Sənan Məmmədəmin oğlu Mustafayev 1929-cu ildə İsmayıllıda müəllim ailəsində anadan olub.

1946-cı ildə Bakı filialına daxil olub, 1951-ci ildə tərkibinə birləşdirilmiş Azərbaycan Politexnik İnstitutu fərqlənmə diplomu ilə bitirərək institutda saxlanılıb, baş lobarant, assistent vəzifəsində işləyib.

1953-cü ildə Azərbaycan Neft və Kimya institutunun aspiranturasına daxil olub və 1956-cı ildə aspiranturanı bitirdikdən sonra assistent, baş müəllim, dosent vəzifələrində çalışıb. 1971-ci ildə professor elmi adını alıb.

S. Mustafayev 1961–1963-cü illərdə Ali və orta ixtisas Təhsil Nazirliyində elm idarəsinin rəisi, 1963–1964-cü illərdə Ali məktəblər idarəsinin rəisi, 1964–1974-cü illərdə nazirin birinci müavini, 1975-ci ildə yeni yaradılmış Azərbaycan İnşaat Mühəndisləri İnstitutunun rektoru,1978–1983-cü illərdə Əfqanıstanda təhsil məsələləri üzrə müşavirlər qrupunun rəhbəri, 1983–1984-cü illərdə Ali və orta ixtisas Təhsil Nazirinin beynəlxalq əlaqələr üzrə müavini, 1984-cü ildən 2005-ci ilə qədər Azərbaycan Dövlət Neft Akademiyasının "Materialşünaslıq və materialların texnologiyası" kafedrasının müdiri olub.

1 fevral 1990-cı ildə "Azərbaycan SSR əməkdar elm xadimi" fəxri adına layiq görülüb, 14 dekabr 2000-ci ildə "Şöhrət" ordeni, SSRİ medalları və Əfqanıstanın "Dostluq" ordeni ilə təltif edilib.