodiyasıdır.
• 1970-ci ildə çəkilmiş filmində Peinlessin əsgər yoldaşları ilə yemək götürməsi səhnəsində Da Vinçinin əsərindəki obrazların pozaları təkrar edilmişdir.
• 1981-ci ildə Mel Brukun çəkdiyi "Dünya tarixi" filmində Da Vinçinin "Sonuncu şam yeməyi" əsərindən istifadə edilmişdir.
• "That '70s Show" televiziya şousunda Sonuncu Şam Yeməyinin təsvirinə bənzər şəkildə lanç təşkil edilmişdir.
• "Gilmore Girls" serialının bir seriyasında şəhərdə təşkil edilmiş "Yaşayan İncəsənt" adlı festivalda Sonuncu Şam Yeməyinin təsviri də göstərilmişdir.
• "" serialının dördüncü və sonuncu mövsümünün tanıtım videosunda əsas obrazlardan birinin fotoqraf kimi Sonuncu Şam Yeməyinə bənzər səhnəni çəkməsi göstərilmişdir.
• 1999-cu ildə fotoqraf Enni Leyboviç (Annie Leibovitz) HBO telekanalında yayımlanan "" serialının obrazlarını Da Vinçinin əsərindəki obrazların pozasında çəkmişdir.
• Əsər Corc Karlinin 2004-cü ildə nəşr olunmuş "When Will Jesus Bring the Pork Chops?" kitabının üz qabığında istifadə edilmişdir.
• "The Simpsons" serialında Homer Simpson səhnələrdən birində Da Vinçinin əsərindəki obrazların geyimində təsvir edilir.
• "Lost" serialının sonuncu (VI) mövsümünün tanıtım videosunda keçici kadrlardan birində Sonuncu Şam Yeməyi əsərindəki masa və şəraitə bənzər görüntü ortaya çıxır.
• Den Braunun 2003-cü ildə nəşr olunmuş "Da Vinçi şifrəsi" romanında və həmin roman əsasında 2006-cı ildə çəkilmiş eyniadlı filmdə Da Vinçinin gizli üzvü olması və onun Sonuncu Şam Yeməyi əsərinin tapılması üçün açar olması göstərilir.
• 2007-ci ildə "South Park"ın "Fantastic Easter Special" seriyasında Sonuncu Şam yeməyi əsəri (xüsusilə əsərin "The Da Vinci Code" romanındakı rolu) parodiya edilir.
• 2009-cu ildə isə "Margaritaville" seriyasında əsər yenidən parodiya edilmişdir.
• 2009-cu ildə ekranlara çıxarılmış "" filminin açılış kadrlarında qəhrəmanlar Sonuncu Şam Yeməyi əsərində olduğu kimi masa arxasında oturmuşlar.
• Repçi Nas 2004-cü ildə çıxardığı Street's Disciple albomunun üz qapağında əsərdən istifadə etmişdir.
• Sonuncu Şam Yeməyi əsəri "Futurama" serialının "The Duh-Vinci Code" seriyasında istifadə edilmişdir.
• qrupunun 2000-ci ildə çəkdirdiyi "Disposable Teens" klipində Da Vinçinin əsərinin yenidən çəkilməsi göstərilir.

•  (ital.) Domenico Pino, Storia genuina del Cenacolo, insigne dipinto di Leonardo da Vinci nel Refectoro de ’Padri Domenicani di Santa Maria delle Grazie di Milano, Milan, 1796
•  (ital.) Giuseppe Bossi, Del Cenacolo di Leonardo da Vinci Libbri Quattro, Milan, 1810.
•  (ital.) Gabrielle d’Annunzio, Per la morte di un capolovero, in : L’llustrazionne italiano 28, 1901.
•  (ital.) Luca Beltrami, A proposito dell’ Ode per la morte di un capolovero in : Rassegna d’arte I, 1901.
•  (ital.) Bernard Berenson, Il restauro del Cenacolo, in : Proporzioni (novembre 1953), repris dans le Corriere della Serra du 20 décembre 1953.
•  (ing.) Ludwig. H. Heydenreich, Leonardo The Last Supper, Londres, 1974
•  (ing.) David Alan Brown, Leonardo’s Last Supper, Washington, National Gallery, 1983
•  (ital.) Pietro. C. Marani, Il Cenacolo di Leonardo, Electa, Milan, 1986
•  (ital.) Pinin Brambilla Barcilon, Leonardo, l'Ultima cena, Electa, Milan, 1999 (édition anglaise : Leonardo, the Last Supper, Londres et Chicago, 2001)
• Noémie Etienne Université de Genève, Les restaurations de la Cène de Léonard de Vinci : pratiques et théories
•  (fr.) Stendhal, Histoire de la peinture en Italie

• 2006-04-22 at the Wayback Machine
• 2010-06-20 at the Wayback Machine