Naxçıvan Muxtar Respublikasının Kəngərli rayonunun Şahtaxtı kəndində doğulub. Orta təhsilini 1956-1966-cı illərdə Naxçıvan şəhər 23 nömrəli məktəbdə aldıqdan sonra 1967-ci ildə Bakı Dövlət Universitetinin Tarix fakültəsinə daxil olur və oranı 1972-ci ildə uğurla bitirir.

Qəhrəman Ağayev 1975-ci ildən AMEA-da elmi fəaliyyətə başlamışdır. 1975-1991-ci illər ərzində Azərbaycan SSR Elmlər Akademiyası Naxçıvan Elm Mərkəzində, indiki AMEA-nın Naxçıvan Bölməsində elmi işçi vəzifəsində işləmişdir.

1991-ci ildən etibarən Azərbaycan MEA Arxeologiya və Etnoqrafiya İnstitutunda elmi fəaliyyətini davam etdirir.

1976-1979-cu illər ərzində SSRİ Elmlər Akademiyasının Arxeologiya İnstitutunda tanınmış arxeoloq, t.e.d., professor R.M.Munçayevin rəhbərliyi altında elmi fəaliyyətini davam etdirmiş, sonralar isə, 1981-1993-cü illər ərzində, ayrı-ayrı vaxtlarda elmi stajirovkalarda olmuşdur.

1977 və 1978-ci illərdə SSRİ Aexeologiya İnstitutunun Stavropol vilayətində fəaliyyət göstərən, Aleksandrovsk, 1991-1992-ci illərdə isə, Krasnoyarsk diyarının Xakasiya arxeoloji ekspedisiyalarında aparılan arxeoloji qazıntı işlərində iştirak etmişdəir.

1979-cu ildən etibarən Azərbaycanın, eyni zamanda Qafqazın, Yaxın Şərqin möhtəşəm və maraqlı abidələrindən biri olan, Şahtaxtı arxeoloji abidələr kompleksində müstəqil olaraq arxeoloji tədqiqat işləri aparır. Arxeoloji ədəbiyyatda son tunc-ilk dəmir dövrü abidəsi kimi tanınan Şahtaxtı abidələr kompleksində son illərdə aparılan arxeoloji tədqiqatlarla bu abidənin daha qədim dövrlərə aid olması müəyyənləşdirilmişdir.

Şahtaxtı arxeoloji abidələr kompleksində aparılan tədqiqatların nəticəsi olaraq "Şahtaxtı Son Tunc-İlk Dəmir dövründə" adlı rus dilində "Şahtaxtının Orta Tunc dövrü abidələri" monoqrafiyaları, 100-dən artıq elmi məqalələri çapdan çıxmış, "Şahtaxtı arxeoloji kompleksinin Son Tunc-İlk Dəmir dövrünün tədqiqi" adlı dissertasiya işi müdafiə edilmişdir.

Bir çox xarici ölkələrdə keçirilən beynəlxalq konfranslarda, simpoziumlarda iştirak etməklə, elmi məruzələrlə çıxış etmişdir.

Əsrin müqaviləsi adlı möhtəşəm layihə ilə bağlı Bakı-Ceyhan neft və qaz kəmərlərinin çəkilişi zamanı kəmərlərin əhatə etdiyi sahələrdə aparılan arxeoloji tədqiqat işlərində fəal iştirak etmiş və BP şirkətinin xüsusi mükafatına layiq gorülmüşdür.

2007-ci ildə Quba şəhəri ərazisində təsadüfən aşkar edilən kütləvi məzarlığın tədqiq edilməsinə rəhbərlik etmiş, həmin məzarlığın 1918-ci ildə erməni millətçilərinin yerli-dinc əhaliyə qarşı törətdiyi acı cinayətlərinin, vəhşiliklərinin nəticələri olduğunu müəyyən edərək, dünya ictimaiyyətinə bəyan etmişdir.

Hazırda Qəhrəman Hüseyn oğlu Ağayev AMEA Arxeologiya və Etnoqrafiya İnstitutunun çöl tədqiqatlar şöbəsində və A.Bakıxanov adına Tarix İnstitutunun Azərbaycanın qədim tarixi şöbəsində aparıcı elmi işçi vəzifəsində elmi fəaliyyətini davam etdirir.

1. Шахтахты в эпохе поздней бронзы и раннего железа. - Баку-Москва, Ağrıdağ, - 2002. - 200 с.
2. Şahtaxtının orta tunc dövrü. - Bakı, Çaşıoğlu, 2012. - 150 s.
3. Şahtaxtı: tarixi-arxeoloji tədqiqat. - Bakı: Elm və Təhsil, - 2019. - 176 s.

1. Nuh tufanından sonrakı yaşayış məskənləri – Şahtaxtı // Nuh Peyğəmbər, dünya tufanı və Naxçıvan. 24-25 aprel 2009-cu il, Beynəlxalq simpoziumun materialları. Naxçıvan: 2010.
2. Şahtaxtıda arxeoloji ekspedisiyasının 2009-cu il qazıntılarına həsr olunmuş hesabat // Azərbaycanda arxeoloji tədqiqatlar -2010, s.
3. Şahtaxtı arxeoloji kompleksində 2010-cu il tədqiqatları // Azərbaycanda arxeoloji tədqiqatlar. - 2010
4. Şahtaxtı abidələrində arxeoloji tədqiqatlar // Azərbaycanda arxeoloji tədqiqatlar. -2011
5. Şahtaxtıda arxeoloji araşdırmalar // Azərbaycanda arxeoloji tədqiqatlar -2012
6. Şahtaxtı arxeoloji kompleksinin orta tunc dövrü // Azərbaycan arxeologiyası, 2010 cild 13, N1
7. Şahtaxtıda aşkar olunmuş fauna qalıqları və zoomorf tapıntılar // AMEA Naxçıvan bölməsi , Xəbərlər, cild 7, N3, Naxçıvan, 2011
8. Şahtaxtı erkən əkinçilik dövründə // Qafqazın erkən əkinçilik dövrü abidələri (məqalələr toplusu) Beynəlxalq elmi konfrans, Bakı, noyabr 03.06.2011
9. Quba şəhərində aşkar edilmiş soyqırım məzarlığı haqqında // AMEA Tarix İnstitutu, Elmi əsərlər, 22-ci cild, Bakı 2009
10. Qədim Şərq Şirli saxsı nümunələrinin yayılma istiqamətləri // Qloballaşma və Azərbaycan. Beynəlxalq konfrans. AMEA Fəlsəfə və Hüquq institutu. Bakı, 2012