Qeysər Veysəl oğlu Xəlilov 1929-cu ildə Nuxada (hazırkı Şəki) sənətkar ailəsində anadan olmuşdur. Yeddiəppəklər nəslindəndir. 1936–1946-cı illərdə Nuxa şəhər 10 saylı orta məktəbdə təhsil aldıqdan sonra Azərbaycan Dövlət Universitetinin Hüquq fakültəsinə daxil olmuş və buranı 1951-ci ildə fərqlənmə diplomu ilə bitirmişdir. 1963-cü ilədək Azərbaycan radiosunda jurnalist, uşaq və gənclər şöbəsinin müdiri işləmiş, Azərbaycan SSR Nazirlər Soveti yanında Dövlət Radio və Televiziya Verilişləri Komitəsində partiya komitəsinin katibi seçilmişdir.

1963-cü ildə Qeysər Xəlilov Azərbaycan SSR "Bilik" cəmiyyəti sədrinin birinci müavini seçilmiş və 1990-cı ilədək bu vəzifədə çalışmışdır. 1990-cı il fevralın 1-də Azərbaycan SSR Dövlət Televiziya və Radio Verilişləri Komitəsinin sədri vəzifəsinə təyin edilmiş, elə həmin gün "Azərbaycan SSR əməkdar elm xadimi" fəxri adına layiq görülmüşdür. 1991-ci ilin mart ayında o, Azərbaycan Respublikası Dövlət Teleradio Verilişləri Şirkətinin sədri təyin edilmiş, 1991-ci ilin sentyabr ayından isə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin müşaviri olmuşdur. 1992-ci ildə Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabineti yanında Tarix və Mədəniyyət Abidələrinin Mühafizəsi və Bərpası Komitəsinin sədri işləmidir. 1993-cü ildə təqaüdə çıxmışdır.

Qeysər Xəlilov 1961-ci ildə fəlsəfə elmləri namizədi, 1984-cü ildə fəlsəfə elmləri doktoru elmi dərəcələrini, 1989-cu ildə isə professor elmi adını adını almışdır. 40-dan artıq elmi əsərin, 10-a yaxın monoqrafiyanın müəllifi olmuşdur.

Qeysər Xəlilov 2000-ci ildə Bakı şəhərində vəfat etmişdir.