XVI əsrin 80-ci illərində osmanlılar tərəfindən Azərbaycanın işğal edilməsi əhalinin vəziyyətini daha da ağırlaşdırdı. Təbriz, Şirvan, Qarabağ və Gəncədə əhalinin osmanlılara qarşı mübarizəsi davam etsə də şəhərlərini və ərazilərini qorumaqda axıra qədər davam gətirə bilmirdilər. Onların bir hissəsi doğma yerlərini tərk edib ölkənin başqa yerlərinə getmək məcburiyyətində qalırdılar. 1588-ci ildə Gəncə və Qarabağdan sıxışdırılan qacar və digər qızılbaş tayfaları öz ərazilərini qaytarmaq uğrunda gərgin mübarizə aparırdılar. Səfəvi-Osmanlı sülh danışıqlarının aparıldığı dövrdə onlar Gəncə və Qarabağı mühasirədə saxlayaraq mübarizəni davam etdirirdilər. Osmanlıların I Şah Abbasa dəfələrlə təkid etməsindən sonra şahın Məhəmməd xan Ziyad oğlu Qacara müraciəti ilə Qacarlar Qarabağın mühasirəsini dayandırdılar. Beləliklə, əhalinin vəziyyətinin getdikcə pisləşməsi, özbaşınalığın artması, dağıntılar, iqtisadi böhran Aərbaycanda əhalinin osmanlı işğalına qarşı mübarizəsini daha da artırırdı.

I Şah Abbas ciddi hərbi hazırlıqdan sonra Osmanlılar tərəfindən tutulmuş torpaqları geri qaytarmaq üçün 14 sentyabr 1603-cü ildə Təbrizə doğru hərəkət etdi. Yolda Əmirgünə xan Qacarın Qəzvin və Zülfüqar xan Qaramanlının Ərdəbil alayları da onunla birləşdilər. Onlar on dörd günə Təbriz qala qapılarına çatdılar. Qızılbaş ordusunun yaxınlaşdığını görən Təbriz və onun ətraf əhalisi osmanlılara qarşı çıxışlara başladılar. 21 oktyabr 1603-cü ildə I Şah Abbas Təbrizi tutdu. Təbriz tutulduqdan sonra qərbə doğru hərəkət edən I Şah Abbas Əli Paşanın başçılıq etdiyi Təbriz qarnizonunu dağıtdı. Əli Paşa əsir götürüldü. Təbriz qaytarıldıqdan sonra Zülfüqar xan Qaramanlı Azərbaycana bəylərbəyi təyin olundu. Amma bir qədər sonra şah onun yerinə türkman tayfalarının başçısı Pirbudaq xan Pornaqı təyin etdi.

Qızılbaşlar tərəfindən Culfa və Naxçıvan döyüşsüz tutuldu. Şəhərdəki Osmanlı qarnizonu müqavimət göstərməyib təslim oldu. Maku hakimi Mustafa bəy şahın düşərgəsinə gəlib ona xidmət edəcəyini bildirdi. Qızılbaş ordusunun gəlişindən xəbər tutan Ordubad əhalisi Osmanlılara qarşı üsyan qaldırdı. Ona görə də şəhər osmanlılar tərəfindən dağıdıldl. Ordubad əhalinin köməyi ilə ələ keçirildi. Ordubadın əhalisinə və iqtisadiyyatına ciddi zərər dəydiyi üçün baş vəzir Hətəm bəy Ordubadinin təklifi ilə ordubadlıların dövlət vergilərindən azad edilməsi haqqında şah fərman verdi. I Şah Abbas Culfa və Naxçıvan ələ keçiriləndən sonra İrəvan qalasını tutmaq haqqında göstəriş verdi. Qızılbaşlar İrəvanda osmanlıların çox böyük müqaviməti ilə qarşılaş-dılar. Mühasirə 1603-cü il oktyabrın 18-dən 1604-cü iyun ayının 8-nə qədər davam etdi. İrəvan qalasının alınmasında Culfa və Naxçıvan əhalisinin gücündən də istifadə olundu. Çox çətinliklə İrəvan qalası ələ keçirildi. Osmanlı sərkərdələri Şərif paşa və Xızır paşa əsir alındı. Şah onların hər ikisini sərbəst buraxdı. Şərif paşa Osmanlı dövlətinə qayıtmadı, Xızır paşa isə öz ölkəsinə qayıtdı. Şah Çuxur-Sədə Əmirgünə xan Qacarı hakim təyin etdi. Maqsud Sultan Kəngərli Naxçıvana hakim təyin edildi.

İrəvan qalası alındıqdan sonra Səfəvi ordusu Van üzərinə yürüş edərək çoxlu qənimət ələ keçirərək bölgənin əhalisinin çoxunu Səfəvi dövlətinin ərazilərinə köçürdü. Cığalızadə Yusif Sənan Paşanın komandanlığı ilə Osmanlı ordusunun yürüşü ilə əlaqədar qızılbaşlar Qars ərazisindən geri çəkildilər. I Şah Abbas Sənan Paşanın rəhbərliyi ilə Osmanlı ordusunun Azərbaycana yütüşü ilə əlaqədar I Şah Təhmasib dövründə tətbiq olunan "yandırılmış torpaq" taktikasından istifadə edərək Naxçıvan, İrəvan, Culfa və Arazın sol sahilindəki digər ərazilərdə yaşayan əhalini ölkənin daxili vilayətlərinə köçürdü, ərzaq və ələf nə varsa götürüldü, qala isə məhv edilib yandırıldı. I Şah Abbasın bu siyasəti həmin ərazilərdə əhalinin sayının kəskin azalmasına səbəb oldu.

