Naqaev buxtası meredianal şəkildə Staris yarımadasının qərb sahili boyunca 16 km məsafədə uzanır. Qərb istiqamət istisna üş tərəfdən yaxşı qorunur. Oxot dənizində gəmilərin dayanacağı baxımından ən yaxşısı hesab edilir. Buxtanın şərq sahillərində Maqadan şəhəri yerləşir. Şimalında isə Maqadan dəniz ticarət limanı vardır. Qabarmanın hündürlüyü 4 metrə çatır.

Buxatnın sahilləri az girintili-çıxıntılıdır. Ən böyük eniş Zamok burundan şərqdə müşahidə edilir. Naqaev buxtasına Vodopadnaya və Kovş buxtaları daxildir.

Naqaev buxtası qədim zamanlardan dənizçilərin diqqətini çəkmişdir. Belə ki, ruslara və digər ölkələrə aid gəmilər fırtınalardan qorunmaq və şirin suya olan ehtiyaclarını təmin etmək məqsədi ilə buxtaya yan alırdılar. 1911-ci ildə Mixail Jdankonun rəhbərlik etdiyi hiqroqrafik ekspedisiyasının üzvü Boris Davıdov araşdırma sonucunda buxtanı «bütün Oxot dənizində ən yaxşı lövbər salınası yer» adlandırmışdır.

1912-ci ildə kamçadallar tərəfindən Naqaev buxtası Volok adlanırdı. Evenlər isə buxtaya Miekan deyirdilər. Belə düşünülür ki, məhs evenlərin «Miekan» toponimi sonradan «Moqodan» və «Maqadan» formasını almışdır.

Mixail Jdankonun rəhbərlik etdiyi ekspedisiya tərəfindən Volok buxtasının adı dəyişdirilərək XVIII əsrin tanınmış hidroqraflarından biri olan admiralı Aleksey Naqaevin şərəfinə Naqaev buxtası, Monqopdan buxtası isə Qertner buxtası olaraq adlandırılmışdır. Qentner Jdanko ekspedisiyasının üzvlərindən biri olmuşdur.

Naqaev buxtası Stalin represiyaları dönəmində dustaqların dəniz yolu ilə gətirilib, təyinat məntəqəsinə daşındığı paylama məntəqəsi olmuşdur. Naqaev buxtasına ilk məhbuslar «Stalin» paraxodunda 4 fevral 1932-ci ildə ayaq basırlar. Buxtada naviqsiyanın açılması ilə nvbəti məhbud dalğası əraziyə gətirilir. Henrix Yaqoda buxtaya 16 min məhbusun gətirilməsini əmr edir. Ancaq plan tam doldurulmur. 1932-ci ilin payızında Kolımaya 12 min məhbus göndərilir. Kolımaya təşkil olunuan iki göndəriş sonrası gələnlərdən yalnız 50 % sağ qala bilir. 1934-cü ildə göndərilən üçüncü dəstə isə aralarında ən xoşbəxtləri olur. Onların demək olar ki hamısı sağ qala bilir. Məhs bu ildə Kolımada genişmiqyaslı tikinti işləri başlayır. Burada Kolıma avtomagistralı, çay limanları, aerodromlar və qəsəbələr inşa edilir. 1929-cu ildə salınan Maqadan qəsəbəsi artıq bu ərəfələrdə əmək düşərəsi diyarının paytaxtına çevrilir.

1937-ci ildən Naqaev buxtasında şimal-şərq islah-əmək düşərgələrinin inzibati mərkəzi yerləşirdi.

19 dekabr 1947-ci ildə buxtada «General Vatutin» gəmisi partlamışdır.

1963-cü ildə isə Moskva buzqıran gəmisi buxtaya qış yürüşü təşkil etmişdir

Hal-hazırda Naqaev buxtasının ən başlıca problemlərindən biri onun neftlə çirklənməsidir.