Muxtar Əfəndizadə 1880-ci ilin yanvar ayında Ağdaş rayonunun Şəmsabad kəndində bir müdərris (mədrəsə müəllimi) ailəsində anadan olub. Altı yaşında ikən atası Hacı İsmayıl Əfəndini itirən kiçik Muxtar anası Zeynab Kərim Əfəndi qızının himayəsində yaşayıb.

Uzun müddət (1886–1904) Azərbaycanın müxtəlif mədrəsələrində (Ağdaş, Şamaxı, Quba, Bakı) təhsil alan Muxtar Əfəndizadə hələ 8 yaşında ikən hafiz adını alıb. 1904–1905-ci illərdə o, Qubada "Üsuli-cədid" məktəbi açıb və bir il sonra, 1906-cı ilin axırlarında maarifçilik fəaliyyətini davam etdirmək üçün öz vətəni Ağdaşa qayıdıb.

Hələ gənc ikən Muxtar Əfəndi Ağdaşda maarifçiliyin inkişafında müstəsna rol oynayıb. Həmin dövrdə "Yaşlılar üçün kurs" (1906), "Nəşri-maarif" (1906), "Darülirfan məktəbi" (1906), qiraətxana (1906), teatr (1908), "Səadət" qız məktəbi (1909) onun ağır zəhmətinin nəticəsində yaranıb. 1909–1910-cu illərdə açılan və "Rus-tatar məktəbi" kimi məşhur olan qədim tədris ocağı da Muxtar Əfəndinin zəhmətinin bəhrəsi idi.

Bütün elmlərə dərindən yiyələnən Muxtar Əfəndi Azərbaycanın əksər rayonlarında onun özünün köməyi ilə açılan mədrəsələrdə müvəffəqiyyətlə dərslər keçirdi. Gənclər, yeniyetmələr, hətta yaşlılar da dini, fəlsəfi və dəqiq elmlərin sirlərinə yiyələnmək üçün məhz onun dərs dediyi mədrəsələrə axışırdılar. O mədrəsələrdə dil və ədəbiyyat dərslərinə xüsusi əhəmiyyət verilirdi.

Muxtar Əfəndinin Azərbaycan mədəniyyəti və maarifçiliyinin inkişafındakı misilsiz xidmətlərindən biri də iyirminci əsrin əvvəllərində (1907) davamlı təzyiqlərə məruz qalaraq ucqar bir rayonda ilk teatr yaratmasıdır.

1907-ci ildə gələcəyin məşhur bəstəkarı Zülfüqar Hacıbəyov Ağdaşa tərcüman vəzifəsində işləməyə göndərilir. Muxtar Əfəndi Zülfüqar Hacıbəyovla görüşür və onlar o vaxtlar üçün nadir bir hadisə kimi qəbul olunan ilk teatr yaratmaq qərarına gəlirlər.

1908-ci ilin 10 aprelində təzə yaranmış ilk teatrda Rəşid bəy Əfəndiyevin "Qan ocağı" əsərinin ilk tamaşası səhnəyə qoyulur. Çox maraqlı cəhət bu idi ki, 1908-ci ildə burada səhnəyə ilk qadın çıxır. Ömrünün çoxunu Ağdaşda yaşamış artist Almaxanım və görkəmli yazıçı Maxsud Şeyxzadənin anası Fatma Şeyxzadə (sonralar Fatma Hacıyeva) yaradıcılıq qəhrəmanlığı göstərərək ilk dəfə səhnəyə çıxırlar. Muxtar Əfəndinin yaxın dostu, o illərin görkəmli sənətkarı Cəmil bəy Bağdatbəyov da bu teatrın yaranmasında və fəaliyyət göstərməsində yaxından köməklik göstərib.