I Şah Abbas hərbi-siyasi tədbir kimi görünən bu siyasətiilə həm də İsfahan, Mazandaran və digər bölgələrin məhsuldar qüvvələrini inkişaf etdirmək, Osmanlı təhlükəsi ilə əlaqədar Avropaya gedən tranzit ticarət yolunun istiqamətini Cənuba — Fars körfəzinə keçirməyi nəzərdə tuturdu.

Şah Abbas Azərbaycanın xeyli hissəsinin, Cənubi Qafqaz ərazisinin Səfəvilər dövlətinin tərkibinə qaytarılması məqsədilə XVI əsrin sonlarından etibarən əsaslı tədbirlər keçirməyə başlamışdı. Osmanlı Türkiyəsi ilə yeni hərbi münaqişə labüd gerçəkliyə çevrilməkdə idi. Şah Abbas 1599-cu il iyulun 29-da Herat yaxınlığında Dinməhəmməd xan Özbəkin ordusunu məğlub etdi və Mavərənnəhri öz təsiri altına aldı. 1602-ci ildə Şahın Bəlxə növbəti səfəri uğursuz olsa da, Səfəvi dövlətinin hərbi qüdrətini nümayiş etdirdi. Bu, Şah qoşununun qərbdə osmanlılara qarşı əsas döyüşü üçün sanki "baş məşq" oldu.

Bu dövrdə Avropa dövlətləri də Osmanlı qüvvələrinin şərqə çəkilməsi üçün Səfəvilərin Türkiyə ilə toqquşmasına maraq göstərirdilər. Şah Abbas osmanlılara qarşı müharibəyə hazırlaşdığı zaman alman imperatoru (1552–1612) öz elçisi Stefan Kakaşı, onun ölümündən sonra isə Tektanderi Səfəvi sarayına danışıqlara göndərmiş, Türkiyəyə qarşı hərbi ittifaq yaradılması şaha təklif edilmişdi. İspaniya kralı II Filip də Səfəvi şahını osmanlılara qarşı müharibəyə təhrik edir, əvəzində Ġran körfəzində ona kömək göstərəcəyini söz verir.

Osmanlıların ön Qafqazdan qovulmasında Rusiya da maraqlı idi. Hələ 1590-cı il müqaviləsinin imzalanmasınadək Şah Abbas öz səfiri Hadi bəyi Moskvaya göndərmişdi. Səfəvi şahı Cənubi Qafqazda osmanlılara qarşı mübarizədə rusların yardımına təminat əldə etmək istəyirdi. Şah Abbas göstəriləcək hərbi yardım müqabilində Dərbəndi və Bakını Rus (Moskva) dövlətinə bağışlamaq fikrində idi. Lakin İstanbul sülhünə görə Azərbaycanın və Dağıstanın Xəzərsahili vilayətləri Osmanlı Türkiyəsinin əlində qalmış və tərəfləri yeni danışıqlara vadar etmişdi. Rus çarı Boris Qodunov öz elçisi Yaroslavskini Səfəvi sarayına göndərmiş, şahın osmanlılarla sülh bağlamayacağı təqdirdə ona hərbi yardım edəcəyini bildirmişdi. Volqa-Xəzər ticarət yolunun Osmanlı nəzarətindən azad edilməsi kimi vacib məsələdə olan ümumi maraq Səfəvi dövləti ilə Rusiyanın yaxınlaşması üçün şərait yaratdı. Lakin bu yaxınlaşma nəticəsiz qaldı.

XVII əsrin başlanğıcında Azərbaycanda Osmanlı hakimiyyəti zəiflədi. Yerli feodallar Səfəvi dövlətinə Osmanlı işğalından özlərinin xilaskarı kimi baxırdılar. Bu zaman Azərbaycanda Osmanlı ağalığına qarşı başlanan üsyanlardan istifadə edən Şah Abbas 1603-cü il sentyabrın 14-də Azərbaycana yürüşə başladı.

XVI əsrin sonu və XVII əsrin başlanğıcında Azərbaycanda Osmanlı hakimiyyəti zəiflədi və Şah Abbasa buraya gəlmək üçün yol açmış oldu. Avstriya müharibəsi və Cəlali üsyanları səbəbiylə Osmanlı imperiyası şərq əyalət əsgərlərinin maaşlarını ödəməkdə çətinlik çəkirdi və buradakı əsgərlər bunları bəhanə edərək ətrafdakı sancaqları talan edirdilər. Səlmas qalasının hakimi Qazi bəy də bu talan əməliyyatlarından öz payını aldı və 1603-cü ilin mayında Şah Abbasdan kömək istədi. Şaha xan titulu, qılınc, kəmər, kavuk təqdim edildi.

Təbriz bəylərbəyi zəncirqıran Əli paşa, xəyanət olaraq gördüyü bu hərəkəti cəzalandırmaq üçün Təbrizdə zəifləmiş bir qarnizonu qoyub Qarnıyarıq qalasına sığınan Qazi bəyin üstünə getdi. Əməliyyata Naxçıvandakı türk qoşunları da qatıldı. Qarnıyarıq qalası ələ keçirilsə də, Qazi bəy qaçmağı bacardı və İsfahanda şaha sığındı.

