E.ə. III minilliyin ortalarında müasir Somalinin şimal sahillərinə dəniz vasitəsilə misirlilər gəldilər. Onlar bu ərazidən (Misirlilər bu ərazini Punt ölkəsi adlandırırdılar) öz ölkələrinə qızıl, qullar daşıyırdılar. Burada öz hakimiyyətinin möhkəmləndirmək üçün Misir hakimləri yerli əyanların uşaqlarını öz saraylarında tərbiyə edirdilər.

Avropa və Asiyanı birləşdirən qədim İpək yolu Somali, Misir, İran, Hindistan və Yava adalarından keçərək Çinə qədər uzanırdı. E.ə. III əsrdə Ptolemeylər sülaləsinə sadiq qalan yunanlar və misirlilər Somalinin şimalında öz məskənlərini yaratdılar. Həmin dövrdə Somalinin əsas sakinləri köçəri maldar tayfaları olsa da, Ədən körfəzinin sahillərində yerli knyazlar tərəfindən idarə olunan limanlar mövcud idi. I–II əsrlərdə Somalinin şimal sahillərində yaşayan əhali Avalit, Malao, Opona limanları vasitəsilə Roma imperiyası, Cənubi Ərəbistan, Hindistanla ticarət edirdilər. Somalidən ən çox fil dişi, qul, sənətkarlıq və ərzaq məhsulları daşınırdı.

IV–V əsrlərdə müasir Efiopiya ərazisində mövcud olmuş Aksum çarlığının çiçəkləndiyi bir dövrdə Somalinin şimal hissəsi onların hakimiyyəti altına düşdü, bu ərazidə mühüm əhəmiyyətə malik Zeyla limanı (müasir Cibütinin şərqində) meydana gəldi. Somalinin şimalında Aksum çarlığının təsirinin zəifləməsi nəticəsində qədim Bərbər dövləti və Xavi tayfa ittifaqı yarandı. Onların tərkibinə yarımköçəri əkinçi maldar və köçəri tayfalar daxil idi.

XII–XIII əsrlərdə Somali ərazisində islam dini yayılsa da, bu din yerli dini ayinləri tamamilə sıxışdırıb aradan çıxara bilmədi. XII–XVI əsrlərdə müasir Somali ərazisində vaxtaşırı bir sıra sultanlıqlar yaransa da, onların heç biri uzunömürlü olmadı. XIV–XV əsrlərdə Somalidə müsəlman sultanlıqları iıə xristian Efiopiya imperiyası arasında fasiləsiz müharibələr baş vermişdi. "Somali" toponiminə ilk dəfə məhz bu dövrdə Efiopiya hökmdarı Yisxakanın qələbəsinə həsr olunan amxar mahnısında rast gəlinmişdir.

1499-cu ildə Somali sahillərində Vasko de Qamanın başçılığı ilə Portuqaliya gəmiləri göründülər. Portuqaliyalılar Somali şəhərlərini: 1499-cu ildə Moqadişonu, 1506-cı ildə Baroeni, 1517-ci ildə Veylu şəhərlərini işğal etdilər. Nəticədə portuqaliyalılar Somalinin bütün sahilboyu ərazilərini ələ keçirdilər, lakin tezliklə Somalinin yerli əhalisi tərəfindən müdafiə olunan Misir məmlükləri və türklər portuqaliyalılara qarşı çıxdılar. Efiopiya bu mübarizədə Portuqaliyanı müdafiə etdi. 1530–1559-cu illərdə Somali ərazisində somalilər, məmlüklər və türklər efiopiyalılara və portuqaliyalılara qarşı qanlı müharibələr apardılar. Bu müharibədə Efiopiya qalib gəldi, Somali tayfaları isə öz aralarında vuruşan kişik qruplara bölündülər.

Ara müharibələri nəticəsində Somali şəhərlərinin əhalisi kəskin surətdə azaldı. Bir sıra şəhərlər isə tamamilə boş qaldı. XVII əsrdə Zeyla limanı Türkiyənin hakimiyyəti altına keçdi. XVII əsrin ortalarında Oman sultanlığı Somalinin şərqindəki sahil şəhərlərini özünə tabe etdi. Oman sultanları öz iqamətgahlarını Zanzibara köçürdükdən və Oman sultanlığı Asiya və Afrika hissələrinə bölündükdən sonra Somalinin şərq sahilboyu əraziləri Zanzibarın, şimal hissəsi isə Türkiyənin tabeliyinə keçdi. Bu bölünmədən sonra Somalinin daxili əyalətlərində daxili ticarət yollarını və Zanzibarın və Türkiyənin hakimiyyətini qəbul etməyən, çay vadilərində və dağətəyi ərazilərdə məhsuldar torpaqları öz nəzarətlərində saxlayan çoxlu yerli sultanlıqlar (Raxanveyn, Micurtini, Qeledi, Tunni və sair) yarandı.

