Nikkolo Paqanini Genuya şəhərində 6 uşağı olan (1757–1817) və Tereza Boççardo ailəsinin üçüncü uşağı olmuşdur. Paqanininin atası müvəffəqiyyətsiz ticarətçi olmuş, lakin mandolinada musiqi ifa edərək öz gəlirini artırmağın öhdəsindən gəlmişdir. Paqanini, 5 yaşında olarkən atasından mandolinada, 7 yaşında isə skripkada ifa etməyi öyrənir. Musiqiçinin xatırladığına görə kifayət qədər məşğul olmadıqda atası onu ciddi şəkildə cəzalandırır və bu öz növbəsində onun sağlamlığına pis təsir göstərirdi. Sonralar Nikkolo özü musiqi aləti ilə maraqlanır və yeni musiqi növləri tapıb dinləyiciləri təəccübləndirməyi ümid edirdi. Uşaqlığında skripka üçün bir neçə əsərlər yazmış və məharətlə ifa etmişdir. Yazdığı əsərlər o dərəcədə mürrəkkəb idi ki, onları özündən başqa heç bir skripkaçı ifa edə bilmirdi. Gənc Nikkolo, Ciovanni Servetto və Ciakamo Kosta da daxil olmaqla bir çox yerli skripkaçılardan təhsil alır. Lakin onun sürətli inkişafı onların bacarığını da ötür. Paqanini və atası Alessandro Rolladan əlavə istiqamət almaq üçün Parmaya səfər edirlər. Rolla, Paqanininin ifasını dinlədikdən sonra dərhal onu öz müəllimi Ferdinando Paerə sonra isə Paerin müəllimi Qasparo Qirettiyə yönləndirir. Baxmayaraq ki, o, Paer və Qirettinin yanında uzun müddət qalmır, onların hər ikisinin Nikkolonun bəstəkarlığına əhəmiyyətli təsiri olur.

1796-cı ilin martında fransızlar şimali İtaliyanı işğal edirlər, lakin Genuya təsirə məruz qalmır. Paqanini ailəsi Bolzaneto yaxınlığında öz ölkə torpaqlarında sığınacaq axtarır. 1797-ci ilin əvvələrində atası ilə birgə Lombardiyaya özünün ilk konsert səyahətinə çıxır. Bu konsertlərdə nümayiş etdirdiyi qeyri-adi istedad tezliklə ona böyük uğur qazandırır. 1801-ci ildə 18 yaşlı Paqanini Lukka Respublikasının birinci skripkaçısı adını alır. Onun skripkaçı kimi şöhrəti qumarbaz və eşqbaz kimi tanınmasıyla eyni adı qazanır. 1805-ci ildə Lukka Napoleon tərəfindən Fransaya birləşdirildi və həmin ərazi Napoleonun bacısı nəzarətinə verildi. Paqanini, Elizanın yoldaşı Felisə özəl dərslər verərkən Baççioki sarayının skripkaçısı oldu. 1807-ci ildə Baççiokinin sarayı Florensiyaya köçürüldü. 1809-cu ilin sonuna doğru Paqanini öz azad karyerasına davam etmək üçün Baççiokini tərk etdi.

Növbəti bir neçə il ərzində Paqanini, Perma və Genuya ilə əhatələnmiş əraziləri səyahət etmək üçün qayıtdı. Baxmayaraq ki, o yerli dinləyicilər arasında məşhur idi. Avropanın qalan hissəsində elə də tanınmırdı. Onun ilk fasiləsi Milanda La Skaladakı konsertindən sonra oldu. Konsert böyük uğur qazandı. Nəticədə, Paqanini Avropadakı görkəmli musiqiçilərin diqqətini cəlb etməyə başladı. Onun Çarlz Filip Lafont və Luis Sfor ilə ilk qarşılaşmaları gərgin rəqabət yaratdı. Bununla da, yaxın bir neçə il ərzində onun İtaliyadakı konsert fəaliyyətinə məhdudiyyətlər qoyuldu. Onun konsert turu 1828-ci ilin avqust ayında Vyanada başladı Almaniyanın Polşanın və Çexiyanın əsas Avropa şəhərlərində dayanmaqla 1831-ci ildə Strasburqa qədər davam etdi.

Yaşadığı illər ərzində Paqanini xroniki xəstəliklərə qarşı yad deyildi. Heç bir tibbi dəlil mövcud olmasa da onun Marfan sindromuna tutulduğu güman edilirdi. Ona 1822-ci ilin əvvələrində sifilis xəstəliyinin diaqnozu qoyuldu. Qəbul etdiyi dərmanların tərkibində olan civə və tiryək, fiziki və psixoloji təsirlərə səbəb oldu. 1834-cü ildə isə Parisdə olarkən, vərəm xəstəliyindən müalicə olundu.

Baxmayaraq ki, Nikkolanın sağalması sürətlə gedirdi, onun gələcək karyerası müxtəlif sağlamlıq problemləri səbəbiylə, tez-tez edilən ləğvlərə görə uğursuzluğa uğrayırdı. 1834-cü ilin sentyabr ayında Paqanini öz konsert karyerasını sonlandırdı və Genuyaya qayıtdı. Söylənilən sürükləyici fikirlərin əksinə, o öz musiqisini və texniki sirlərini saxlamağı arzulayırdı. Nikkolo, öz vaxtını, etdiyi bəstələrin və skripkada istifadə etdiyi metodların nəşrinə həsr etdi. O, tələbələrə də dərs keçirdi. 1835-ci ildə Paqanini Parmaya qayıtdı və həmin vaxtdan Napoleonun ikinci arvadı yanında işlədi. Nikkolo onun saray orkestrasının yenidən təşkilində məsul tutulurdu. Sonda Nikkolo və ifaçılar arasında münaqişə baş verdi.

1836-cı ildə Paqanini Parisə kazino işlətmək üçün qayıtdı. Əldə etdiyi müvəffəqiyyətsizlik, onun maliyyə cəhətdən məhvinə səbəb oldu. O, öz şəxsi əmlakını, musiqi alətləri də daxil olmaqla, zərərini kompensasiya etmək üçün hərraca çıxardı. 1838-ci ilin Milad günündə Parisi tərk edib, Marselə, qısa müddət qaldıqdan sonra Nitsa şəhərinə getdi. Orada vəziyyəti daha da pisləşdi. 1 həftə sonra 27 may 1840-cı ildə Paqanini daxili qanaxmadan vəfat etdi. Geniş yayılmış rəvayətə görə skripkaçının şeytanla əlaqəli olduğu, yayını, şeytanın ona verdiyi sehrli qüvvəylə istifadə etdiyi söylənilirdi. Buna görə də kilsə onun Genuyada dəfnini rədd etdi. Papaya, onun cəsədini Genuyaya aparmağa icazə verməsi üçün müraciət 4 il çəkdi və o hələ də dəfn olunmamışdı. Nəhayət ki, onun cənazəsi 1876-cı ildə Parma məzarlığına qoyuldu. 1893-cü ildə çexiyalı skripkaçı Frantsek Ondriçek, Nikkolonun cəsədini görmək üçün Paqaninin nəvəsi Atillanı razı saldı. Onun qeyri-adi epizodundan sonra nəhayət Paqaninin cəsədi 1896-cı ildə Parmadakı yeni məzarlıqda dəfn olundu.