Şah Abbas bu fürsətdən yararlanmağın vaxtı çatdığını anladı və 15 avqust 1603-cü ildə İsfahanda səfər hazırlıqlarına başladı. Komandirlərdən biri olan Allahverdi xana Bağdada yürüş əmri verildi. 14 sentyabrda ordusu ilə İsfahandan hərəkətə keçən şah Abbas 17 sentyabrda daha şimaldakı Kaşana çatdı. Bu şəkildə Mazandaran üzərinə yürüş edəcəyinin şayiəsini və təəssüratını yaymağa çalışdı.

Ərdəbil bəylərbəyi Zülfüqar xan Qaramanlı və Qəzvin bəylərbəyi Əmirgünə xan Qacarın qoşunları ilə birlikdə ona qoşulma əmri verərək hərəkətə keçdikdə Osmanlılar Şah Abbasın hədəfinin Təbriz olduğunu başa düşdülər. Nəhavəndi müqavimətsiz alan Şah Abbas və ordusu 26 sentyabrda Təbrizə gəldi və şəhəri mühasirəyə aldılar.

Mənbələr 5000 tüfəngçi,200-ə yaxın müdafiə topu və 10 il davam edə biləcək taxıl ehtiyatının olduğunu irəli sürən güclü qarnizonun olduğunu iddia edirlər. Lakin bu qoşunların əhəmiyyətli hissəsi Qazi bəyin cəzalandırılması əməliyyatında iştirak etmək üçün Təbrizdən kənarda idilər. Əli paşanın oğlu Təbrizdəki qarnizona rəhbərlik edirdi.

1585-ci ildə Osmanlı qoşunları tərəfindən Təbriz fəth etdikdən sonra şəhər ciddi dağıntıya məruz qaldı və əhalinin əhəmiyyətli hissəsi şəhərdən köç etdi. Əhalinin bir hissəsi zamanla sükunətin hakim olması səbəbiylə geri qayıtsa da, yerli əhalinin demək olar ki, əksəriyyətini təşkil edən azərbaycanlıların da şiə təriqətindən istifadə etmələri qadağan edilmişdi. Şah Abbas ordusunun gəlişindən xəbərdar olan, yerli əhali şiəliyin simvolunu bildirən baş geyimləri geyindilər. Xalqın sevincini görən Osmanlı qoşunları şəhərdən ayrılıb qalaya toplandılar. Lakin qala komandiri mühasirəyə alanların kim olduğunu əvvəlcə anlamadı və atasına şəhərin talançıların əhatəsində olduğu xəbərini göndərdi.

Şah Abbas əvvəlcə bəzi qoşunlarını şəhərə sızdırdı. Bu əsgərlər qaladakı qarnizona fikir vermədən mühafizəçiləri öldürməyi bacardılar. Bu mərhələdə Şah Abbas 500 əsgəri tüccar kimi şəhərə soxdu. Bu əsgərlər mühafizəçiləri öldürülmüş qala qapılarını açarkən, Şahın seçkin 6000 nəfərlik qoşunu qalaya hücum etdi. İki dövlətin qoşunları arasında toqquşma oldu. Portuqaliyalıların komandirliyindəki topçu qoşunları qalanı bombalamağa başladı..

Qalanı mühasirəyə alanın şah Abbas olduğunu başa düşən qala komandiri bu dəfə atası Əli paşaya daha iki elçi göndərdi və kömək istədi. Səfəvi ordusunun Təbrizin qarşısına gəldiyini xəbər alan və Qarnıyarıq qalası üzərinə səfərindən dönən Əli paşa,28 sentyabr 1603-cü ildə Təbrizin şimal-qərbindəki Sufiyan yaxınlığındakı Ezbend bölgəsində 15 min nəfərlik Səfəvi qoşunu ilə qarşılaşdı. Sayı az olan Osmanlı qoşunları, bu döyüşündə böyük məğlubiyyətə uğradılar. Döyüşdə Axıska bəylərbəyi Xəlil paşa öldürülrnüş, Əli paşa əsir alınmışdı.

Nəticədə Təbrizdəki qarnizona kömək edilə bilmə ehtimalı qalmadı. Müdafiəçilər müqavimət göstərməyə davam edərkən, getdikcə daha çox əsgər maaşlarının iki qatını təklif edən Səfəvilərin tərəfinə keçdi. Gedərək az sayda qalan müdafiəçi 21 oktyabr 1603-cü ildə təslim oldu..

Beləliklə, Cənubi Azərbaycan vilayətlərinin taleyi əsasən həll edildi və vilayətlərə yeni hakimlər təyin olundu. Təbrizin idarə edilməsi Zülfüqar xan Qaramanlıya tapşırıldı. Cəmşid Sultan Dünbuli Mərəndin hakimi oldu. Xoy və Səlması Qazi bəy, Marağanı isə şeyx Heydər idarə etməyə başladı.

Təbrizi tutuduqdan sonra Şah Abbas ordusunun ön hissələri şimala doğru hərəkət etməyə başladı. Culfa və Naxçıvan şəhərləri döyüşsüz ələ keçirildi. Naxçıvandakı azsaylı Osmanlı hərbi hissəsi müqavimət göstərməyi zəruri hesabn etmədi və təslim oldu. Maku vilayətinin hakimi Mustafa bəy Mahmudi Naxçıvana - şahın qərargahına gələrək təslim olduğunu bildirdi.

