Slovakiya ilə Yaponiya arasındakı diplomatik əlaqələrin başlanğıcı 1920-ci il hesab olunur. Belə ki, həmin il Yaponiya ilə Çexoslovakiya arasında diplomatik əlaqələr qurulmuşdur. Çexoslovakiyanın parçalanmasından sonra Slovakiya ilə Yaponiya arasında diplomatik əlaqələrin əsası 5 fevral 1993-cü ildə qoyulmuşdur. Slovakiyanın Yaponiyadakı səfirliyi 1993-cü ilin fevralında, Yaponiyanın Slovakiyadakı səfirliyi 2002-ci ilin yanvarında açılmışdır.

2007-ci ilin yanvarında Yaponiya xarici işlər naziri Taro Aso Slovakiyaya səfər etmişdir. Slovakiya prezidenti 2012-ci ilin iyununda Yaponiyada olmuşdur. 2013-cü ildə ölkələr arasındakı münasibətlərin 20 illiyi münasibətilə Slovakiyaya səfər etmişdir. 2019-cu ilin aprelində Şinzo Abe Slovakiyaya səfər edən ilk Yaponiya baş naziri olmuşdur. 2019-cu ildə Slovakiya prezidenti Zuzana Çaputova Yaponiyaya səfər etmişdir.

2019-cu ildə Yaponiyanın Slovakiyaya ixrac etdiyi məhsulların ümumi dəyəri 24.3 milyard yen, Slovakiyadan idxal etdiyi məhsulların ümumi dəyəri 35 milyard yen təşkil etmişdir. Yaponiya Slovakiyaya əsasən batareyalar, motorlu nəqliyyat vasitələri, avtomobil hissələri ixrac edir. 2020-ci ilin noyabrına olan məlumata əsasən Slovakiyada 66 Yaponiya şirkəti fəaliyyət göstərir.

2020-ci ildə Yaponiya ilə Slovakiya arasındakı əlaqələrin 100 illiyi müxtəlif tədbirlərlə qeyd olunmuş, Bratislava və Koşitse şəhərlərində yapon film festivalları keçirilmişdir. Tədbirlər çərçivəsində Slovakiyanın Bratislava, Koşitse, , Nitra, Banska-Bistritsa, və Levitse şəhərlərində sakura ağacları əkilmişdir.

1986-cı ildə Bratislavada yerləşən Komenski Universitetində yapon dili tədris olunmağa başlamışdır. 1993-cü ildə universitetdə yapon dili fakültəsi açılmışdır. Komenski Universiteti Slovakiyada yapon dilinin tədrisi ilə məşğul olan yeganə ali təhsil müəssisəsidir: 2020-ci ildə burada yapon dilini öyrənən 40 tələbə var idi. Asiyaşünaslıq İnstitutunda 2009-cu ilin aprelindən 2016-cı ilin martına qədər yapon dili tədris olunmuşdur. 2020-ci ilin məlumatına əsasən Slovakiyada yapon dili 8 institutda tədris olunur və 250-dən çox şəxs yapon dilini öyrənir. 2013-cü ildən etibarən hər il Slovakiyada yapon dili natiqliq müsabiqəsi keçirilir.

Yaponiyanın qəsəbəsi ilə Slovakiyanın şəhəri 12 sentyabr 2003-cü ildə qardaşlaşmışdırlar. Belə ki, Slovakiyanın Yaponiyadakı səfiri olmuş həyat yoldaşı 1996-cı ildə internetdə yerli mətbəxi araşdırarkən təsadüfən Naseqava qəsəbəsinin saytı ilə qarşılaşmış, bundan sonra doğulduğu şəhərlə Naseqava arasında əlaqələr qurulmuşdur. 16 oktyabr 2008-ci ildə Yaponiyanın şəhəri ilə Slovakiyanın Banska Ştyavnisa şəhəri qardaşlaşmışdır.