Librettonun süjeti isə bir neçə xalq nağılından götürülmüşdür. Gecə kraliçasının qızı sehrbaz Zarastro tərəfindən oğurlanır. Gecə kraliçası qızını qurtarmaq üçün, köməkçi və sehrli fleyta verib, şahzadə Taminonu yola salır. Şahzadə sehrbazın tərəfinə keçərək bir sıra sınaqlarla üzləşir.

Şahzadə Tamino dağlarda azıb qalır. Gecə kraliçasının quluqçuları olan üç qadın onu ilandan xilas edirlər. Tamino ayılanda quş tilovçusu Papagenonu görür. Papageno özünü onun xilaskarı kimi təqdimedir. Qadınlar Papagenonu bu lovğa hərəkətinə görə ağzına klid vuraraq cəzalandırırlar. Həmin üç qadın şahzadə Taminoya onun gecə kraliçası tərəfindən xilas edildiyini deyirlər. Onlar gecə kraliçasının qızı Paminanın rəsmini şahzadə Taminoya göstərirlər. Tamino Paminanın rəsminigörüb ona vurulur. Gecə kraliçası ona qızının sehrbaz Zarastra tərəfindən oğurlandığını deyir. Şahzadə Tamino Paminanı xilas etməyə hazır olduğunu deyir. Kraliçanın Taminoya verdiyi sehrli fleyta və Papagenonun almış olduğu sehrli zınqırov zalıma qalib gəlməkdə onlara kömək etməlidir. Tamino Papageno və üç oğlan uşağının müşayətində yola çıxır. Bataqlıq Monostatos Paminanı sehrkarın qəsrində mühafizə edir. Papageno Paminanın gizlədildiyi otağa daxil olur, onu xilas etmək üçün anası tərəfindən şahzadə Tamino ilə birlikdə göndərildiyini deyir. Qız qaçmağa razı olur. Bataqlıq onları alova tutur. Bu zaman Tamino üç məbədli müqəddəs meşədə kahinə rast gəlir. Kahin onun aldadıldığını deyir: Zarastro həqiqətən yaxşı və xeyirhaq sehrbazdır və Paminanı tanrıların iradəsi ilə qaçırmışdır. Tamino sehrli fleytanı çalmağa başlayır, onun sehrli səsindən bataqlıq Papageno və Paminanın təqibini dayandırır. Sehrkar Zarastro Paminaya Tamino ilə qovuşdurmağı vəd edir. Bu an bataqlıq Monostatos şahzadəni tutub gətirir. Tamino və Pamina bir-birini görüncə, qucaqlaşırlar.

Zaratros kahinləri agah edir ki, Tamina Ağıl məbədini gecə kraliçasınından qorumaq üçün gəlmişdir, əvəzində isə Paminanı alacaqdır. Şahzadə sınağa çəkilir. Eyni zamanda bataqlıq Monastatos Paminanə yenidən təqib edir. Bu zaman gecə kraliçasının səsini eşidərək qaçıb gedir. Kraliça şahzadə Taminanın məbədə xidmət etməsindən bərk narahat olur. Qızı Paminadan ona təsir etməsini istəyir. Qızı imtina etdiyinə görə onu hədələyir.

Məbəddə şahzadə və Papageno ilk susmaq — sınağına çəkilir. Pamina hesab edir ki, şahzadə onu daha sevmir. İkinci sınaq — Pamina ilə həmişəlik vidalaşmaq olur və o onu tərk edir. Papageno bu zaman gözəl bir qız görür və sınağı uduzur — o, nəhayət öz Papagenasını tapmış olur.

Bu olanlara görə Pamina yaşamaq belə istəmir. Üç oğlan uşağı onu sakitləşdirirlər. Şahzadə növbəti sınaqlardan alovdan və sudan keçməlidir. Pamina peyda olur və onunla getmək istəyir. Bu dəfə də sehrli fleyta onlara yardım edir. Papageno isə cəzalanmış olur, belə ki, o, Papagenasını itirir. Bu dəm üç oğlan sehrli zınqırovu onun yadına salırlar. Sehrli zınqırov ona sevgilisinə qovuşmaqda kömək edəcəkdir. Sonuncu cəhd edərək gecə kraliçası bataqlıq Monastatosun məbədi dağıdacağı təqdirdə qızını ona verəcəyini vəd edir. Lakin sübh açılır gecə kraliçanın hökmranlığı bitmiş olur. Toranlıq itir günəş doğur. Kahin sehrbaz Zarastronun xeyirhaqlığına və müdrikliyinə alqış oxuyur.

1. . 1808.