1481-ci ildə Heydelberqdə anadan olan Ruprext, Pfalsda səkkiz qardaş arasında böyümüşdü. Atası, statusuna uyğun olaraq üçüncü oğlu üçün kilsə vəzifəsi planlaşdırırdı. Filipp Ruprextin 1491-ci ildə doqquz yaşında Vürtsburqda kanon olmasına çalışdı, 1 fevral 1492-ci ildə Frayzinq yepiskop köməkçisi təyin edildi və qısa müddət sonra Frayzinqdə kafedralda işləməyə başladı. Papa bunu təsdiq etmədi, lakin bunun heç bir fərqi olmadı. 1493-cü ildə Maynsda Müqəddəs Mariya kilsəsində provost oldu. 1495-ci ildə yepiskop ölümü ilə Frayzinq yepiskopuluğu boş qaldıqda, Filipp oğlunu yepiskop təyin etdi. 1495-ci il avqustun 1-də kafedral rəhbərliyinə seçkilər zamanı Bavariya-Münhen hersoqluğundan bir namizəd və Bavariya-Landsxut tərəfindən dəstəklənən Ruprext vardı. Seçim yekdilliklə Ruprextin üzərinə düşdü. Papa VI Aleksandr da öz növbəsində bundan imtina etmədi və 8 fevral 1496-cı ildə on beş yaşlı gənci rəsmi olaraq bu posta təyin etdi. Ruprext, hələ çox gənc olduğu üçün kilsə tərəfindən keşiş kimi təqdis etmədən, yepiskop idarəsini rəsmi olaraq götürdü.

Bu arada Bavariya-Landsxut hersoqu I Georq və həyat yoldaşı Yadviqa Yagellonun oğlan övladı olmurdu. Buna görə də Georq həm imperiya qanunlarını, həm də sülalə müqaviləsini pozaraq qızı Elizabetanı 19 sentyabr 1496-cı ildə varisi olaraq təyin etdi və ona ər axtarmağa başladı. Yepiskop olmaq arzusunda görünməyən Ruprext, Georqun kürəkəni olmaq niyyətində idi. 19 yanvar 1498-ci ildə Ruprext kafedral rəhbərliyinə istefa vermək istədiyini dedi və 3 dekabr 1498-ci ildə Papa VI Aleksandr buna razılaşdı. Ruprextin yerinə qardaşı təyin olundu. 1499-cu il fevralın 10-da Ruprext və Elizabet evləndilər. Bu evlilikdən əkizlər Georq və Ruprext (noyabr 1500 — avqust 1504), Otto Henri (10 aprel 1502 – 12 fevral 1559) və Filipp (12 noyabr 1503 – 4 iyul 1548) doğuldu.

Hersoq Georq hələ də Elizabetin mirasını saxlayacağına əmin ola bilmədiyi üçün 1503-cü ilin payızında Ruprexti özünə qəyyum təyin etdi və mühüm Landsxut və Burqauzen qalalarını ona təhvil verdi. Hətta Ruprexti sonra övladlığa götürdü. Georq 1503-cü il dekabrın 1-də öldü və onun vəsiyyəti Bavariya-Münhen hersoqu IV Albert tərəfindən tanınmadı.

Georqun ölümü və Elizabetlə Ruprextin inadı nəticəsində Landsxut varislik müharibələri başladı.13 iyun 1504-də Albert və Ruprexin qoşunları arasında ilk böyük döyüş Landsxut yaxınlığında baş verdi. Albert döyüşdə qalib gəldi və Ruprext şəhərə çəkilmək məcburiyyətində qaldı və avqustun 20-də dizenteriyadan öldü. Onun iki ilk oğlu, Georq və Ruprext, ondan bir qədər əvvəl xəstəlikdən ölmüşdü; az sonra arvadı Elizabet də 1504-cü il sentyabrın 15-də öldü. Ruprext, arvadı və əkizləri Landsxutdakı Seligental monastırında dəfn edildilər.