1961-ci ildə İzmirdə anadan olub. Konyada qeydiyyatda olan Muzaffər Şəkər 1986-cı ildə Bursa Uludağ Universitetində baytarlıq fakültəsini bitirib.
1995-ci ildə İngiltərənin Leicester Tibb Universitetində İnsan Anatomiyası üzrə fəlsəfə doktoru dərəcəsini almışdır.

Ailəlidir, üç övladı var.

Səlcuq Universiteti Məram Tibb Fakültəsinin Anatomiya kafedrasının müdiri idi. Eksperimental Təbabət Tədqiqat və Tətbiq Mərkəzinin direktor müavini vəzifəsində çalışıb. 2000-ci il Səlcuq Universitetində dosent oldu. Həmin universitetdə 2006-cı ildə professor elmi adını almışdır.
Türkiyə Anatomiya və Klinik Anatomiya Dərnəyinin İdarə Heyətinin sədri vəzifəsində çalışıb.
O, Əsas Tibb Elmləri Platformasının qurucu baş katibi vəzifəsində çalışıb.
2010-cu ildə Meram Tibb Fakültəsinin Tibb Təhsili və İnformatika kafedrasının müdiri olarkən Konya Universitetinin qurucu rektoru vəzifəsinə təyin edildi. İkinci dəfə Konya Necmettin Erbakan Universitetinin rektoru seçilən Muzaffər Şəkər 10 dekabr 2018-ci ildə səlahiyyət müddəti başa çatdıqdan sonra vəzifəsindən istefa verib.

Prezidentin 15 may 2019-cu il tarixli sərəncamı ilə Türkiyə Elmlər Akademiyasının prezidenti vəzifəsinə təyin edilmişdir.