Qırğızıstanın müstəqilliyi dövründə gənc respublikanın dəmir yolu şəbəkəsi SSRİ-dən miras qalan daxili birgə xətləri olmayan bir neçə hissədən ibarət idi. Bunlar marşrutların son dərəcə qısa hissələridir: Fərqanə — Qızılkiya, Qarasu — Oş, Xanabad — Cəlalabad — Kok-Yanqak, Üçqurqan — Taş-Kumır. Bu hissəslər Qırğızıstanın cənubunu Fərqanə Vadisinin şəhərləri ilə birləşdirir. Bundan əlavə Çaldovar — Bişkek — Rıbaçye (İssık-Kul) xətləri isə Qırğızıstanın şimal şəhərlərini Cənubi Qazaxıstanla birləşdirir.

1994-cü ildə şəbəkənin pozulmasını aradan qaldırmaq üçün Trans-Qırğızıstan dəmir yolu Balıkçi — Koçkor — Cəlal-Abad dəmir yolu layihəsinin həyata keçirilməsinə qərar verilir. 1998-ci ildə başlayan inşaat qısa müddətdə kəsilir. Layihə 2000-ci ildə nəhayət bağlanılır və stansiyaların və yolların yalnız yarımçıq qalmış hissələri qalır.

1996-cı ildən bəri Çin-Qırğızıstan-Özbəkistan ("CKU") dəmir yolunun (Qırğızıstan dəmir yollarının cənub hissəsindən) mümkün tikinti planı müzakirə edilir.

2006-cı ildə Qırğızıstanın dəmir yollarının uzunluğu 470 km olmuşdur. 2012-ci ildə isə bundan yalnız 424 km hissəsi qalır. Dəmir yolu nəqliyyatı yük dövriyyəsinin təxminən 3% -ni təşkil edir. 2000-ci illərin əvvəllərinə olan məlumata görə hərəkətli heyətin aşınma dərəcəsi yüksəkdir. Dəmir yollarında 2500 yük vaqonu, 450 sərnişin vaqonu və 50 lokomotiv fəaliyyət göstərir. Nəqliyyat dövlət şirkəti olan Qırğızıstan Dəmir Yolları şirkəti tərəfindən həyata keçirilir.

Ölkənin dəmir yolu şəbəkəsi dağınıq bir-biri ilə əlaqəsi olmayan xətlərdən ibarətdir. Ayrı-ayrı xətlər ölkənin şimalını Qazaxıstanın dəmir yolları ilə və ölkənin cənub bölgələrini Özbəkistanın dəmir yolu şəbəkəsi ilə birləşdirir. Digər dəmir yolu xətləri Qırğızıstanın cənub-qərb bölgələrindən keçir, ölkənin böyük sənaye və əhali mərkəzlərini Fərqanə vadisi ilə birləşdirir.

Bişkek-Moskva, Bişkek-Yekaterinburg, Bişkek-Novokuznetsk, Bişkek-Rıbaçye