31 avqust 1954-cü ildə Azərbaycan SSR–də, DQMV-nin Xankəndi (keçmiş Stepanakert) şəhərində anadan olmuşdur. Sovet İttifaqı illərində Xankəndidə bir sıra müəssisələrdə müxtəlif vəzifələrdə çalışmışdır.

1988-ci ildən Qarabağda erməni millətçilərinin başlatdığı Miatsum hərəkatına qoşulur və bir müddət sonra separatçıların liderlərindən birinə çevrilir.

Köçəryan azərbaycanlı əhaliyə qarşı qırğınlar törədən Qarabağ ermənilərinin və erməni diasporunun təşkil etdiyi silahlı dəstələrə başçılıq etmişdir.

1991–1992-ci illərdə Dağlıq Qarabağ Ali Sovetinin deputatı, 1994-cü ildən 1996-cı ilədək qondarma Dağlıq Qarabağ Respublikasının prezidenti olmuşdur. 1997-ci ilin martında Ermənistan Respublikasının baş naziri təyin edilmiş, 1998-ci ildə Levon Ter-Petrosyan məcburən istefaya göndərildikdən sonra Ermənistan Respublikasının prezidentinin səlahiyyətlərini 3 fevraldan 30 marta qədər aparmışdır.30 martda prezident seçilmiş, səlahiyyətlərinin icrasında 9 apreldə başlamışdır. 9 aprel 1998-ci ildən 9aprel 2008-ci ilədək bu vəzifəni tutmuşdur. 9 aprel 2008-ci ildə səlahiyyət müddətinin başa çatması ilə əlaqədar prezident vəzifəsindən getmişdir.

Ermənistan müxalifəti Köçəryanın prezident seçildiyi hər iki seçkini saxtalaşdırılmış və qanunsuz seçki hesab edir.

Robert Köçəryanın hakimiyyəti dövründə Ermənistanda yerləşən bir çox müəssisə Ermənistanın Rusiyaya olan borcunu ödəmək məqsədilə Rusiyaya verildi ki, bu da ölkənin Rusiyadan asıllığını daha da gücləndirdi.

Köçəryanın hakimiyyəti dövründə Ermənistan parlamentində baş nazir Vazgen Sarkisyan, parlamentin sədri Karen Dəmirçyan, bir sıra deputatlar və eləcə də hökumət üzvlərinin qətlə yetirilməsi ilə nəticələnən terror aktı baş vermişdir (27 oktyabr 1999). Həmin günün axşamından başlayaraq erməni siyasətçiləri və jurnalistlər bu aksiyanı Robert Köçəryanın təşkil etdiyini bəyan etməyə başladılar.

Robert Koçaryan öz müsahibələrindən birində, Ermənistan-Azərbaycan münaqişəsi barədə danışarkən "Ermənilərlə azərbaycanlıların genetik uyğunsuzluğu barədə" irqçi bir fikir irəli sürmüşdür.

Robert Koçaryan digər şəxslərlə əvvəlcədən əlbir olaraq konstitusiya quruluşunu devirməktə ittiham olunur və bu iş üzrə 2018-ci ilin dekabrında həbs olunub. O zaman prezident seçkilərinin nəticələrini tanımayanların nümayişi zorakılıqla dağıdıldığı zaman silah tətbiq olunmuş, iki nəfəri hüquq-mühafizə orqanlarının nümayəndələri olmaqla 10 nəfər həlak olmuşdu. Söhbət 2008-ci il hadisələrindən gedir. O zaman, prezident seçkilərindən sonra Ermənistanın birinci prezidenti Levon Ter-Petrosyanın tərəfdarlarının təşkil etdiyi aksiyalar davam edirdi. Onlar liderlərinin qalib olduğuna əmin idilər və seçki nəticələrinə yenidən baxılmasını tələb edirdilər. Mərkəzi Seçki Komissiyası isə səsvermə nəticələrinə əsasən, Serj Sarqsyanı qalib elan etmişdi.

