Qırğızıstan ilə Yaponiya arasında diplomatik əlaqələr 26 yanvar 1992-ci ildə qurulub. Yaponiyanın Qırğızıstandakı səfirliyi 27 yanvar 2003-cü ildə Bişkek şəhərində açılıb. Qırğızıstanın Yaponiyadakı səfirliyi isə 22 aprel 2004-cü ildə Tokio şəhərində açılıb.

2015-ci ildə Yaponiya baş naziri Şinzo Abe Qırğızıstanda səfərdə olmuşdur. Qırğızıstan baş nazirləri 1992-ci ildə, 1994 və 1996-cı illərdə, 2000-ci ildə, Qurmanbek Bakıyev 2001-ci ildə Yaponiyada olmuşdur. Qırğızıstan prezidentlərindən Askar Akayev 1993, 1998 və 2004-cü illərdə, Qurmanbek Bakıyev 2007-ci ildə, Almazbek Atambayev 2013-cü ildə, Sooronbay Jeenbekov isə 2019-cu ildə Yaponiyaya səfər etmişdir.

Yaponiyada Qırğızıstanla bağlı mədəni tədbirlərin keçirilməsində Qırğızıstan səfirliyi aktiv fəaliyyət göstərir.

2017-ci ildə Yaponiyada "Ordo Saxna" etnofolklor teatrının, müğənni və manaçı Kamil Mamadaliyevin iştirakı ilə "Qırğız köçəri ruhu" adlı konsertlər silsiləsi baş tutmuşdur. 2017-ci ilin dekabrında Qırğızıstan səfirliyi Yaponiya vətəndaşları arasında qırğız dili müsabiqəsi keçirmiş və bütün iştirakçılarına hədiyyələr verilmişdir. Qırğızıstan səfirliyi yaponlar üçün qırğız dili kursları təşkil edir.

2018-ci ilin sentyabrında Çingiz Aytmatovun 90 illik yubileyi münasibətilə Tokioda Qırğızıstan filmləri günləri baş tutmuş, "Ağ gəmi", "Dağlar kraliçası" filmləri nümayiş etdirilmiş, "Manas Hokkaydoda" və "Ümidin 600 günü" filmlərinin premyerası baş tutmuşdur.

Yaponiya milli futbol komandası ilə Qırğızıstan milli futbol komandası indiyə kimi 3 dəfə qarşılaşıb. 2018-ci ildəki yoldaşlıq turnirində Yaponiya millisi 4-0, 2019 və 2021-ci illərdə Dünya çempionatının seçmə mərhələsi çərçivəsində qarşılaşmalarda isə Yaponiya millisi uyğun olaraq 2-0 və 5-1 hesabları ilə qalib gəlib.

2019-cu ilin oktyabrına olan məlumata əsasən Qırğızıstanda 140 Yaponiya vətəndaşı yaşayırdı.