Qaqauzların mənşəyi haqqında bir çox fərqli fərziyyələr var:

• Qaqauzların əcdadları türkdilli xalqlardır: Oğuzlar , Peçeneqlər , Kumanlar ;
• Türkiyədə Səlcuq nəzəriyyəsi geniş yayılmışdır: Qaqauzlar 13- cü əsrdə Dobrucaya köçüb Polovtsiyalılarla birlikdə Oğuz dövlətini qurmuş Səlcuq türklərinin nəslindəndir  ;
• Bolqarıstanda ən çox yayılmış fərziyyə budur ki, qaqauzlar türkləşmiş bolqarların nəslindəndir  ;
• Qaqauzlar 7-ci əsrdə Volqa sahillərindən Balkanlara köçmüş , 9-cu əsrdə isə xristianlığı qəbul etmiş türk bulqarların törəmələridir . Onun müasir linqvistik əsaslandırması yoxdur.

Çox güman ki, yuxarıda göstərilən qrupların hamısı qaqauz xalqının etnogenezində iştirak etmişdir

Müxtəlif yaşayış məntəqələrindən olan qaqauzlarla aparılan genetik komponentin son tədqiqatı onların mənşəyi məsələsinə aydınlıq gətirməmişdir. Tədqiqatçılar qaqauzların genetik cəhətdən son dərəcə heterojen olduğunu qeyd ediblər. Bir nümunədə qaqauzların balkan kökləri, digərlərində türk (səlcuq) kökləri var idi  . Bu qaqauzların zahiri, fiziki xüsusiyyətlərində də nəzərə çarpır. Qaqauzlar Y-DNT haploqruplarına aiddir: I2 (23,6%), R1a (19,1%), G (13,5%), R1b (12,4%), E1b1b1a (11,1%), J2 (5,6%) və N (2,2% ) ). Y-DNT-nin filogenetik analizi qaqauzların bolqarlarla ən böyük əlaqəsini göstərir.və digər Balkan xalqları. Haplotiplərin təfərrüatlı tədqiqi Qaqauzlarla türk qolları arasında bəzi əlaqələri üzə çıxardı ki, bu da Səlcuq  fərziyyəsini müəyyən qədər təsdiq edir.

Qaqauzların bir xalq kimi formalaşmasında onları Balkanların qalan sakinlərindən fərqləndirən birləşdirici amillərin türk dili və xristian dini olduğunu güman etmək məntiqlidir . Tədqiqat müəllifləri türk dilinin alınma olması, qaqauzların əcdadlarının isə Balkanların yerli sakinləri olması barədə fərziyyə də irəli sürürlər

Qaqauzların etnik formalaşması hələ də elmi müzakirə obyektidir. Qaqauzların mənşəyi haqqında fərziyyələr çoxşaxəlidir: türkləşmiş xristianlar və ya xristianlaşmış türklər; türk dilini qəbul etmiş bolqarlar və s. Türkiyədə səlcuq nəzəriyyəsi məşhurdur, ona görə qaqauzlar Kiçik Asiya türklərinin törəmələridir. 13-cü əsrdə köçdülər. Dobrucada və cənub rus çöllərinin türkdilli kumanları (Polovtsı) ilə birlikdə burada Oğuz dövlətini qurdular.

Qaqauzlar Balkanlardan Rusiyaya (Bessarabiya) köçürülməmişdən əvvəl onlar iki qrupdan ibarət idilər: Xasil qaqauzlar (əsl qaqauzlar) və bolqar qaqauzları. Rus alimlərinin fikrincə, qaqauzların əsasını çox güman ki, türkdilli köçərilər - oğuzlar, peçeneqlər və polovtsılar təşkil edirdi.Avropalı tədqiqatçılar 7-ci əsrdə yaşamış qaqauz türkdilli protobulqarların ehtimal olunan əcdadlarını hesab etdilər. Volqa sahillərindən Balkanlara gəldi. XIII əsrdə. onların nəsilləri xristianlığı qəbul etdilər.

18-ci əsrin sonu - 19- cu  əsrin əvvəllərindəki rus-türk müharibələrində qaqauzlar Rusiyanın tərəfində idilər. Sonralar çar hökuməti Cənubi Bessarabiyanın səhra çöllərinin torpaqlarını qaqauz köçkünlərinə ayırdı.1994-cü ildə Moldovada qaqauzların muxtariyyəti yaradılıb. Qaqauziyanın üç rayonu var, paytaxtı Komrat şəhəridir.

Qaqauz xalqının adı uzun müddət tədqiqat obyektinə çevrilməmişdi. Alimlərdən bir qismi "qaqouz" sözünü "xak+oğuz","hak+oğuz"(əsl oğuz), bəziləri "qaqa+uz" (uzun dimdik), əksəriyyəti isə "göy oğuz" kimi izah edirlər.

Kökü göy oğuzlarla bağlı olan qaqauzlar indi yaşadıqları Moldova Respublikasının cənubunda yerləşən Bucaq düzünə XVIII əsrin sonu-XIX əsrin əvvəllərində Bolqarıstanın şimal-şərqindən köçüb gəlmişlər. Onlardan əvvəl burada türklərin, o cümlədən noqayların yaşadığı bölgənin toponimləri də sübut edir. Moldaviyada qaqauz kənd və bölgələrinin yerləşdiyi ərazinin sahəsi 1,8 min kv kilometrdir. Moldovada 158 607 nəfər (2004-cü il siyahıya almasına əsasən), Ukraynada 31 923 nəfər (2001-ci il siyahıya almasına əsasən) , Rusiya Federasiyasında 12 210 nəfər (2002-ci il siyahıya almasına əsasən), Rumıniyada 45 nəfər (2002-ci il siyahıya almasına əsasən), Ukraynada 32 nəfər (2000-ci il siyahıya almasına əsasən) qaqauz qeydə alınmışdır.

Qaqauzların ənənəvi məşğuliyyətlərinin əsasını qoyunçuluğun üstünlük təşkil etdiyi heyvandarlıq, eləcə də əkinçilik və bağçılıqla üzümçülük və tütünçülüyü birləşdirən əkinçilik təşkil edir.

XIX əsrin sonlarında. qadınlar kətan köynək, önlüklü qolsuz paltar və böyük qara yaylıq geyinirdilər. Qışda qolları olan paltar, yun pencək və xəz qolsuz pencək geyinirdilər. Dəyişməz əlavə atributlar sırğalar, bilərziklər, muncuqlar, o cümlədən qızıl sikkələrin boyunbağı (lift) idi.Kişi geyimləri köynək, enli parça şalvar, enli qırmızı kəmər, yay papağı və qış qaraşun papaqdan ibarət idi. Çobanların geyiminə içərisi xəzdən olan qoyun dərisi şalvar (meşin), xəz qolsuz pencək və milli dekorasiyalı qısa qoyun dərisi pencək orijinallıq verirdi.

Oturaq qaqauzların xalq mətbəxində köçəri həyatın bir çox xüsusiyyətlərini müşahidə etmək olar: südün xüsusi emalı, ətin, kəsmikin, pendirin dəridə saxlanması və  Çörək bir sıra ailələrin qida rasionunda mühüm yer tuturdu. bayramlar və rituallar onunla bağlıdır. Populyar kalaçi, mayasız tortlar, pirojnalar,  balqabaq dolması və ya pendirli şirniyyat pastası (kyyrma), bayramlarda jele, bibərli souslar (manja), pomidor və bibər sousu ilə ət. Nahar və şam yeməyində qırmızı ev şərabı verilir.