Azərbaycan SSR Ali Soveti Rəyasət Heyətinin 1989-cu il 19 Sentyabr tarixli Fərmanı ilə daimi yaşayış yerlərinin tərk etməyə məcbur olmuş şəxslərin qəbulu, yerləşdirilməsi və güzəranları ilə əlaqədar məsələləri həll etmək və bu sahədə respublikanın sovet, təsərrüfat, inzibati və ictimai təşkilatlarının fəaliyyətlərini əlaqələndirmək məqsədilə "Daimi yaşayış yerlərini tərk etməyə məcbur olmuş şəxslərlə iş üzrə Azərbaycan SSR Dövlət Komitəsi" kimi yaradılmışdır.

1992-ci ildə Azərbaycan Respublikasının "Qaçqınların və məcburi köçkünlərin statusu haqqında" qanununun qəbul edilməsi ilə əlaqədar olaraq Komitənin adının adı çəkilən qanunun tələblərinə uyğunlaşdırılaması məqsədilə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 1993-cü il 5 yanvar tarixli 396 nömrəli Fərmanı ilə "Daimi yaşayış yerlərini tərk etməyə məcbur olmuş şəxslərlə iş üzrə Azərbaycan SSR Dövlət Komitəsi"nin adı dəyişdirilərək "Qaçqınların və Məcburi Köçkünlərin İşləri üzrə Dövlət Komitəsi" adlandırılmışdır.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2005-ci il 1 fevral tarixli 187 nömrəli Fərmanı ilə təsdiq edilmiş Əsasnaməyə uyğun olaraq Komitənin əsas vəzifələri:

• qaçqınların və məcburi köçkünlərin müvəqqəti məskunlaşdırılması, repatriasiyası, sosial müdafiəsi, işğaldan azad olunmuş ərazilərdə onların sosial, mənzil-məişət şəraitinin yaxşılaşdırılması ;
• Azərbaycan Respublikasının qanunvericiliyi ilə müəyyən edilmiş qaydada və əsaslarla "qaçqın" və ya "məcburi köçkün" statusu, həmin statusu təsdiq edən sənəd (vəsiqə) vermək və bu statusdan məhrum etmək;
• qaçqın və məcburi köçkün düşmüş şəxslərin hüquqlarının kütləvi şəkildə pozulması faktının beynəlxalq və yerli ictimaiyyətə çatdırılmasını aidiyyəti icra hakimiyyəti orqanları vasitəsilə həyata keçirmək;
• məskunlaşma yerləri üzrə qaçqınların və məcburi köçkünlərin uçotunu aparmaq, onlar haqqında vahid informasiya bazasının yaradılmasını təşkil etmək, müvəqqəti məskunlaşdıqları yerlərdə və repatriasiya dövründə müxtəlif növ reabilitasiya və reinteqrasiya tədbirlərini həyata keçirmək, məşğulluğun artırılması, yoxsulluğun azaldılması;
• qaçqınların və məcburi köçkünlərin məcburi tərk etdikləri yaşayış yerlərinə qayıtmalarına şərait yaratmaq məqsədilə müvafiq dövlət orqanları, beynəlxalq və qeyri-hökumət təşkilatları ilə məqsədyönlü iş aparılması;
• onlar üçün mənzil və sosial obyektlərin, təmir-tikinti işlərinin aparılması, tikinti obyektlərini müvafiq layihə-smeta sənədləri ilə təminatı və s. problemlərin həlli sahəsində dövlət siyasətinin formalaşmasında iştirak etmək və onun həyata keçirilməsini təmin etmək.