Naxçıvan Muxtar Respublikasının ərazisinin kiçik olmasına baxmayaraq özünəməxsus iqlim, relyef və digər fiziki coğrafi xüsusiyyətlərə malik olması burada fauna və floranın formalaşması üçün xüsusi ekoloji şərait yaratmışdır. Onun təbii şəraiti burada müxtəlif növ heyvanların, o cümlədən endemik növlərin əmələ gəlməsinə imkan verir. Naxçıvan Muxtar Respublikasında yaşayan 350 növ onurğalı heyvandan yalnız 45 növü, Naxçıvan MR Ekologiya və Təbii Sərvətlər Nazirliyi tərəfindən öyrənilərək, adları "Qırmızı kitab"a daxil edilmişdir. 18 növ nadir heyvan, quş və suda-quruda yaşayanların təsnifatı aşağıdakı kimidir;

• Bəbir (Qaplan) (Felis Pardus) — Pişikkimilər fəsiləsindən olan vəhşi yırtıcı heyvan, əsasən Culfa rayonu ərazilərində Araz boyu qayalıqlarda yaşayaraq dovşan, kəklik və dağ keçisi ilə qidalanır.
• Canavar (Canis lupus) — İtlər fəsiləsindən vəhşi yırtıcı heyvan əsasən Şahbuz, Culfa və Ordubad rayonlarındakı kolluqlarda yaşayır.
• Qonur ayı (Ursus arctos) — Yırtıcı məməli əyripəncə tüklü heyvan Şahbuz rayonundakı Biçənək meşə-kolluqlarında yaşayır.
• Meşə (çöl) donuzu (Sus scrofa) — Qaban fəsiləsindən cüt dırnaq məməli heyvan əsasən Şahbuz rayonundakı Biçənək kəndindəki meşə-kolluqlarda yaşayır.
• Vaşaq (Felis lynx) — Pişikkimilər fəsiləsindən olan məməli heyvandır. Əsasən Şərur, Şahbuz, Ordubad, Culfa rayonlarındakı düzənlik və kolluq ərazilərdə yayılmışlar.
• Dovşan (Leporidae luropalus) — Vəhşi dovşanlar əsasən Muxtar Respublikanın büyün rayonlarında olsa da, Arazboyu yasaqlıqda daha çox yayılmışdır.
• Dağ keçisi (Capra aegagrus) — Buynuzlular fəsiləsindən cüt dırnaqlı heyvanlar Şahbuz, Ordubad və Culfa rayonlarındakı sıldırım qayalıqlarda yaşayırlar.
• Qısaquyruq çöl pişiyi (Felis silvestris) — Pişikkimilər fəsiləsindən olan vəhşi yırtıcı heyvan əsasən Muxtar Respublikanın Arazboyu yasaqlıq və qamışlıqda yayılmışdır.
• Kərkəs (Leş qartalı) (Cal haritdae) — Əsasən yırtıcı quşlar Muxtar Respublikanın Ordubad, Culfa və Şahbuz rayonlarındakı uçurumlarda, o cümlədən də uca ağac və tikililərdə yuva qurub yaşayırlar.
• Berkut (Qartal) (Aquila chrysaetus) — Qırğılar fəsiləsindən olan vəhşi yırtıcı quşlar Muxtar Respublikanın bütün rayonlarında yayılaraq əsasən dağ və düzənliklərdə quş və gəmiricilərlə qidalanırlar.
• Xəzər uları (Tetraogallus) — Qırqovullar fəsiləsindən olan fır kəklikdir. Əsasən Araz çayı sahillərindəki çəmənliklərdəki torpaqda yuva qurub, 4-6 yumurtadan ətcə bala çıxarır.
• Kəklik (Alectoris kakelik) — Qırqovulkimilər fəsiləsindən olan toyuq-quşdur. Ayaqları “xınalı” quşlara Muxtar Respublikanın Ordubad, Culfa vəŞahbuz rayonlarındakı dağ ətəyi çəmən və kolluqlarda rast gəlmək olar.
• Tirəndaz (Oxlu kirpi) (Hystricidae) — Gəmiricilər dəstəsindən olan məməli heyvan fəsiləsinin vətəni Afrika olaraq sonradan Cənubi və Ön Asiyada (Qafqazda) da yayılmışdır. Azərbaycanda yeganə növü olan Hindistan oxlu kirpisi (Hystrix leucura), Talış və Kiçik Qafqazda (Naxçıvan MR-ın Culfa və Ordubad rayonlarındakı dağlıq ərazilərdə) yaşayır. Oxlu kirpi Muxtar Respublika ərazilərində nadir heyvan olsa da, brakonyerlər tərəfindən ovlanaraq ildən-ilə sayı azalır.
• Qara əqrəb (Buthus nigrum) — Hörümçəkkimilər sinfinin onurğasız heyvan dəstəsindəndir. Azərbaycanda əqrəblərin 3 növü (Buthus crassicanda), Naxçıvan Muxtar Respublikasında yayılmışdır. Bundan başqa (Buthus eupeus) və (Buthus cancasicus) növləri də vardır. Muxtar Respublikanın Culfa, Babək, Kəngərli və Şərur rayonları ərazilərindəki köhnə qəbirstanlıqlarda qara zəhərli (Buthus nigrum) növünə rast gəlinir ki, həmin nadir həşərat-heyvanların nəsli kəsilmək üzrədir.
• Xallı qızıl balıq (Forel) (Salmo fario) — Qızılbalıqlar növündən olan "sümüksüz" adlanan xallı qızıl balıqlar Ordubad rayonundakı Gilan və Süzgün çaylarıda, Culfa rayonundakı Əlincə çayın mənbəyində yayılmışdır.
• Tibb zəlisi (Hirubo medicinalis) — Zəlilər sinfindən olan halqavari soxulcana bənzər su qurdudur. Zəlilər əsasən Cənubi Avropa və Kiçik Asiyadakı şirinsulu gölməçə və bulaqlarda yayılmışdır. Azərbaycanda Lənkəran zonası ilə Naxçınan MR-ın Babək rayonundakı şirinsulu çay və gölməçələrində də yaşayırlar. Əvvəllər Əbrəqunis (Culfa) rayonundakı Haçaparaq kəndindəki “Zəli bulağında” və Naxçıvan (Babək) rayonundakı Adilağa suni gölündə tibb zəliləri yayılaraq yaşamışdır. Haliyyədə Araz çayı dəryaçası sahillərindəki yasaqlıqda nadir tibb zəlisi qurdları vardır.
• (Colubridae) — İlanlar (Ophidia) dəstəsindən olan sürünənlər fəsiləsi dünyada 1500 növü məlumdur ki, Azərbaycanda 18 (Naxçıvan MR-da 3) növü vardır. Muxtar Respublikanın bütün rayonlarındakı şirinsulu su hövzələrində su ilanları yayılsa da leyləklər tərəfindən kütləvi surətdə yeyilir.
• Çay xərçəngi (Crustacea) — Xərçəngkimilər-buğumayaqlılar tipindən olan su heyvanı sinfindəndir. Dünyada 20 minədək növü, Azərbaycanda 43 fəsilədən 134 cins və 344 növü vardır. Muxtar Respublikanın şirinsulu hövzələrindən Araz dəryaçasında, Naxçıvançay və Arpaçaydakı dəryaçalarda yayılmışdır.

• Naxçıvan florası