Quba qəzası 1918-ci il qanlı mart hadisələrindən sonra bolşeviklərin Bakı və Şamaxı qəzalarında qurduqları Sovet hakimiyyətini genişləndirmək istədikləri üçüncü Azərbaycan regionu oldu. Lakin, Qubada olan şərait Bakı və Şamaxıdan bir qədər fərqli idi. Tarixən Quba xanlığının və eyni adlı qəzanın sosial-siyasi və iqtisadi həyatında erməni elementi heç bir gözə çarpan rol oynamamışdı. Quba fəhlə və əsgər deputatları Sovetində Quba bolşeviklərinin mövqeyi də yeni Sovet hakimiyyətinin qurulması işində dayaq olmaq üçün kifayət qədər güclü deyildi. Bu dövrdə Quba qəzasında rəsmi olaraq real hakimiyyəti Zaqafqaziya Seyminə tabe olan ictimai təşkilatların İcraiyyə komitəsi təmsil edirdi.

Bu səbəblərə görə 1918-ci il mart qırğınlarından sonra Bakıda qurulmuş bolşevik-daşnak hökuməti olan Bakı Xalq Komissarları Soveti bu qəzanı əvvəlcə sülh yolu ilə ələ almağa, yəni, qubalılara bolşeviklərin hakimiyyətini könüllü olaraq qəbul etdirməyə qərar verir. Quba ictimaiyyəti ilə danışıqlar aparmaq David Aleksandroviç Gelovaniyə tapşırılır. Gelovaninin əsasən ermənilərdən və bir neçə nəfər rus və yəhudidən ibarət beynəlmiləl dəstəsinin Qubaya yaxınlaşdığı haqda məlumat alan qubalılar öz növbəsində şəhərin müsəlman, rus və yəhudi cəmiyyətlərinin nümayəndələrindən ibarət beynəlmiləl bir heyəti bolşeviklərin dayandığı Xaçmaz stansiyasına göndərirlər. Nümayəndələr hərbi dəstənin Qubaya nə məqsədlə gəldiyini öyrənmək istəyir, daha sonra “bolşeviklərin proqramı ilə tanış olmaq və bu proqramın qubalılar üçün nə dərəcədə məqbul olub-olmadığını müəyyənləşdirmək məqsədilə” özlərinin Bakıya buraxılmasını xahiş edirlər. Gelovani qubalıların xahişinə hörmətlə yanaşır və özü şəxsən onlara Bakıya getməyi və bu məsələni “bolşeviklərin rəhbərləri ilə” araşdırmağı tövsiyə edir. Lakin bolşevik hakimiyyətinin qubalılar tərəfindən “könüllü olaraq” tanınmasını gözləmədən, Gelovani bu hadisədən 2 gün sonra 187 əsgərdən ibarət silahlı dəstə ilə şəhərə daxil olur və qubalıları fakt qarşısında qoyur.

Bir neçə gün sonra şəhər mühasirəyə alınır və Gelovaninin dəstəsinə qarşı hücum başlayır. Ona kömək üçün Xaçmazdan 2 topla birlikdə Ağacanyanın rəhbərlik etdiyi və yalnız ermənilərdən ibarət olan 150 nəfərlik hərbi dəstək gəlir. Bir neçə gün davam edən döyüşdən sonra Gelovani dəstəsi ilə birlikdə Qubadan qovulur. Geri çəkilərkən Ağacanyanın dəstəsi Bulvar küçəsini yandırmış, Bazar küçəsində 16, Komendant küçəsində 7, şəhərin kənarında, köhnə həbsxananın yaxınlığında isə 35 nəfəri qətlə yetirir. Bolşeviklər geri çəkilərkən Qəza idarəsi, Şəhər duması və Barışıq məhkəməsinin binalarına od vurmuş və Cümə məscidini yandırmağa cəhd göstərmişdilər.1918-ci ilin may ayının 1-də Hamazaspın komandanlığı altında 3 minlik erməni ordusu üç tərəfdən Quba şəhərinə daxil olaraq onu toplardan, pulemyotlardan və tüfənglərdən atəşə tutur. Elə birinci gün, şəhərin aşağı hissəsində əksəriyyəti qadın və uşaqlar olan, 715 müsəlman öldürülür. İkinci gün şəhərin 1-ci və 2-ci hissələrində, əksəriyyəti şəhərin kasıb təbəqəsindən və iranlı təbəələrdən ibarət olan 1012 nəfər kişi qətlə yetirilir.

