31 dekabr 1991-ci ildə SSRİ-nin dağılması ilə Sovet ordusu başsız qaldı. Növbəti ilyarım ərzində onu MDB ölkələrinin vahid ordusuna çevirmək cəhdləri uğursuz alındı. Zamanla yeni müstəqil olmuş dövlətlərdə olan silahlı qüvvələr yerləşdikləri ölkələrə xidmət etməyə başladılar, imzalanmış müqavilələr əsasında Sovet ordusundan qalmış hərbi texnika yeni qurulmuş ordular arasında bölüşdürüldü. 7 may 1992-ci ildə rusiya Müdafiə Nazirliyi qurulduqdan sonra ilk müdafiə naziri təyin olundu. Növbəti bir neçə il ərzində Rusiya ordusu Mərkəzi və Şərqi Avropadan, həmçinin yeni qurulmuş keçmiş SSRİ respublikalarının çoxundan öz qoşunlarını çıxardı. Rus ordusu ancaq bir neçə mübahisəli ərazilərdə, Dnestryanı, Sevastopol və Abxaziyada qaldı. 1993-cü ilin noyabr ayında qəbul olunmuş hərbi doktrinaya əsasən Rusiya qlobal supergüc olmaq iddiasından əl çəkir və yalnız regional lider olmaq vəzifəsinə iddia edirdi. Yeni doktrina regional konfliktlərin qarşısına almağa yönəlmişdi və yüksək hazırlıqlı kiçik dəstələrdən ibarət mobil ordunun qurulmasını nəzərdə tuturdu. Lakin belə ordunun qurmaq çox çətin vəzifə olaraq qaldı. Pavel Qraçevin nazir olduğu zaman orduda çox az dəyişikliklər baş verdi. Sonrakı Müdafiə naziri Rodionov çox yaxşı mütəxəssis olsa da, orduda gözəçarpan dəyişikliyə nail ola bilmədi. Yalnız nazir İqor Sergeyevin dövründə bəzi reformlar başladı, lakin əsas diqqət Strateji Raket Qoşunlarına yönəlmişdi.

2008-ci ildə müdafiə naziri Anatoli Serdyukovun dövründə Rusiya ordusunda əhəmiyyətli hərbi reformlara başlandı. Reformların əsas məqsədi hərbi qulluqçuların sayının 2012-ci ildə (ən geci 2016-cı ildə) 1 milyon nəfərə kimi azaldılması, zabitlərin sayının azaldılması, zabit hazırlığının mərkəzləşdirilməsi və zabit məktəblərinin sayının 65-dən 10-a azaldılması, mərkəzi qərargahın şəxsi heyətinin azaldılması, ordunun təchizatında mülki şirkətlərə yer verilməsi, eytiyat qüvvələrin yenidən təşkilatlandırılması, ordunun briqada sisteminə keçirilməsi, hərbi hava qüvvələrinin polk sistemindən aviabaza sisteminə keçirilməsi aparılan islahatların əsas istiqamətləri idi. Ümumiyyətlə, islahatların əsas məqsədi şəxsi heyətin azaldılması və orduya ayrılan vəsaitin artırılması idi. Ordudakı islahatların digər məqsədlərindən biri də hərbi hissələrin məişət şəraitinin yaxşılaşdırılmasıdır.

silahlı qüvvələrin əsas idarəedici orqanıdır. Sovet dövründən bəri Baş Qərargah ordunun əsas qərarlarının verən mərkəzdir. Lakin indi Baş Qərargahın rolu azaldılaraq Müdafiə Nazirliyinin strateji planlaşdırma şöbəsi vəziyyətinə gətirilib. Rusiya ordusunun baş qərargah rəisi ordu generalı Valeri Gerasimovdur. Rusiya Silahlı Qüvvələri aşağıdakı qoşun növlərinə bölünüb:

• Rusiya Quru Qoşunları
• Rusiya Hərbi Hava Qüvvələri
• Rusiya Hərbi Dəniz Qüvvələri
• Strateji Raket Qoşunları

2010-cu ildəki struktura görə Quru qoşunları, HHQ və donanma 4 hərbi dairəyə bölünüb. Bunlar Qərb Hərbi Dairəsi, Şərq Hərbi Dairəsi, Mərkəzi Hərbi Dairəsi və Cənub Hərbi Dairəsidir. Bundan başqa ölkə xaricində Rusiyanın Ermənistanda 105-ci hərbi bazası yerləşir və bu baza Cənub Hərbi Dairəsinə tabedir. Hərbi donanma 4 dairə və bir flotiliyadan ibarətdir:

• Xəzər Dənizi Flotiliyası