Osmanlı işğalı ərzində əzab-əziyyətə düçar olmuş Ordubad əhalisi şah qoşununun gəlişini gözləmədən osmanlılara qarşı üsyan qaldırdı. Osmanlı tarixçisi Nəimanın yazdığına görə, Şah Abbas Naxçıvana yaxınlaşanda ordubadlı Qəssab Hacı şəhəri zəbt etmək haqqında şahdan xüsusi göstəriş aldı. Görünür şahın qoşun başçıları ilə şəhər nümayəndələri əlbir fəaliyyət göstərdilər. Səfəvi qoşunu şəhərə daxil olan kimi əhali onları qarşıladı, evlər, bazarlar bəzədildi. Şəhər əhalisi qızılbaş forması geydi. Əhalinin köməyi ilə 1 −2 gündən sonra Ordubad qalası tutuldu. Ordubad əhalisinin Osmanlı hakimiyyət orqanlarına qarşı üsyanı Şah Abbas tərəfındən qiymətləndirildi. Şahın baş vəziri Hatəm bəy Ordubadinin xahişi ilə ordubadlılar bütün dövlət vergilərindən azad edildilər.

I Şah Abbas Culfanı və Naxçıvanı tutduqdan sonra İrəvan qalasını ələ keçirməyi qərara aldı. İrəvan qalası 1603-cü il noyabrın 16-da mühasirəyə alındı. Qalada Şərif paşanın komandanlığı altında 10 min nəfərə yaxın Osmanlı qarnizonu möhkəmləndirilmiş üç istehkam xətti ilə müdafıə olunurdu. Buna görə də qalanın mühasirəsi uzun müddət davam etdi. Şah Abbas İrəvan qalasının ətrafında istehkam tikmək üçün Naxçıvan və Culfa əhalisini səfərbərliyə aldı və onların hərbi əməliyyatda iştirak etməsini məsləhət gördü. Bu da yerli əhaliyə baha başa gəldi. Onların çoxu qalanın mühasirəsi vaxtı ağır zəhmətdən, soyuqdan, aclıqdan və güllə yarasından məhv oldu. Şah İrəvanın mühasirəsi zamanı məşhur Azərbaycan topçusu Heydər bəy Anisin oğlu Bahadur bəy Anis Topçubaşının yenicə hazırladığı iri əndazəli topları işə saldı. Səfəvi ordusunun hərbi əməliyyatı 1603–1604-cü illərin qışı ərzində davam etdi. İrəvan qalası 1604-cü il iyunun 8-də tutuldu. Şərif paşa başda olmaqla Osmanlı qarnizonu təslim oldu. Şah Abbas Şərif paşanın xahişini nəzərə alaraq onu Məşhədə,İmam Rza türbəsinə mütəvəlli təyin etdi. Mehmet paşanın rəhbərliyi altında əsir alınan 500 nəfərlik dəstəyə Qarsa getməyə icazə verildi. Çuxursəd vilayətinin hakimi vəzifəsinə Əmirgünə xan Qacar təyin edildi. İrəvan bu vilayətin mərkəzi idi. Maqsud Sultan Kəngərli Naxçıvan hakimi təyin olundu. İrəvanın tutulmasından sonra öz qərargahını Göyçə gölü yaylaqlarından Ağdağa köçürən şah Abbas Van bəylərbəyi ilə Ərciş hakimi arasındakı ixtilafdan faydalanaraq Allahverdi xanın başçılığı altında Səfəvi ordusunu Van üzərinə göndərdi. Allahverdi xan tərəfindən həmin bölgə talan edildi və Səfəvi ordusu böyük qənimətlə geri döndü. Şah Abbas tərəfindən bu zaman ġuragel, Ordu-bazar qalaları zəbt olundu və Qars hüdudundakı Həsənqalaya kimi olan ərazi tutuldu, əhalisinin əsas hissəsi İrana köçürüldü. Bu zaman Şah Cığalızadə Yusif Sənan Paşanın komandanlığı altında Osmanlı ordusunun Azərbaycana yürüş xəbərini alaraq Təbriz istiqamətində geri çəkildi.

Bu müharibə illərində I Şah Abbas osmanlılara qarşı Səfəvilərin ənənəvi "yandırılmış torpaq" taktikasını tətbiq etdi. Şah fərman verdi: "Arazın sol sahilini dağıtmaq və əhalisizləşdirmək; bütün azərbaycanlıları köçürmək, ərzaq və ələf nə varsa götürmək, qalanını isə məhv edib yandırmaq". Bu zorakılıq tədbiri tarixşünaslıqda "böyük sürgün" adı ilə məşhurdur. Şah Abbasın əhalinin köçürülməsi və yaşayış məntəqələrinin dağıdılması haqqında əmri təcili həyata keçirildi. Bununla da Ön Qafqazda yaşayan çoxlu azərbaycanlı, gürcü və kürdün zorla digər bölgələrə köçürülməsi məhz bu dövrdən etibarən geniş miqyas almışdı. Zorla, amansızlıqla həyata keçirilən bu siyasət nəticəsində Cənubi Qafqaz xalqlarının ictimai-iqtisadi baxımdan inkişafı prosesi xeyli ləngidildi. Əhalinin zor gücünə İsfahana, Mazandarana və İranın digər bölgələrinə köçürülməsi, ölkənin talan edilməsi Azərbaycan xalqı üçün böyük müsibət idi. Bu zorakılıq tədbiri tarixşünaslıqda Böyük sürgün adı ilə məşhurdur.

