Pakistan Qırğızıstanın müstəqilliyini tanıyan dünyada ilk ölkələrdən biri olur. 10 may 1992-ci ildə ölkələr arasında rəsmi diplomatik əlaqələr quruldu.1992-ci ilin noyabrında Pakistan, İran, Türkiyə, Əfqanıstan və beş keçmiş sovet respublikası: Qazaxıstan, Azərbaycan, Qırğızıstan, Türkmənistan və Özbəkistan İqtisadi Əməkdaşlıq Təşkilatı (İƏT) çərçivəsində fəal əməkdaşlıq etməyə başlamışdılar. Pakistanın Baş Naziri Nəvaz Şərif İƏT-in tarixi Böyük İpək Yolunun varisi olduğuna inanırdı. Pakistan Orta Asiyanı Ərəbistan dənizi ilə birləşdirmək üçün böyük bir magistral yol şəbəkəsinin inşasını təşkil etməyə və bölgə dövlətləri arasında dəmir yolu əlaqələrini inkişaf etdirməyə hazır olduğunu bildirirdi.

24 sentyabr 2013-cü ildə Qırğızıstanın müvəqqəti işlər vəkili Kubanıçbek Poçoeviç Toktorbayevİslamabadda ölkəsinin Pakistanla iqtisadi əlaqələrin inkişaf etdirilməsində maraqlı olduğunu və Çin-Pakistan iqtisadi dəhlizinə qoşulmağa hazır olduğunu açıqlayır. 30 iyun 2015-ci il tarixində Pakistan Baş Naziri Nəvaz Şərif Bişkekə rəsmi səfər edir və burada Qırğızıstan Prezidenti Almazbek Atambayev ilə görüşür. Tərəflər ölkələr arasında terrorizm, narkotik ticarəti, ekstremizmlə mübarizə, eləcə də ticarət-iqtisadi əlaqələrin inkişafı sahəsində əməkdaşlığı qeyd edirlər. 2015-ci ildə Qırğızıstanın müvəqqəti işlər vəkili Lahor Ticarət Palatasında Qırğızıstanın Pakistanla ticarət və iqtisadi əməkdaşlığı inkişaf etdirməyə hazır olduğunu və bu ölkədən tekstil və əczaçılıq məhsullarının tədarükü ilə maraqlandığını bildirən bir açıqlama verdi.

2017-ci ilin may ayında hər iki ölkənin hökumətləri diplomatik münasibətlərin qurulmasının 25-ci ildönümünü qeyd etdilər.

2015-ci ildə ölkələr arasındakı ticarət həcmi təxminən 1 milyon ABŞ dolları təşkil etmişdir.

Qırğızıstanın İslamabadda səfirliyi var.

Pakistanın Bişkekdə səfirliyi var.