Ermənilərin Sədərəyə, ümumən Naxçıvana, Azərbaycana torpaq iddiaları 1990-cı illərdən başlamır. 1918–1920-ci illərdə Sədərək əhalisinin ermənilərə qarşı apardığı mübarizədə Abbasqulu bəy Şadlinskinin rəhbərliyi ilə təşkil olunmuş "Qırmızı Tabor"un böyük xidmətləri olub. Qırx nəfəri sədərəkli olan "Qırmızı Tabor"un əsas qərargahı bir müddət Sədərəkdə yerləşib. Dərələyəz və Zəngəzur dağlarına çəkilmiş daşnak dəstələri hücumları ilə Şərur əhalisini rahat buraxmayanda "Qırmızı Tabor"un döyüşçüləri 40 kilometrlik cəbhə xəttində daşnak dəstələrini susturmuşdur.

Moskva və 1921-ci il oktyabr ayının 13-də imzalanmış Qars müqavilələrinə baxmayaraq, heç bir əsaslı səbəb olmadan, hər iki müqavilənin şərtləri kobud şəkildə pozulmuş və həmin müqavilələri qanunsuz olaraq Zaqafqaziya SFSR MİK Rəyasət heyətinin 18 fevral 1929-cu il tarixli qərarı ilə Azərbaycanın Naxçıvan MSSR ərazisindən 657 kvadrat kilometr torpaq sahəsi Ermənistan SSR-ə verilmişdir. Nəticədə azərbaycanlı əhali zaman-zaman həmin əraziləri tərk etmiş və bu torpaqlar saxta yolla Ermənistan ərazisinə çevrilmişdir. Azərbaycan Mərkəzi İcraiyyə Komitəsinin 5 may 1938-ci il tarixli qərarı ilə Naxçıvan Muxtar Respublikasının Kərki kəndinin ətrafındakı torpaqların xeyli hissəsi Ermənistana verildi.

1988-ci ildə Dağlıq Qarabağda erməni separatizminə qarşı SSRİ tərəfindən lazimi tədbirlər görülmədiyindən ermənilər artıq Naxçıvana da hücum etməyə başlayırlar. İlk hədəf Sədərəkdən 10 km aralı yerləşən və hər tərəfdən Ermənistanla sərhəd olan Kərki anklavı idi. 1989-cu il dekabrın sonlarında vəziyyət daha da gərginləşir. Kəndin üç yerində post qurulsa və hər postda 15 nəfər könüllü olsa da, bununla yanaşı, muxtar respublikanın digər rayonlarından bura kömək gəlsə də, bu, yaşayış məntəqəsini düşməndən qorumağa kifayət etmirdi. Çünki dörd bir tərəfi düşmənlə əhatə olunan kəndi qoruyan könüllülərin silahı da az idi. Daha sonra könüllülərə kəndin Sovet əsgərlərinin qoruyacağı deyilir. Könüllülər kəndi Sovet əsgərlərinə təhvil verdikdən sonra onlar da öz növbələrində kəndi ermənilərə verirlər.

Ermənilər Sədərəkdən Kərkiyə gedən avtomobil yolunu kəsdiyindən hər axşam Sədərəkdən Kərkiyə "Qaraağac–Cəhənnəmdərə" yolu ilə yük maşınıyla, bəzən də piyada 30–40 nəfər könüllü müdafiəçi gedir, gecəni səhərə qədər kərkililərlə birlikdə kəndi qoruyurdular. 1990-cı il yanvarın 15-də səhər saat 4 radələrindən 18–19-a qədər şiddətli atəş olub. 30 nəfərədək Kərki sakini Şərur Rayon Polis Şöbəsinin 3 əməkdaşı ilə birlikdə 2 mindən çox silahlı erməniyə qarşı vuruşsa da, müasir silahlarla silahlanmış ermənilərlə döyüşən Kərkinin müdafiəçilərinin bütün səylərinə baxmayaraq, SSRİ Müdafiə Nazirliyinin 7-ci ordusunun sayəsində Şərur rayonunun Kərki kəndi işğal olunur. Ermənistan Silahlı Qüvvələri Kərki kəndini işğal etməklə Sədərəyin şimali-şərq istiqamətindən öz hərbi qüvvələrini Sədərəyə tərəf xeyli irəlilədə bilmiş, Əjdaha, Cintəndiri, Beşbarmaq, Ucubiz və Mil istiqamətlərindən Sədərəyi mühasirə vəziyyətinə salmışdı.