İsgəndər bəy Münşi yazırdı ki, fərman veriləndən bir neçə gün sonra Şahın qərargahını yerləşdirməyə yer yox idi. Çünki Naxçıvan və onun ətrafındakı yaşayış məntəqələri xarabazara çevrilmişdi. Beləliklə, Naxçıvan, İrəvan, Culfa və digər abad diyarlar Səfəvi Şahının fərmanı ilə yandırıldı və əhalisi köçürüldü. Cığalızadə Yusif Sənan Paşanın komandanlığı altında Osmanlı ordusu İrəvana kimi irəlilədi, lakin qızılbaşlar tərəfındən ərzaq ehtiyatının məhv edilməsi onların vəziyyətini ağırlaşdırdı və qoşunda qarışıqlıq başlandı. Buna görə Sənan Paşa yürüşü dayandırdı və qışlamaq üçün Vana qayıtmağa məcbur oldu. Bu müharibə 1612-ci ildə Sərab sülhü ilə nəticələndi.

Hərbi-siyasi tədbir kimi qələmə verilən bu köçürmə prosesi başqa bir məqsədə də xidmət edirdi. Köçürmənin digər səbəbi Səfəvi şahının İranın daxili vilayətlərinin məhsuldar qüvvələrini inkişaf etdirmək və dünya tranzit ticarətinin əsas yolunu Səfəvi dövlətinin cənubuna köçürmək niyyəti idi. Culfa tranzit ticarəti baxımından son dərəcə əlverişli ərazidə yerləşirdi. Buradan Avropaya gedən karvan yolu Osmanlı Türkiyəsindən keçirdi. Şah Abbas Şərq-Qərb ipək ticarət yolunu Cənuba — Fars körfəzi limanlarına keçirmək qərarına gəlmişdi. Bu məqsədlə Culfa əhalisini İsfahana köçürmüşdü. Lakin qeyd etmək lazımdır ki, Şah Abbas bu tədbiri həyata keçirməyə məcbur olmuşdu. Ölkənin ticarət mərkəzinin dəyişdirilməsi istiqamətində görülən işlər obyektiv zərurətin tələbi, Osmanlı təhlükəsinin mövcudluğu ilə əlaqədar idi.

Bu köçürülmə zamanı xüsusilə ərazidəki ən qədim yaşayış məskənlərindən biri olan Cuğa şəhəri (xarabalıqları Naxçıvan MR-nın Culfa rayonu ərazisindədir) dağıdılmış, sakinləri isə (bəzi mənbələrdə 12.000 ailə, bəzilərində 20.000 nəfər kimi qeyd edilir) İsfahan ərazisinə köçürülmüş və burada onlar üçün ayrılmış ərazidə Yeni Culfa şəhərciyinin əsasını qoymuşlar. Bu dövrdə ermənilərin cənub-şərqi Asiya ölkələrinə, xüsusilə Hindistan və Birmaya köçü baş vermişdir.

Hadisələr zamanı İranın içlərinə köçürülmüş əhalinin sayı 250.000(bəzi mənbələrdə 300.000) nəfər olaraq qiymətləndirilir. XIX əsrin əvvəllərində İranın cənubi və mərkəzi əyalətlərində köçürülmüş ermənilərin xələfləri olan 600.000-dən çox erməni yaşayırdı. Köçürülmüş ermənilərin bir çoxu yerli müsəlman hakimlərin təzyiqi ilə sonradan İslamı qəbul etmiş assimilyasiya olunmuşdur.

Ciğaloğlu Sənan Paşanın komandanlığı altında Osmanlı ordusu İrəvana kimiirəlilədi, lakin qızılbaşlar tərəfındən ərzaq ehtiyatının məhv edilməsi onların vəziyyətini ağırlaşdırdı və qoşunda qarışıqlıq başlandı. Buna görə Sənan Paşa yürüşü dayandırdı və qışlamaq üçün Vana qayıtmağa məcbur oldu. Şah Abbas Vanda olan Sənan Paşanın qüvvələrini dəf etmək üçün Təbrizdə yeni qala tikdirdi və buraya 2–3 illik ərzaq, hərbi sursat topladı. O, Allahverdi xanın başçılığı altında Vana, Cığalızadə Yusif Sənan Paşa üzərinə 13 minlik qüvvə göndərdi. Osmanlı ordusu İbrahim paşanın komandanlığı altında Səfəvilərlə döyüşdə məğlubiyyətə uğradı. Cığalızadə Yusif Sənan Paşa Ərzuruma qaçaraq yeni qüvvələr toplamağa başladı. Van bölgəsini talan edən qızılbaş qoşunu böyük qənimətlə Xoya-şah qərargahına qayıtdı.

Cığalızadə Yusif Sənan Paşa 1605-ci ilin mayında 100 minlik qoşunla Azərbaycana ikinci dəfə yürüşə başladı. Osmanlı qoşunu ilə həlledici döyüşə girmək şah Abbasın planında yox idi. Cığalızadə Yusif Sənan Paşanın Vana gəldiyini öyrənən şah Səlmasdan Təbrizə qədər olan ərazinin əhalisini köçürdü və ərzaq ehtiyatını məhv etdi. Osmanlı qoşunu Urmiya gölünün şimalında yerləşən Təsucdan keçərək Təbrizin 6 fərsəxliyində yerləşən Sufiyanda qızılbaş ordusu ilə qarşılaşdı.

