2006-cı ildə Qırğızıstanın dəmir yollarının uzunluğu 470 km idi. 2012-ci ildə cəmi 424 km qalır. Dəmir yolu nəqliyyatı yük dövriyyəsinin təxminən 3% -ni təşkil edir. 2000-ci illərin əvvəllərinə görə dəmiryolu ehtiyatlarının pisləşmə dərəcəsi yüksək olaraq qalırdı. 2500 yük, 450 sərnişin vaqonu və 50 lokomotivi var idi. Dəmiryolunun istismarı Qırğızıstan Temir Yolu dövlət şirkəti tərəfindən həyata keçirilir.

Ölkənin dəmir yolu şəbəkəsi bir çox dalanlardan barətdir. Ayrı-ayrı xətlər ölkənin şimalını Qazaxıstan və ölkənin cənub bölgələrini Özbəkistanın dəmir yolu şəbəkəsi ilə birləşdirir. Digər dəmir yolu xətləri Qırğızıstanın cənub-qərb bölgələrindən keçir, ölkənin böyük sənaye və insan məskənlərini Fərqanə vadisi ilə birləşdirir.

1996-cı ildən bəri Çin — Qırğızıstan — Özbəkistan dəmir yolunun mümkün tikilməsi planı müzakirə edilir.

Qırğızıstanda avtomobil nəqliyyatı böyük rol oynaması ilə seçilir. Sərnişin dövriyyəsinin 99,8% -ni və yük dövriyyəsinin 95% -ni təşkil edir. 2000-ci illərin əvvəllərində yolların ümumi uzunluğu 40 min kilometr idi. Bunun 17 min kilometri asfaltlanmışdırılmışdır.

Oş və Bişkek (Fərqanə və Çuy vadiləri) Tyan-Şan üzərindən keçən 570 km uzunluğunda E700 magistral yolu ilə birləşdirilir. Bu magistralda xüsusi bir tarif qurulmuşdu. Yolda Ço-Aşuu aşırımı (3200 metr yüksəklikdə 2.5 km uzunluğunda bir tunel tikilmişdir), Otmek aşırımı (3330 m), Ala-Bel aşırımı (3391 m) vardır.

Ölkədə 18 hava limanı vardır. Hamısı dövlət mülkiyyətindədir. Manas Beynəlxalq Hava Limanı paytaxt Bişkeki dünyanın bir çox ölkəsi ilə birləşdirir. İkinci beynəlxalq hava limanı Oşdur.

Ölkədə 30-dan çox aviaşirkətdir. O cümlədən Air Bishkek, Air Kyrgyzstan, Pegasus Asia, Itek-Air, Sky Bishkek, Osh-Avia, Star-Jet şirkətləridə qeydiyyatdadır.

Ölkədə Buxara — Daşkənd — Bişkek — Alma-Ata və Mailuu-Suu — Cəlal-Abad — Kara-Suu — Oş qaz kəmərləri mövcuddur. Boru kəməri nəqliyyatı yük dövriyyəsinin 1,5% -ni təşkil edir.