Qarakilsə rayonu 1930-cu il sentyabrın 9-da yaradılıb. 1940-cı il martın 2-nə qədər Qarakilsə rayonu, həmin tarixdən etibarən isə Sisian rayonu adlandırılıb. Ərazisi 1719 kv. km-dir. Rayon mərkəzi Qarakilsə (dəyişdirilmiş adı Sisian) şəhəridir. Rayon mərkəzindən İrəvan şəhərinə qədər olan məsafə 217 km-dir.

Coğrafi vəziyyətinə görə Qarakilsə rayonu dörd tərəfdən Zəngəzur və Bərgüşad silsilələri və Sünik yaylası ilə əhatə olunub. Bazarçay çayı rayon boyu axıb gedir.

Qarakilsənin 1988-ci ilə kimi azərbaycanlıların yaşadıqları və həmin il tərk etməyə məcbur olduqları yaşayış məntəqələri: Qızılcıq, Sofulu, Murğuz, Şıxlar, Ağdü, Vağüdü, Urud, Ərəfsə, Comərdli, Dəstəyurd, Şəki.

Ermənistan SSR Ali Soveti Rəyasət heyətinin müxtəlif fərmanları ilə rayon üzrə dəyişdirilmiş tarixi yer adları:

Qarakilsə bölgəsinin çox böyük tarixi var. Burada alban mədəniyyətinə məxsus çoxlu abidə yerləşir. Təəssüf ki, həmin abidələrdən ermənilər öz tarixlərini daha qədimə aparmaq üçün istifadə edirlər. Məsələn, Urud kəndi ərazisindəki qoç heykəlləri bütün dünyaya "ermənilərin daş dövrü abidəsi" kimi təqdim olunur. Ermənilər Qərbi Azərbaycan torpaqlarındakı qəbiristanlıqlarda orta əsr Azərbaycan ustaları, bədii daşyonma sənətkarları tərəfindən yaradılmış daş qoç və qoyun heykəllərini daşıyaraq İrəvan şəhərinə aparmış, onların üstündə həkk edilmiş — Azərbaycan xalqına məxsus kitabə və təsvirləri məhv edərək erməniləşdirmişlər. Qarakilisə rayonunun Urud kəndindən aparılmış qoç heykəllərin aqibəti də bu cür olmuşdur.

Qədim Azərbaycan torpağı olan Qərbi Azərbaycan ərazisinin tarixi, mədəni, dini, memarlıq abidələri ilə zəngin bir bölgə — Zəngəzur mahalının Qarakilsə rayonu ərazisindəki eramızdan əvvəl II minilliyə aid Qoşundaş tikili qalıqlarını, Zəngəzurun Səlim keçidi adlanan yerdə tikilmiş karvansaranı, Qaraqoyunlu dövlətində Çuxur-Səəd əmirlərinə aid Cəfərabad türbəsini, XIX əsrin sonunda 8-ci İmam Rzanın nəvəsi Mir Davudun və Qara Vəli kəndində Seyid Əhmədin məqbərələrini qeyd etmək olar.

Azərbaycanın sözügedən bölgəsində çoxlu sayda müqəddəs inanc obyektləri olmuşdur. XX əsrin əvvəlində Zəngəzur və İrəvan quberniyasında 391 məscid fəaliyyət göstərirdi.

Eramızdan əvvəl V–II minilliklərə aid Soyuqbulaq və Qarakilsə qayaüstü təsvirləri ilə Qobustan və Altaydakı qayaüstü təsvirlər arasındakı oxşarlıq, Nüvədi-Qarqadaşı yazıları ilə Orxan-Yenisey kitabələrinin dil və əlifba eyniliyi, qədim saray, qala və məbədlərin müxtəlif tarixi mənbələrdə əbədiləşən adları bu ərazilərin ən qədim dövrlərdən üzü bəri türk-oğuz boylarının ana yurdu olduğuna heç bir şübhə yeri qoymur. Kompleks antropoloji-arxeoloji tarixi tədqiqatlar göstərir ki, Cənubi Qafqaz regionunda heç vaxt erməni dövləti olmayıb. Hətta açılan qədim qəbirlərdəki insanların kəllə sümükləri də bu ərazidəki etnosların yalnız türk-oğuz tayfaları olduğunu sübut edir. Arxeoloji qazıntılar zamanı Qafqaz ərazisində ermənilərə aid heç bir mədəniyyət abidəsi tapılmayıb.

• 2016-03-10 at the Wayback Machine
• 2012-03-11 at the Wayback Machine
• ^{[ölü keçid]}
• 2014-09-04 at the Wayback Machine
• ^{[ölü keçid]}
• ^{[ölü keçid]}

• Qoşundaş abidəsi
• Qarakilsə qayaüstü təsvirləri
• Azərbaycanlıların Qərbi Azərbaycandan deportasiyası