Meyitlərin dəfn edilməsi ilə bağlı şəhər başçısı Əliabbas bəy Əlibəyov dəfələrlə Hamazaspa müraciət etsə də, rədd cavabı alırdı. Yalnız dördüncü gün erməni carçılar müsəlman kişiləri qollarında ağ sarğı ilə gəlməyə və meyitləri basdırmağa çağırdılar. Şəhərin bir çox sakinləri bu çağırışa cavab olaraq bayıra çıxır lakin onlar da güllələnirlər. Hamı yenidən öz evinə çəkilib gizlənir. Basdırılmayan və yeni öldürülənlərin meyitləri ermənilər gədənə qədər, yəni 9 gün küçələrdə qalır.

Quba şəhər rəisi Ə.Əlibəyovun məlumatına görə 1918-ci il may ayının 1-də dəstə üç istiqamətdən şəhərə daxil olur. Dəstədə dörd top və səkkiz pulemyot var idi. Şəhərə daxil olan daşnak dəstələri çox amansızlıqla dinc əhalinin öldürülməsi və var-dövlətlərinin talamağa başlayır . Mayın 1-də şəhərə daxil olan erməni silahlı dəstələri həmin günü şəhərin aşağı hissəsində 713 müsəlmanı qətlə yetirmişdilər. Onların çoxu qadın və uşaqlar idi. Böyük Şosse və Bazar küçələrindəki evlər qarət edilir. Hamazasp silahlı dəstələri şəhəri dörd hissəyə bölərək hər bir hissədə ayrıca qərargah yaradırlar. Birinci qərargah Leontev bağının yanında, ikinci qərargah erməni kilsəsinin ərazisində, üçüncü qərargah müsəlman qəbirstanlığmın yaxınlığındakı yüksəklikdə, dördüncü mərkəzi qərargah isə yəhudi qəsəbəsi hündürlüyündə yaradılmışdır.

Ermənilərin Qubadakı azğınlığı 9 gün davam etmişdir. Hamazaspın "Cəza dəstəsi" Quba şəhərini və Quba qəzasının 122 kəndini darmadağın etmişdi. Quba şəhərində iki mindən çox adamı - kişi, qadın və uşağı qətlə yetirilmişdir və həmin kəndlərin əhalisinə, ümumi dəyəri 58.121.059 manatlıq (rubl) ziyan vurulmuşdu . Quba şəhər sakini Hacı İsmayıl Orucov isə öz izahatında yazırdı ki, ölüləri dəfn edən mollanın dediyinə görə o, 2800 nəfərin cənazəsinin torpağa tapşırıldığını saymışdır.

Məzarlıq 1 aprel 2007-ci ildə Qubada yerləşən stadionun təmiri zamanı torpaq işləri görülərkən aşkar edilib.Təhqiqat zamanı ərazidə sümüklərin yığıldığı 2 quyu müəyyən edilib. Birinci quyu 4 metr dərinliyində, 5 metr diametrində, ikinci quyu isə 2 metr dərinliyində, 2,5 metr diametrindədir. İlkin mərhələdə aşkar edilmiş 35 insan kəlləsindən 4-ü 8-12 yaşlarında uşaqlara, 3-ü qadınlara, qalanları isə müxtəlif yaşlı kişilərə məxsus olub. Sonrakı mərhələdə isə buradan 161, ən sonda isə ümumilikdə 400 insan kəlləsi aşkar edilib. Kəllə sümüklərində aşkar olunan küt alət izləri onların zorakılıqla qətlə yetirildiyini təsdiq edir. Yerli sakinlər şəhərdən kənarda qətlə yetirildikdən sonra gələcəkdə daşqınlar zamanı izin itirilməsi məqsədi ilə meyitlər çay kənarına gətirilərək yamacda qazılmış bu quyulara doldurulmuşdur. Meyitlər birinci quyuya yerləşmədiyindən ikinci quyu qazılmışdır.

