Nefernefruatonun şəxsiyyəti haqqında kifayət qədər məlumat yoxdu. Bəzi misirşünaslar onun Exnatonun həyat yoldaşı Nefertiti ola biləcəyini qeyd edirlər. Digərləri isə onu Exnaton və Nefertitinin qızı, Smenxkaranın həyat yoldaşı Meritatonla eyniləşdirirlər. Ancaq Tutanhamonun qəbr abidəsində həm Nefernefruatonun, həm də Meritatonun heykəlciyi qoyulub. Deməli bu iki qadın eyni bir şəxs ola bilməz.

Arxeoloq Zahi Havas qeyd edir ki, əgər Nefernefruaton Nefertitidirsə, onun hakimiyyəti dövründə paytaxt yenidən Axetatondan (Amarna) Tebesə keçmişdir.

Digər fərziyyə isə belədir. Exnatonun dövründə onunla dövləti şərikli idarə edən Smenxkara təkbaşına hökm etməyə başlayarkən Anxeperura Neferneferuaton adını götürmüşdür.

Ola bilər ki, Nefernefruaton Exnatonun hakimiyyətinin son iki ilində onunla birlikdə şərikli hökmdarlıq etmişdir. Bəzi misirşünaslar Nefernefruatonun Exnatondan əvvəl vəfat etdiyini bildirirlər. Digərləri isə Tutanhamon dövründə onun regent olduğunu qeyd edirlər. Bu cür fikir fərqliliyi Nefernefruatonun fironların xronoloji sıralamasındakı yerinin mübahisəli olması ilə bağlıdı. Çox vaxt onu Smenxkaradan sonra göstərirlər.

Nikolas Rivssə görə, Tutanhamonun qəbrindəki əşyaların bir çoxu Nefernefruatonun qəbrindən götürülmüşdür (qızıl maska, orta tabut, zinət əşyaları və s.).