1598-ci ildə Naqasakidə əsası qoyulmuşdur. XVII əsrdən başlayaraq Yaponiyada ölmüş bir sıra avropalılar (əsasən hollandlar) bu məbəddə dəfn olunmağa başlamışdır. 1853-cü ildə Rusiya donanmasına aid olan "" gəmisinin zabitləri məbədi ziyarət etmişdirlər. 1858-ci ildə məbədin qəbiristanlığında ilk rus qəbirləri peyda olmuşdur: hollandlar üçün ayrılmış sahədə 4, ruslar üçün ayrılmış sahədə 13 rus dənizçi dəfn olunmuşdur. Onların hamısı Rusiya donanmasına məxsus olan "" gəmisinin ekipajının üzvləri idilər.

1866-cı ildə məbəd yaxınlığında rus hərbçilər üçün yeni ərazi ayrılmışdır. Həmin vaxt qəbiristanlıqda artıq 30 qəbir yerləşirdi. yamacında yerləşən yeni qəbiristanlıq ərazisində dəfn olunan ilk şəxs "" kliperinin miçmanı Vladimir Pavlovski olmuşdur. Rus yazıçı 1880-ci ildə Yaponiya səyahəti zamanı bu qəbiristanlığı ziyarət etmiş və burada 60 qəbirin yerləşdiyini bildirmişdir. 30 aprel 1891-ci ildə gələcək Rusiya imperatoru II Nikolay qəbiristanlığı ziyarət etmişdir.

1900–1901-ci illərdə Çində döyüşmüş bir neçə rus əsgəri burada basdırılmışdır. 1909-cu ildə Rusiyanın Yaponiyadakı diplomatik missiyasının təşəbbüsü ilə qəbiristanlığın üçüncü yarusunda Rus-yapon müharibəsində (1904–1905) ölmüş 252 rus əsgərinin küllərinin dəfn olunduğu məzarlıq inşa edilmişdir. 1917-ci ildən sonra Rusiya İmperator Ordusunun üzvü olmuş bir sıra ağ emiqrantlar burada dəfn olunmuşdur. Onların arasında iki general-mayorun (Vladimir Kitayev və ) qəbirləri də var.

19 aprel 1991-ci ildə SSRİ prezidenti Mixail Qorbaçov qəbiristanlığı ziyarət etmişdir.

İkinci Dünya müharibəsi zamanı qəbiristanlığına ciddi ziyan dəymişdir. Bir çox qəbir daşları və abidələr dağılmışdır. Bəzi qəbirlər ümumiyyətlə məhv olaraq itmişdir. 1969-cu ilin fevralında bərpa işləri üçün 2,4 milyon yen məbləğində vəsait ayırmış və qəbiristanlıqda yerləşən kilsə-kapella bərpa olunmuşdur. Bərpa işlərinin başa çatması ilə bağlı mərasim 24 may 1972-ci ildə baş tutmuşdur.

1990-cı ildə təşəbbüsü ilə qəbiristanlıqda ikinci ciddi bərpa işləri aparılmışdır. Bərpa işlərinin başa çatmasında sonra 21 oktyabr 1990-cı ildə burada Sovet-Yapon Dostluq Memorialının açılışı baş tutmuşdur. Vladivostokdan gətirilmiş 1,2 x 1,4 metr ölçülərindəki daş abidənin üzərində rus və yapon dillərində bu yazı qeyd olunmuşdur:

1858-ci ildən bu qəbiristanlıqda uyuyan rus dənizçilərin xatirəsinə. Onların qəbirlərini qoruyub saxlayan Naqasaki sakinlərinə minnətdarlıqla. 21.10.1990.

Orijinal mətn  (rus.)  

В память о русских моряках, покоящихся на этом кладбище, начиная с 1858 г. С благодарностью к жителям Нагасаки, сохранившим их могилы. 21.10.1990 г.