Katolik icması 1960–1970-ci illərdə Sovet rejiminin zülmündən xilas olmaq üçün gizli şəkildə bir araya gəlirdi. SSRİ-nin süqutundan və ateist hökumətin hakimiyyətinin bitməsindən sonra digər xristianlar kilsələri kimi Qazaxıstandakı Katolik kilsəsnə də nisbətən normal fəaliyyət göstərməsinə icazə verildi.

Kökşetaudakı Padualı Müqəddəs Antoni kilsəsi əsasən alman katoliklərinin və şəhərdə yaşayan polşa katoliklərinin ehtiyaclarına xidmət etmək üçün 6 oktyabr 1992-ci ildə inşa edilmişdir. Kilsə bölgədəki ən böyük məbədlərdən biridir.

1991-ci ilin avqustundan bəri Kökşetauda ayda iki dəfə Ata Kşiştof Kurıloviç tərəfindən aparılan müntəzəm xidmətlər başladı.

1992-ci ildə Qazaxıstanın Apostol idarəçisi Yepiskop Yan Pavel Lenqa yeni kilsənin inşası üçün xeyir-dua verdi. İnşaat 1992-ci ildə neoqotik üslubundakı müasir iyirminci əsr memarlığının elementləri ilə başladı. Binanın təməli 24 dekabr 1995-ci ildə qoyuldu və bu, Məsihin doğumunun böyük bayramına təsadüf etdi.

2000-ci ilin iyununda kilsə evinin inşasına başlanıldı və inaşaat 30 oktyabr 2002-ci ildə başa çatdı. Tikili 30 yanvar 2003-cü ildə, Baş yepiskop İosif Veselovski tərəfindən təqdis edildi.

Padualı Müqəddəs Antoni kilsəsi avqustun ortalarında baş yepiskop Amedee Qrab da başda olmaqla Avropa yepiskopluğunun nümayəndələri tərəfindən ziyarət edildi. Bu nümayəndə heyətinə müxtəlif ölkələrin: İtaliya, İsveçrə, Polşa, Litva, Çexiya, Ukrayna, Azərbaycan, Türkmənistan, Tacikistan və Moldovanın din xadimləri də qatılmışdı. Səfər kütləvi repressiyaların xatirəsinə həsr olunmuşdu.

1999-cu ilin iyun ayında kilsədə Polşa şirkəti olan "Ludwik Saganowski"nin 1948-ci ildə istehsal etdiyi orqan quraşdırıldı. Alət Poznandakı (Polşa) Müqəddəs Stanislav Kostka kilsəsi tərəfindən bağışlanmışdı.