XIX əsrdə Somalidə sultanlıqlarla cənub əyalətlərinin əhalisinin müdafiə etdiyi tayfalar arasında ara müharibələri kəskinləşdi. Əsrin əvvəllərində Somalidə qonşularına vaxtaşırı cihad elan edən müxtəlif müsəlman təriqət və cərəyanları geniş yayıldı. 1819-cu ildə Qeledi, Tunni, Baraue sultanlıqlarına qarşı vuruşan Bandera teokratik dövlətinin əsası qoyuldu. XIX əsrin ortalarında Bandera dövləti qonşuları tərəfindən darmadağın edildi.

XIX əsrin ortalarında Zanzibar Somali şəhərləri üzərində öz nəzarətini gücləndirməyə (1843-cü ildə Moqadişo və 1862-ci ildə Merku şəhərləri ələ keçirildi) çalışsa da, bu sahədə nəzərəçarpan nəticələr qazana bilmədi. 1869-cu ildən Misir Somalinin liman şəhərlərini ələ keçirməyə başladı, lakin 1885-ci ildə yerli hakimlərin müqavimətini qıra bilməyən misirlilər Somalini tərk etməyə məcbur oldular.

1884–1888-ci illərdə Böyük Britaniya, İtaliya və Fransa Somalinin bütün sahilboyu ərazilərini öz aralarında bölüşdürdülər. Somalinin cənub hissəsi (Micurtini və Obbiya sultanlıqları) İtalyanın protektoratlığını qəbul etdi. Somalinin cənub ərazilərinin işğalına almanlar da öz iddialarını bildirsələr də, ingilislər buna yol vermədilər. Somalinin şimal sahilboyu əraziləri Böyük Britaniyanın, Cibuti isə Fransanın hakimiyyəti altına keçdi. Somalinin daxili vilayətlərində bir sıra tayfalar tərəfindən isə Efiopiyanın hakimiyyəti tanındı.

1899-cu ildə müsəlman ideoloqu Said Məhəmməd Abdulla Həsən uzun müddət italyanlara və ingilislərə qarşı yadellilərin ölkədən qovulması, həqiqi islam dövlətinin təşkili üçün yaradılması üçün cihad şüarı ilə mübarizə aparmışdır. I Dünya müharibəsində Həsən Türkiyənin və Almaniyanın köməyinə ümid bəsləyirdi.

Ərazisinin çox hissəsi şimal yarımkürəsindədir. Afrika materikinin Ras-Hafun adlanan ucqar şərq nöqtəsi buradadır. Şimaldan Ədən körfəzi, şərqdən və cənub-şərqdən Hind okeanının suları ilə əhatə olunmuşdur. Qərbdən Efiopiya və Keniya, şimal-şərqdən Cibuti Respublikası ilə həmsərhədddir.

İqlimi cənubda ekvatorial musson, şimalda tropik səhra və yarımsəhra tiplidir. Cənub-şərq sahilləri istisna olmaqla iqlimi quru və istidir. Qış mövsümündə burada Ərəbistandan gələn quru hava kütləsi hakim olur. Efiopiya yaylası isə rütubətli cənub-qərb küləklərinin qarşısını kəsir, Hind okeanından əsən küləklər isə sahilboyunu əhatə edir. Ölkənin cənubundan şimalına və qərbindən şərqinə doğru yağğıntıların miqdarı 500–600 mm-dən 100 mm-ə qədər azalır. Yağıntıların illər üzrə paylanmasında böyük fərqlərin olması da ölkənin iqlimində səciyyəvi haldır. Ölkədə baş verən quraqlıqda bu özünü bir daha büruzə verir. Ölkənin şimalında təsərrüfata ziyan vuran "xafif" adlanan güclü küləklər əsir. Mövcud iqlim şəraiti yalnız ölkənin cənub-qərb və şimalında dəmyə əkinçiliyinin inkişaf etdirilməsinə imkan verir.