1605-ci il noyabrın 7-də burada həlledici döyüş baş verdi. Osmanlı ordusu ağır məğlubiyyətə uğradı. Döyüşdə 100000 Osmanlı qüvvəsi,60000 Səfəvi qüvvəsi iştirak edirdi. Cığalızadə Yusif Sənan Paşa Diyarbəkirə qaçdı və tezliklə oradavəfat etdi.Qızılbaşlar bu döyüş zamanı külli miqdarda hərbi qənimətə sahib oldular. Təsuc əhalisinin bu zaman osmanlılara qarşı mübarizəsi I Şah Abbas tərəfindən yüksək qiymətləndirildi. Təsuclular iki il müddətinə malcəhət və digər vergilərdən azad edildilər.

I Şah Abbas Sənan Paşa üzərindəki qələbədən sonra, qışın sərt keçməsinə baxmayaraq, Qarabağa daxil olub,Gəncəni mühasirəyə aldı. Bu vaxt (1605 −1606-cı ilin qışı) hər iki tərəfın dağıdıcı fəaliyyəti nəticəsində Azərbaycanı və qonşu ölkələri aclıq bürüdü. Qarabağ kəndliləri taxıl əkib-becərə bilmədilər. Şah Qarabağa daxil olan kimi qoşunu ərzaqla təmin etmək üçün təcili tədbirlər gördü. O, Azərbaycanın digər bölgələrindən Qarabağa 20 min xalvar (7 min tona yaxın) taxıl gətirilməsi barədə xüsusi fərman verdi. Gəncədəki Osmanlı qarnizonu şəhərin təslim edilməsi təklifi ilə razılaşmadı. Gəncə qalasının mühasirəsi 4 aya yaxın davam etdi. Səfəvi ordusu osmanlıların müqavimətini qıraraq 1606-cı il iyulun 5-də Gəncə qalasını aldı. Osmanlı qarnizonu qılıncdan keçirildi. Salnaməçinin dediyinə görə, şahın əmri ilə onların 2,5 min nəfəri Həsənçay adlı yerdə edam edildi. Qarabağın hakimi Hüseyn xanı Müsahib Qacar hakimiyyətdən uzaqlaşdırıldı, yerinə Məhəmməd Ziyadoğlu Qacar təyin olundu.

Gəncənin ardınca Lori,Tiflis və Dmanisi qalalarının Osmanlı qarnizonları müqavimət göstərmədən təslim oldular. I Şah Abbas Dərbəndi və Şamaxını tutmaqla Qafqazda möhkəmlənmək istəyirdi. Kəffədən Şəmsəddin paşanın başçılığı ilə Şamaxıya əlavə qüvvələrin gəlməsi Şamaxıda Osmanlı qarnizonunun mövqeyini möhkəmləndirdi. Osmanlı ordusunun Qafqaza və Krım xanının qoşunla şimal istiqamətindən Şirvan ərazisinə gələcəyi haqqında xəbərlər osmanlı qarnizonunu ruhlandırdı və onlar Şamaxıdan çıxmadılar. Osmanlının Şirvan hakimi Əhməd paşa I Şah Abbasın təslim olmaq haqqında təklifini qəbul etmədi. Səfəvi ordusu 1607-ci il yanvarın 9-da Şamaxıya çatdı. Ərzaq çatışmazlığı və güclü yağışlar nəticəsində hücum əməliyyatı üç ay gecikdi. Səfəvilərin Şamaxıya çatması xəbəri Bakıda Osmanlılara qarşı üsyan başlamasına səbəb oldu. 1607-ci ilin yanvarında başlanan üsyana şəhər əyanları rəhbərlik edirdilər. Üsyançılar Osmanlı qarnizonunu məğlub edərək şəhəri ələ keçirdilər. Dərbənddə də Osmanlılara qarşı üsyan başladı. 1607-ci ilin fevral-mart aylarını əhatə edən üsyan nəticəsində Osmanlı qarnizonu I Şah Abbasın təslim olma tələbini qəbul etdi. 1607-ci il martın əvvəllərində yerli əhalinin və şah qoşununun birgə səyi nəticəsində Dərbənddə osmanlı hakimiyyətinə son qoyuldu. Dərbəndin əhalisi şah fərmanı ilə dövlət vergilərindən azad edildi. Çıraq Sultan Ustaclı Dərbəndin hakimi təyin edildi.

Şamaxının mühasirəsi davam edirdi. Nəhayət Zülfüqar xanın qoşunu qala bürcünü dağıdandan sonra şəhərə daxil ola bildilər. Bir həftə davam edən qanlı vuruşma nəticəsində osmanlı qarnizonu məğlub edildi. 1607-ci il iyunun 27-də təslim oldular. Zülfüqar xan Qaramanlı Şirvanın hakimi təyin edildi.

Lakin hücum bir tərəfdən ərzaq və ələfin çatışmaması, digər tərəfdən isə qoşunun hərəkətinə mane olan və günlərlə davam edən leysan yağışlar nəticəsində üç aya qədər təxirə salındı. Bu şəraitdə Bakı, Dərbənd əhalisi də osmanlılara qarşı üsyana başladı.