2009-cu ildə kütləvi məzarlıqdan aşkar edilmiş sümüklərin xarici mühit amillərinin təsirindən qorunması, onlarda gedən çürümə prosesinin və mövcud zorakılıq izlərinin itməsinin dayandırılması istiqamətində Səhiyyə Nazirliyi Məhkəmə-Tibbi Ekspertiza və Patoloji Anatomiya Birliyinin tibbi kriminalistika şöbəsinin mütəxəssislərindən ibarət xüsusi işçi qrup yaradılır. İlk növbədə işçi qrup skelet sümüklərinin sayı (7432 ədəd) və onların çürümə prosesinin, dağılma mərhələsinin mövcud vəziyyəti öyrənmiş, xarici mühit amillərinin (hava, rütubət, günəş, mikroorqanizmlər, həşəratlar və s.) təsirindən sümük qalıqlarının dağılmasının və onlardakı zorakılıq izlərinin itməsinin qarşısı almışdır. Sonra zəruri reaktivlər əldə edilmiş, skelet sümükləri bu reaktivlərin qarışığından hazırlanmış xüsusi məhlullarda aylarla saxlanılmış, son mərhələdə bu sümüklərin və onların fraqmentlərinin üzərinə xüsusi fiksəedici məhlullar çəkilmişdir. 6 ay davam edən prosesdən sonra sümüklər məzarlığa geri qaytarılmışdır.

30 dekabr 2009-cu ildə “Soyqırım Memorial Kompleksi”nin yaradılması haqqında sərəncam imzalanıb.2013-cü il sentyabrın 18-də isə Quba Soyqırımı Memorial Kompleksinin açılışı baş tutub. Qubada aşkar edilən kütləvi məzarlığın yanında ucaldılan Memorial Kompleksdə tarixi sənəd və faktlar əsasında zəngin muzey yaradılıb. Abidə üç hissədən: iti uclu bıçaqları xatırladan iki konstruksiya – giriş və çıxışdan, mərkəzində qara xatirə daşı yerləşən əsas zaldan ibarətdir. Abidənin iti ucları şiddətli ağrını təcəssüm etdirir. İti ucların yerin altından üzə çıxması isə həqiqəti gizlətməyin mümkünsüz olduğunu əks etdirir. Abidə bütövlükdə brutto-betondan hazırlanıb. Faciə qurbanlarının xatirəsinə matəm sükutunu təcəssüm etdirmək məqsədilə layihədə hər hansı bəzəkdən imtina edilib.

2017-ci ildə məzarlığın bərpaya ehtiyacı olan hissəsi ilə bağlı xüsusi komissiya yaradılıb. Lakin komissiyaya Quba soyqırımı məzarlığının tədqiqatçısı, AMEA Arxeologiya və Etnoqrafiya İnstitutunun əməkdaşı Qəhrəman Ağayev daxil edilməyib. O bunu belə əsaslandırıb:

2018-ci ildə isə komisiyanın qərarı ilə tapılan qalıqlar müsəlman adət-ənənəsi ilə basdırılıb. Qalıqların basdırıldığı yerin üzərində isə mərmərdən abidə qoyulub. Qalıqların basdırılması müxtəlif tədqiqatçıların o cümlədən də Quba soyqırımı məzarlığının tədqiqatçısı, AMEA Arxeologiya və Etnoqrafiya İnstitutunun əməkdaşı Qəhrəman Ağayevin də etirazına səbəb olub. Verdiyi müsahibədə o deyib:

• Quba soyqırımı
• Quba Soyqırımı Memorial Kompleksi
• Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin Fövqəladə Təhqiqat Komissiyası