1900–1908-ci illərdə tanınmış Bakı milyonçusu Murtuza Muxtarov məscidin tikilməsinə maliyyə köməkliyi edir. "Priazovskiy kray" qəzetinin məlumatına görə 80 min rubla başa gələn məscidin 50 min rublunu məhz Bakı neft milyonçusu Murtuza ağa Muxtarov vermişdir. Bu səbədən məbədə Muxtarov məscidi adı verilmişdir. Məscidin layihə müəllifi polyak mənşəli memar İosif Ploşkodur. Məscidin tikintisi 14 oktyabr 1908-ci il tarixində tamamlanmışdır.

Məscidin tikintisində layihə müəllifi İosif Ploşko qotik üslubundan istifadə etmişdir. Məscidin girəcəyi qot tağı (neştərəbənzər) ilə bəzədilmişdir. İki yaruslu, azan üçün eyvanı ola qoşa simmetrik minarələr girişin hər iki tərəfindən ucalmışdır. Minarələr və günbəz qızılı çubuqlar üzərində aypara ilə tamamlanır. Minarələrin hündürlüyü 33 m-dir. Məscid daxilində döşəmədən günbəzə qədər hündürlük 16.5 m-dir. Layihə zamanı Misirin paytaxtı Qahirə şəhərindəki Əl-Əzhər (970–972) və digər məscidlərin ornamentlərindən istifadə etmişdir. Tikinti zamanı istifadə olunan əhəng daşı Bakı ətrafındakı karxanalaradan aparılmışdır. Bəzək və rəssamlıq əsasən də Х-ХII əsr Qahirə məscidlərini xatırladır. Dekorasiyasında ərəb əlifbası ilə Qurani-Kərimdən ayələr işlənmişdir.. İki minarəsi və bir günbəzi olan məscidin giriş qapısı şimala tərəfdir. 1934-cü ildən etibarən tarixi abidə statusu alaraq qorunur. 1996-cı ildə partlayış zamanı ciddi dağıntıya məruz qalmışdır.

Məscid 2019-cu ildə Azərbaycan prezidentinin maddi dəstəyi ilə bərpa edilib.