5 yanvar 1943-cü ildə SSRİ Xalq Komissarları Soveti SSRİ Elmlər Akademiyasının (Kirg. Fil. SSRİ Elmlər Akademiyası) Qırğız filialının yaradılması barədə qərar qəbul etdi.

Filiala akademik K.İ.Skriabin rəhbərlik edirdi.

20 dekabr 1954-cü ildə SSRİ Elmlər Akademiyasının Qırğızıstan filialının bazasında Frunze şəhərində, Qırğızıstan SSR Elmlər Akademiyası (AN Qırğızıstan SSR) quruldu . Академию возглавил Иса Коноевич Ахунбаев. Akademiyaya İsa Konoyeviç Axunbayev rəhbərlik edirdi.

Akademiyanın elmi stansiyaları elmin inkişafında mühüm rol oynamışdır:

• Tyan-Şan Fiziki-Coğrafi Stansiyası (1948-ci ildə qurulmuşdur) - coğrafiya, biologiya, torpaqşünaslıq və s.
• Tyan-Şan Astronomik Rəsədxanası (1957-ci ildə təsis edilmişdir) - astronomiya, texnologiya və s.

1960-cı illərin sonunda Akademiyanın üzvləri 1 fəxri akademik, 28 həqiqi üzv və 20 müxbir üzv idi. Akademiya sistemində üç şöbə və 13 tədqiqat institutu işləyirdi: Fizika-Riyaziyyat İnstitutu, Qayaların Fizikası və Mexanikası İnstitutu, Avtomatika İnstitutu, Geologiya İnstitutu, Qeyri-üzvi və Fiziki Kimya İnstitutu, Üzvi Kimya İnstitutu, Biokimya İnstitutu və Fiziologiya, Biologiya İnstitutu, Fiziologiya İnstitutu və Eksperimental Yüksək Yüksəklik Patologiyası, Tarix İnstitutu, Fəlsəfə və Hüquq İnstitutu, Dil və Ədəbiyyat İnstitutu, İqtisadiyyat İnstitutu; coğrafiya, ümumi türkşünaslıq və dunqanşünaslıq şöbələri, bioloji stansiya, botanika bağı, elmi kitabxana. 1959-cu ildən etibarən "İzvestiya" nəşr olundu, müxtəlif bilik sahələri haqqında elmi əsərlər nəşr olundu.

1975-ci ildə Sovet elminin inkişafındakı xidmətlərinə görə Qırğızıstan SSR Elmlər Akademiyası Xalqlar Dostluğu ordeni ilə təltif edildi.

1993-cü ildə Qırğızıstan Respublikası Hökuməti, Qırğızıstan Respublikası Elmlər Akademiyasının Qırğızıstan Respublikasının Milli Elmlər Akademiyasına (QR MEA) çevrilməsinə dair bir qərar qəbul etdi (18 Avqust 1993-cü il tarixli, 386 nömrəli qərar). ona ən yüksək dövlət elmi qurumu statusu verilməsi.

2002-ci ildə Qırğızıstan Respublikasının Milli Elmlər Akademiyası haqqında Qanun qəbul edildi.

2004-cü ildə respublika Qırğızıstan Respublikası Milli Elmlər Akademiyasının 50 illiyini qeyd etdi.

2010-cu ildə Qırğızıstan Respublikasının Milli Elmlər Akademiyasında əlavə seçkilər keçirildi - 5 həqiqi üzv (akademik) və 11 müxbir üzv seçildi.

2013-cü ildə Qırğızıstan Respublikası Milli Elmlər Akademiyası Prezidentinin seçkiləri təşkil edildi, Qırğız Respublikası Milli Elmlər Akademiyası Rəyasət Heyətinin yeni tərkibi seçildi.

2014-cü ildə "Qırğızıstan Respublikası Milli Elmlər Akademiyasının Alimlər Birliyi" quruldu. Qırğızıstan hakimiyyəti, Akademiyanın fəaliyyətinin elmi təşkilatlara, nazirliklərə və universitetlərə verilməsi ilə ləğv edilməsi məsələsini müzakirə etdi . Özlərini heyətin əhəmiyyətli dərəcədə azalması və bir sıra bölgülərin aradan qaldırılması ilə məhdudlaşdırdılar. 2016-cı ilin noyabr ayına qədər Akademiyanın işçilərinin sayı 4000-dən 1940-a qədər azaldı [8]. 25 tədqiqat institutundan 9-u ləğv edildi. İdarə heyəti də ixtisar edildi - Akademiyanın dörd vitse-prezidenti vəzifələri ləğv edildi.

Qırğızıstan Respublikası Milli Elmlər Akademiyasının bir hissəsi olaraq:

• 39 akademiyanın həqiqi üzvü
• 49 Müvafiq Üzv
• 8 xarici üzv (1 həqiqi üzv, 7 müxbir üzv).

Qırğızıstan Respublikası Milli Elmlər Akademiyasının ali idarəetmə orqanı "Qırğızıstan Respublikası Milli Elmlər Akademiyasının ümumi yığıncağı" dır, cari məsələlər Qırğız Respublikası Milli Elmlər Akademiyası Rəyasət Heyəti tərəfindən qərara alınır.

Akademiyanın 4 şöbəsi var:

• Mərkəzi Elmi Kitabxana
• "İlim" nəşriyyatı, "İzvestiya NAS KR" jurnalı və "NAS KR-nin hesabatları"
• Texnopark
• "Elmlər Akademiyası" istirahət evi
• "İlim" uşaq sağlamlıq kompleksi
• Avtomobil nəqliyyatı ekspeditor müəssisəsi (ATEP)