1989-cu il dekabrın 14-də güclü atəşə tutulan Sədərək, Günnüt və Havuş kəndləri 1990-cı il yanvarın 19-da təxminən səhər saat 11 radələrindən etibarən daha intensiv hücumlara məruz qalıb. Həmin vaxt ermənilər muxtar respublikanın, demək olar ki, bütün sərhəd kəndlərini atəşə tutsalar da, əsas qüvvələrini Sədərək istiqamətinə yönəltmişdilər. Sədərək yanvarın 19-da şiddətli top atəşinə tutulub.

Naxçıvanda Sovet Ordusunun erməni hərbi birləşmələrinə dəstək verməsinə, SSRİ rəhbərliyinin təcavüzkar hərəkətlərə göz yummasına qarşı ciddi etiraz dalğası başlayıb. 1990-cı il yanvarın 19-da təkcə sovet rəhbərliyini deyil, bütün dünyanı təəccübləndirən növbəti hadisə baş verib. Naxçıvan Muxtar Sovet Sosialist Respublikası SSRİ-nin tərkibindən çıxdığını bildirərək, özünü müstəqil respublika elan edib. Naxçıvan MSSR Ali Sovetinin qərarında qeyd olunub ki, bu qərar muxtar respublikanın ərazi bütövlüyü və vətəndaşlarının həyatı təhlükə qarşısında qaldığı və beynəlxalq hüquqi qüvvəsi olan Qars müqaviləsinin şərtləri kobud surətdə pozulduğu üçün qəbul edilib. Qərarda Azərbaycanın o vaxtkı kommunist rəhbərliyinin Naxçıvana qarşı erməni təcavüzünə biganə qalması da buna səbəb kimi göstərilib.

Heydər Əliyev 1998-ci il yanvarın 14-də Azərbaycan Respublikası Konstitusiya Komissiyasının iclasında çıxışı zamanı Naxçıvan Muxtar Respublikasının Konstitusiya statusuna münasibət bildirərkən demişdi:

1990-cı il iyul ayının 22-də Naxçıvana səfər edən Heydər Əliyev iyulun 28-də Sədərək kəndinə gəlir.

Sədərəyin müdafiəsini gücləndirmək məqsədilə Azərbaycan SSR Ali Soveti Rəyasət heyətinin qərarı ilə 29 avqust 1990-cı ildə Sədərək rayonu yaradılır. Buna qədər Sədərək Şərur rayonunun tərkibində olub.

18 may 1992-ci ildə Ermənistan Silahlı Qüvvələri üç istiqamətdən – Əjdaha dağı, Beşbarmaq–Ucubiz və Mil dağı–Qaraburun istiqamətlərindən hücuma keçib Sədərək rayonunu işğal etmək istəyirdi. Ermənistanın ağır hücum əməliyyatları nəticəsində Azərbaycan tərəfindən 38 nəfər şəhid olur. Mildə şəhid olanlardan 17 nəfərin nəşini götürmək mümkün olmur. Heydər Əliyevin səyi nəticəsində 10 gün sonra döyüşdükləri səngərdən götürülərək torpağa tapşırılır. Heydər Əliyev ağır yaralıların Türkiyəyə göndərilməsi üçün ciddi tapşırıqlar verir.

Sədərək 1990–1993-cü illərdə 14 dəfə ermənilərin güclü hücumuna məruz qalıb. Sədərəyə 300-ə yaxın top mərmisi atılıb, 500-ə yaxın ev, məktəb, ictimai-inzibati binalar, sosial obyektlər dağıdılıb.

1970-ci illərdə Heydər Əliyevin təşəbbüsü ilə Sədərək rayonu ərazisində 71 ailədən ibarət salınan qəsəbə ermənilərin hücumu nəticəsində bərbad vəziyyətə düşsə də, yenidən abadlaşdırılıb. Sakinlərin təşəbbüsü ilə yaradıcısı və qurucusu Heydər Əliyevin şərəfinə qəsəbə Heydərabad adlandırılıb.

1990–1993-cü illərdəki müharibə tarixə Sədərək döyüşləri kimi düşdü. 12–14 km-lik döyüş zolağı olan Sədərəkin Kərki kəndi Naxçıvanın ermənilər tərəfindən işğal olunmuş yeganə kəndidir.