1607-ci ilin yanvarında Bakıda osmanlıların əleyhinə üsyan qalxdı. Şəhər üsyan başçılarının əlinə keçdi və şah qərargahı ilə əlaqə yaradıldı. Bakıda baş vermiş üsyan Şah Abbası son dərəcə sevindirdi: Səfəvi hökmdarı üsyançıların əksəriyyətinə "hədiyyələr, soyurqallar, bahalı paltarlar" bağışladı. Dərbənddə də osmanlılara qarşı üsyan baş verdi. Üsyançılar şah qoşunları ilə birgə çıxış edərək Dərbəndin hərbi rəisi Həsən paşanı təslim olmağa məcbur etdilər (Dərbənddə üsyan 1607-ci ilin fevral-mart aylarında baş vermişdi). Şəhərdə Osmanlı hakimiyyətinə son qoyuldu. Rüstəm Qaytaqlı şəhər hakimi vəzifəsindən kənar edildi. Çıraq Sultan Ustaclı şəhərin yeni hakimi təyin olundu. I Şah Abbas göstərdikləri şücaətə görə Dərbənd əhalisini bütün dövlət vergilərindən azad etdi.

Bu zaman Şamaxı şəhərinin mühasirəsi davam edirdi. 1607-ci ilin iyununda Səfəvi hərbi hissələrinin şəhərə güclü hücumu nəticəsində qala bürclərindən biri ələ keçirildi. Şəhərdə gərgin döyüşlər bir həftə ərzində davam etdi. Osmanlı hərbi hissələri iyunun 27-də silahı yerə qoyaraq təslim oldular. Salnaməçinin yazdığına görə,"bir anda 2–3 min nəfər qılıncdan keçirildi və Şamaxı şəhəri tamamilə dağıdıldı". Zülfüqar xan Qaramanlı Şirvanın hakimi təyin edildi. Beləliklə, XVII əsrin əvvəlində dörd il davam edən Səfəvi-Osmanlı müharibələrinin birinci mərhələsi Səfəvilərin qəti qələbəsi ilə başa çatdı. Azərbaycanın bütün ərazisi və qismən Dağıstan Şah Abbasın hakimiyyəti altına düşdü.

I Şah Abbas 1613-cü ilin oktyabr ayında Azərbaycanın şimal vilayətlərinə və Gürcüstana yürüş etdi. Səfəvi dövlətinin Cənubi Qafqazda möhkəmlənməsi Osmanlı sarayında narahatlıq yaratdı. I Şah Abbasın İstabul sülh müqaviləsindəki öhdəliyə görə osmanlılara verməli olduğu 200 tay ipəyi göndərməməsi də Səfəvi-Osmanlı münasibətlərini gərginləşdirdi. Şah tərəfindən Səfəvi dövləti ilə danışıqlara gələn Osmanlı elçisinin iki ilə yaxın saxlanılması və geri qayıtmağına icazə verilməməsi də osmanlılarla münasibətə mənfi təsir göstərdi.

I Şah Abbas sülhün pozulmasının qarşısını almaq üçün hədiyyələrlə öz elçisini I Sultan Əhmədin yanına göndərdi. Lakin Osmanlı sultanı müharibəyə başlamaq haqqında qərar verdi. I Şah Abbas Qasım xanla 200 tay ipəyi Osmanlı sarayına göndərsə də sultan qərarını dəyişmədi. Növbəti dəfə göndərilən Səfəvi elçisi həbs edilib zindana salındı. Beləliklə, 1616-cı ilin aprelində baş vəzir Qara Mehmet paşanın rəhbəriyi ilə Osmanlı ordusu Ərzurumdan yürüşə başladı. 1616-cı ilin avqust ayında İrəvan qalası yüz minlik Osmanlı ordusu ilə mühasirəyə alındı. I Şah Abbas osmanlılarla həlledici döyüşə girmədi. Osmanlı ordusuna ərzaq gətirilməsinə mane olmağı, geriyə yolunu bağlamağı, mühasirəyə alaraq qəfil hücumlarla zərbə vurmağı qərara aldı. Mühasirənin uzanması, Osmanlı ordusunun ərzaq və sursat sarıdan çətinlik çəkməsi, qışın sərt keçməsi Mehmet paşanı I Şah Abbasın yanına elçi göndərməyə məcbur etdi. Noyabrın 5-də mühasirə dayandırıldı, osmanlılar geri çəkilərkən çoxlu itki verdilər.

Şah Abbbas osmanlıların gələcək yürüşlərini pozmaq üçün yenə əski üsullara əl atdı. Səfəvi ordusu Qarçıqay xanın başçılığı altında Ərzurum və Vana keçib, bu bölgələri boşaltdı. Azərbaycana yürüşə hazırlaşan Xəlil paşanın qüvvəsi qışlamaq üçün Diyarbəkirə çəkilməyə məcbur oldu.

Baş vəzir Xəlil paşanın ordusu 1618-ci ildə yenidən Təbrizə doğru yola düşdü. Qarçıqay xan Təbrizi, Şah Abbas özü isə Ərdəbili boşaltdılar. Türkiyə ordusu boş Təbriz şəhərinə döyüşsüz daxil oldu.