Nümayişin dağıdılmasında silah tətbiq olunmuş, 10 nəfər həlak olmuşdu. Həmin vaxt ölkənin prezidenti Robert Koçaryan idi. Mərkəzi Seçki Komissiyasının məlumatına əsasən, prezident seçilən Serj Sarqsyan hələ vəzifə başına keçməmişdi. Buna görə də nümayişin amansızca dağıdılmasında və konstitusiya quruluşunun devrilməsində hazırdda Koçaryan ittiham olunur. Bu iş üzrə Koçaryan artıq 2018-ci ilin dekabrından həbsdə idi, 2019-cu ilin fevralında isə ona qarşı 927 milyon dram (3 milyon dollara yaxın) rüşvət almaqla bağlı növbəti ittiham irəli sürüldü. 2018-ci ilin noyabrında ehtimal olunan rüşvəti verməsi ilə bağlı səsləndirdiyi bəyanat bu ittiham üçün əsas olub. Qondarma Dağlıq Qarabağ Respublikasının hazırkı prezidenti Bako Saakyan və eks-prezidenti Arkadi Qukasyan zamin kimi çıxış edib və məhkəmədən onların həmkarı və dostu olan Koçaryanı azad etməyi xahiş ediblər. Hər iki zamin 500 min dram (təxminən 1000 dollar) həcmində girov yatırıb. "1 mart" işi üzrə istintaq Ermənistanda baş tutan "məxməri" inqilaba qədər ölü nöqtədən tərpənməyib. İnqilab lideri Nikol Paşinyanın başçılığı altında yeni hökumət dərhal bu işin üstünə düşüb. Nəticədə 2018-ci ilin iyulunda Robert Koçaryana qarşı artıq 1 mart 2008-ci il işi üzrə konstitusiya qurulunun devrilməsi ilə bağlı ittiham irəli sürülmüşdü.

İyulun 28-də o bu ittihamla ilk dəfə həbs edilmişdi. Amma iki həftə sonra azad olunmuşdu. Apellyasiya Məhkəməsi ilk instansiya məhkəməsinin onun haqqında çıxardığı həbs qərarını qanunsuz elan etmişdi. Robert Koçaryanın eks-prezident kimi konstitusiyada təsbit olunan toxunulmazlıq hüququ buna əsas olmuşdu. Daha sonra noyabrın 15-də kassasiya məhkəməsi işə yenidən baxılması üçün apellyasiya məhkəməsinə qaytarıb. 2018-ci il dekabrın 7-də apellyasiya məhkəməsi yenidən eks-prezidentin həbsi haqda qərar çıxarıb. Həmin gündən Ermənistanın ikinci prezidenti yenidən həbsxanadadır. Robert Koçaryan bəyan edir ki, onun işi vendettodur, hazırkı Ermənistan hakimiyyəti ondan qisas almağa çalışır.

Yerevanın birinci instansiya məhkəməsi Ermənistanın ikinci prezidenti Robert Koçaryanı 2019-cu il mayın 18-də həbsdən azad edib. Məhkəmənin eks-prezident Robert Köçəryanı Dağlıq Qarabağın indiki və keçmiş qondarma "prezidentlərinin" müraciəti əsasında zaminə buraxması Ermənistanda siyasi vəziyyəti gərginləşdirib. Köçəryanın əleyhdarları küçələrə çıxıblar və onun yenidən həbs olunmasını tələb ediblər. Onlar hədələyiblər ki, əgər Baş prokurorluq qərardan protest verməsə və Köçəryan yenidən həbs olunmasa ölkə boyu itaətsizlik aksiyalarına başlayacaqlar. 2019-cu il iyunun 25-də isə Apelyasiya Məhkəməsi instansiya məhkəməsinin qərarını ləğv edərək keçmiş prezidenti yenidən həbs edib.

2020-ci il iyunun 19-da Ermənistan Apellyasiya Məhkəməsinin qərarı ilə təxminən 4,2 milyon dollar məbləğində girov qarşılığında Robert Koçaryanın həbs qətimkan tədbiri ləğv edilib və şənbə günü, iyunun 20-də girov ödənildikdən sonra Robert Koçaryan azad olunub. Məhkəmə Robert Koçaryanın həbs-qətimkan tədbirini ölkəni tərk etməmək haqqında iltizamnamə ilə azadlığa buraxmaqla əvəzləmək barədə qərar qəbul edib. Koçaryanın kiçik oğlu Levon Koçaryan deyib ki, girovu ödəməyə eks-prezidentin dostları kömək etməyi vəd veriblər. Rusiya RBK informasiya agentliyi yazır ki, pulu Samvel Karapetyan ("Taşir" şirkətlər qrupunu), Sergey Hambartsumyan ("Monarx" şirkətlər qrupu), rusiyalı biznesmen və xeyriyyəçi Genndi Stepanyan və Koçaryanın müstəqil müdir olduğu AFK "Sistema" şirkəti ödəyib.

26 iyun 2009-cu ildən Robert Köçəryan Rusiyanın AFK "Sistema" şirkətinin direktoru vəzifəsində çalışır. Bella Köçəryan ilə evlidir, 2 oğlu (1981, 1985), 1 qızı (1983) və 3 nəvəsi var. Doğma erməni dilindən başqa ingilis və rus dillərini də bilir.