"Naxçıvan" Universiteti 1994-cü ildən 1999-cu ilə kimi "Naxçıvan" bazası kimi fəaliyyət göstərmişdir. Azərbaycan Respublikası Ədliyyə Nazirliyi 05 iyul 1999-cu il tarixli 33 saylı şəhadətnamə ilə müəssisəni Naxçıvan Özəl Universiteti adı ilə dövlət qeydiyyatına almışdır. Universitet Azərbaycanın paytaxtı Bakı şəhərindən kənarda yerləşən yeganə özəl ali təhsil müəssisəsidir. Azərbaycan Respublikasında xüsusi icazə tələb olunan fəaliyyət növlərinin siyahısına uyğun olaraq Naxçıvan Özəl Universitetinə Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin AB seriyalı 019008, qeydiyyat nömrəsi 08, 11 noyabr 1999-cu il tarixli lisenziya verilmişdir.

Universitetin təsisçisi və ilk rektoru İsmayıl İsrafil oğlu Əliyev olmuşdur. 2019-cu ilin 5 dekabr tarixində Naxçıvan MR Ali Məclisi Sədrinin sərəncamı ilə Nurlana Əliyeva "Naxçıvan" Universitetinə rektor təyin edilmişdir.

2023-cü ilin fevralında yeni rektor Anar Kazımov olmuşdur.

2024-cü il sentyabrın 3-də universitet ləğv olunduğunu elan edib.

1. Pedoqoji fakültə
2. İdarəetmə fakültəsi
3. İqtisadiyyat fakültəsi
4. Xarici dillər fakültəsi

"Naxçıvan" Universitetinin iki tədris korpusu vardır. Professor-müəllim heyətinin normal fəaliyyəti, eləcə də tələbələrin yüksək təhsil alması üçün əlverişli şəraiti olan lazımi avadanlıqlarla təchiz edilmiş otaqlar, auditoriyalar və kabinetlər yaradılmışdır.

Universitetdə geniş imkanlara malik olan zəngin kitabxana oxu zalından və elmi ədəbiyyatla zənginləşdirilmiş kitab fondundan ibarətdir.

Universitetdə tədrisin keyfiyyətinin yüksəldilməsi məqsədilə müasir avadanlıqlarla təchiz olunmuş kömpüter mərkəzi, laboratoriyalar, fənn kabinələri, auditoriyalar, akt zalı, konfrans zalı və lazımi avadanlıqları (qurğuları) olan müasir standartlara cavab verən idman kompleksi vardır.

Universitetdə Tələbə Elmi Cəmiyyəti, Tələbə Gənclər Təşkilatı, Tələbə Həmkarlar Təşkilatı, Xor dərnəyi, Dram dərnəyi, İdman klubu, Turizm və etnoqrafiya studiyası, Şən və hazırcavablar klubu və s. fəaliyyət göstərir.

Naxçıvan Özəl Universitetinin beynəlxalq əlaqələri bu universitetdə təhsilin keyfiyyətinin yaxşılaşdırılmasına, onun struktur quruluşunun idarəetmə metodlarının, tədris proqramlarının məzmununun, texniki təzhizatının və təhsil prosesinin beynəlxalq standartlara uyğun şəkildə qurulmasına və inkişafına yönəlmişdir.

Universitetin əməkdaşları Türkiyə Cumhuriyyətinin Bilkənd, Ankara, Pamukkale, Konya Universitetlərində olmuşdur.

Universitetdə keçirilən Beynəlxalq elmi konfranslarda Amerikanın Perdu Universitetinin professorları Hari Lepinski, Hüseyn Cəmaləddin, Nyu Daubek, Tobias, ingiltərəli Çeync, Pakistanlı Şholmoli Xan və b. iştirak etmiş, universitetin professor-müəlim heyəti və tələbə kollektivi ilə görüşmüş, habelə bir neçə mühazirə oxumuşlar.

Naxçıvan Özəl Universiteti yarandığı gündən xarici əlaqələrin qurulmasına və əməkdaşlığa daim önəm vermiş və bu istiqamətdə ardıcıl olaraq fəaliyyət göstərir.

Qafqaz Universitetlər Birliyinin üzvüdür.