Şah I Abbas osmanlı ordusunu boşaldılmış bölgələrdəki çətin yollarla arxasınca aparıb yorurdu. Xəlil paşanın yollarda yorğun düşmüş 50 minlik ordusu Ərəşdabanla Saqamçay arasında Sınıq körpüdə şahın ordusu ilə qarşılaşdı. Savaşda Həsən paşa öldürüldü. Krım xanı Canıbəy Gəray qaça bildi; onun vəziri Mirzə bəy, Van bəylərbəyi Məhəmməd paşa əsir alındı. Türkiyə ordusu 15 minə yaxın itki verdi

1612-ci il noyabrın 20-də İstanbulda Səfəvi-Osmanlı sülhü bağlandı. Sülh müqaviləsinə görə 1555-ci il Amasya sülhünün müəyyən etdiyi sərhədlər qəbul edildi.

1612-ci ildə imzalanmış İstanbul sülh müqaviləsinə görə Osmanlı dövləti İranın tutmuş olduğu ərazilərdəm imtina etdi,1578-ci ilədək mövcud olmuş Səfəvi – Osmanlı sərhəddi bərpa olundu. Dağıstan, Şimalı Qafqaz və Qərbi Gürcüstan osmanlılara, Qərbi İran, İrəvan, Azərbaycanın şimal hissəsi ilə birgə Naxçıvan və Qarabağ səfəvilərə verilirdi; İranda sünnilərə küfr edilməməli idi.

Osmanlı dövlətinin irəli sürdüyü şərtlər əsasında I Şah Abbas hər il 200 tay ipək xərac verməyi; rusların Terek çayı sahilində tikdikləri qalanı dağıtmaq və onları uzaqlaşdırmaq üçün osmanlılar tərəfindən təşkil olunan yürüşə mane olmayacağını öhdəsinə götürdü. Bundan başqa Səfəvilər söz verirdilər ki, İraq sərhəddində osmanlılara qarşı qiyam qaldıran bəylərə yardım etməyəcək, Dağıstan Şamxalı başda olmaqla buradakı Osmanlı hakimiyyəti tanınacaq. Həmçinin müqavilədə göstərilirdi ki, Səfəvilər dövlətində şiələr sünni böyüklərinə küfr etməyəcək, Səfəvi ölkəsindən olan hacılar Həccə Bağdad və Bəsrə yolu ilə deyil, Hələb-Şam yolu ilə gedib gələcəklər.

İstanbul sülh müqaviləsində ilk dəfə idi ki, tərəflər arasında "Şimali Qafqaz məsələsi" öz əksini tapmışdı. Həmçinin 1555-ci il sülhünə görə şərqi Mesxeti və Axalsık Səfəvi dövlətində qalsa da İstanbul sülhü bağlanan zaman Osmanlı dövlətinin nəzarətində qalmışdı. Bu müqaviləyə görə Şəhrizor, Kürdüstanın bir hissəsi, Bağdad əyalətinin müəyyən hissəsi də Osmanlı dövlətinə verildi. Ona görə də I Şah Abbas 1555-ci il Amasya sülh müqaviləsini tam bərpa etmədiyi üçün sülhün şərtlərindən tam razı deyildi.

Səfəvilərlə Osmanlı qoşunu arasında həlledici döyüş 1618-ci il sentyabrın 10-da Sınıq körpü adlı yerdə baş verdi. Osmanlı ordusu 15 min əsgər itirərək ağır məğlubiyyətə uğradı. Döyüşdə Ərzurum bəylərbəyi Həsən paşa öldürüldü, Van bəylərbəyi Mehmed paşa və Krım xanının baş vəziri Mirzə bəy əsir alındı. Canıbəy qaçaraq canını qurtardı.

Bu məğlubiyyətdən sonra Xəlil paşa geri çəkilib sülh danışıqlarına başladı. 1618-ci il sentyabrın 26-da Mərənddə II Osman ilə şah I Abbas arasında sülh müqaviləsi imzalandı. Bu sülhün 1612-ci il II İstanbul sülhündən əsas fərqi Səfəvilərin ildə verəcəyi 200 tay ipək bacın 100 taya endirilməsi idi. Osmanlı sultanı II Osman 1619-cu il sentyabrın 29-da Səfəvi-Osmanlı sülh müqaviləsini təsdiq edərək Avropa səfərinə çıxdı. 1618-ci il Səfəvi-Osmanlı sülh müqaviləsini şah Abbas pozdu XVII əsrin 20-ci illərində Osmanlı imperiyasında hərc-mərcliyə başlandı. Ölkədə yeniçərlər özbaşınalıq edir, sultanları hakimiyyətdən devirir, başqası ilə əvəz edirdilər. Bundan istifadə edən şah Abbas 1622–1623-cü illərdə İraqi Ərəbi-Bağdad, Kərbəla, Nəcəf Mosul və Kərkük şəhərlərini ələ keçirdi. Az sonra isə,1618-ci ilin sülhünə görə, osmanlılarda qalan Axalsık qalası tutuldu.

• Azərbaycan tarixi. Yeddi cilddə. III cild (XIII–XVIII əsrlər). Bakı. "Elm". 2007. ISBN 978-9952-448-39-9
• NİZAMİ SÜLEYMANOV. A Z Ə R B A Y C A N SƏFƏVİ DÖVLƏTİ 1501- 1736-cı illər. Bakı: “İqtisad Universiteti” Nəşriyyatı. 2018. 214 səh. ISBN 978-9952-34-620-6.
• Süleyman Əliyarlı. Azərbaycan tarixi (Uzaq keçmişdən 1870-ci illərə qədər). Bakı: “Azərbaycan” Nəşriyyatı. 1996. 872 səh.
• Мамедов С.А. Азербайджан по источникам XV-первой половины XVIII вв. — Баку, 1993