Eleonora 1434-cü ildə dünyaya gəldi. Atası Portuqaliya kralı I Eduard, anası isə Araqon kralı I Ferdinandın qızı Araqonlu Eleonoradır. Hələ 4 yaşında ikən atası vəfat etdi və qardaşı V Afonso adıyla taxta əyləşdi. Ancaq azyaşlı qardaşına naiblik uğrunda anası ilə əmisi İnfant Pyotr arasında siyasi mübarizə davam edirdi. Bu siyasi mübarizədə məğlub olmasının ardından anası 1440-cı ilin dekabrında Kastiliyaya qaçmağa məcbur oldu. Ancaq o əsnada 6 yaşlı Eleonora xəstə idi və anasıyla birlikdə gedə bilmədi.

Eleonoranın evliliyi bibisi olan Burqundiya hersoqinası Portuqaliyalı İzabella və dayısı olan Neapol kralı V Alfonso tərəfindən planlandı. Bu məqsədlə dayısı öz sarayından rəssamlar göndərərək qızın portretlərini hazırlatdı və namizədlərinə göndərdi. Eleonoranın 2 namizədi vardı: Fransa kralı VII Çarlzın vəliəhdi Lüdovik və Müqəddəs Roma imperatoru III Fridrix. Ancaq Eleonora ikinci təklifi qəbul etdi. Çünki bu evliliklə o, kraliça yox imperatriça olacaqdı. Gedən danışıqlar 1451-ci ildə tamamlandı və cütlük Sienada görüşdü. 16 mart 1452-ci ildə Romada baş tutan nigahın ardından tacqoyma mərasimində ona Helena adlı verilsə də, o, bu adı heç vaxt istifadə etmədi. Toy mərasiminə dayısı Neapol kralı V Alfonso ev sahibliyi etdi.

Ancaq Eleonora və Fridrix tamamilə fərqli xarakterə malik idi və bu səbəblə, heç xoşbəxt olmadılar. Portuqaliya sarayındakı zəngin və göstərişli həyatın ardından, xəsisliyi ilə məşhur olan Fridrixin Vyanadakı sakit sarayında çox sıxılan Eleonora saray və yerli xalq tərəfindən çox sevildi. 3 sentyabr 1467-ci ildə vəfat etdi.

• Hersoq Kristofor (d. 16 noyabr 1455 - ö. 21 mart 1456)
• I Maksimilian
• Hersoqina Helena (d. 3 noyabr 1460 - ö. 28 fevral 1461)
• Hersoqina Kunigunde (d. 16 mart 1465 - ö. 6 avqust 1520)
• Hersoq Con (d. 9 avqust 1466 - ö. 10 fevral 1467)

• Sigrid-Maria Größing, AEIOU - Glück und Unglück im österreichischen Kaiserhaus, Verlag Amalthea, ISBN 978-3-85002-633-8