Muxtar Əfəndinin maarifçilik fəaliyyətindən söhbət açarkən onun zəhməti ilə yaradılmış qiraətxana haqqında danışmamaq mümkün deyil. Görkəmli maarifçi bunu belə xatırlayır: "Qiraətxana açmaq haqqında fikrimi Azərbaycan cəmiyyət iclaslarının birində üzvlərə eşitdirdim. Çox razılıqla mənim fikrimi bəyəndilər və açılmasına qərar verildi". Az bir zamanda ərəbcə Misirdən, farsca Hindistan və İrandan, türkcə İstanbuldan, Krımdan, Bolqarıstandan, tatarca Orenburqdan, Kazandan və Astarxandan, rusca Rusiyadan gələn qəzet və məcmuələr qiraətxananı zənginləşdirir. Sonralar "Baku" qəzeti bu zəngin qiraətxana haqqında belə yazırdı: "1923-cü ildə kitabların sayına görə Ağdaş qiraətxanası Bakıdan sonra ikinci yeri tutur".

Muxtar Əfəndi o çətin illərdə səfalətdən əziyyət çəkən uşaqlardan ötrü 1908–1909-cu illərdə bir neçə bölgələrdə "Kimsəsiz uşaqlar evi" açmağa nail olur və kimsəsiz uşaqları bu ocağa yığaraq, onlara atalıq qayğısı göstərməyə başlayır. Bir neçə imkanlı şəxs (Hacı Gözəlov və başqaları) xeyriyyəçilik məqsədilə bu sahibsiz uşaqlara şərait yaradırlar. Bu xəbəri eşidən xalqımızın böyük xeyriyyəçi oğlu Hacı Zeynalabdin Tağıyev Muxtar Əfəndiyə xeyir-dua verir, müvəffəqiyyət arzulayır və sonra isə həmin məktəblərə yüz qızıl pul göndərərək öz atalıq və ağsaqqallıq qayğısını göstərir.

1906–1907-ci illərdə Muxtar Əfəndinin yalnız oğlan uşaqlarından ötrü açdığı "Darülirfan" məktəbləri fəaliyyət göstərməyə başlayır. Güclü təhsil verən bu beşillik məktəblərdə dünyəvi elmlər tədris olunurdu. Tədris edilən elmlər sırasında ədəbiyyat, tarix, coğrafiya, həndəsə, rus dili, Nücum və s. elmlərlə bahəm təbii ki, şəriət elmi də öyrədilirdi. Məktəblərin xalq tərəfindən sevinclə qarşılanmasının başlıca səbəbi isə burada dərslərin sırf Azərbaycan dilində öyrədilməsi idi. Bu məktəblərdə Muxtar Əfəndi ilə bərabər o dövrün görkəmli maarifçiləri Şərif Əfəndiyev, Qori seminariyasının məzunu Səməd Muradov, Məhəmməd bəy Əfəndiyev, Əhməd Əfəndi və başqaları da dərs deyirdilər.

Repressiyanın ilk illərində Azərbaycandan uzaqlaşaraq Özbəkistanda yaşayıb yaratmaq məcburiyyətində qalmış görkəmli yazıçı Məqsud Şeyxzadə, görkəmli alim İsmayıl Əfəndiyev, uzun illər müəllimləri təkmilləşdirmə institutunun direktoru olmuş Saleh Məmmədzadə, APİ-nin professoru Nurəddin Hacıyev və bir çox alimlər ilk təhsillərini bu məktəblərdə məhz Muxtar Əfəndidən almışlar. Azərbaycanın mədəni həyatında diqqəti cəlb edən hadisələrdən biri də 1909-cu ildə Muxtar Əfəndi tərəfindən "Səadət" qız məktəbinin açılması idi. Tağıyev məktəbini bitirmiş Hədiyyə xanım Məmmədovanın rəhbərlik etdiyi bu məktəbdə qiraət, hesab, hesabi-zehni, şəriət, Quran və s. fənlərdən dərslər keçirilirdi. Görkəmli maarifçi Muxtar Əfəndizadə tərəfindən təsis edilən bu maarif və mədəniyyət müəssisələrinin fəaliyyəti açıldıqları gündən başlayaraq 1920-ci ilə qədər davam etdi və bu məktəblər minlərlə oğlana, qıza savad və bilik verdi. Maarifçiliyin inkişafında uzun müddət cəsarət və ləyaqətlə fəaliyyət göstərən Muxtar Əfəndizadə əhalinin dərin rəğbətini qazanır və buna görə də xalq onu Azərbaycan Cümhuriyyətinin parlamentinə nümayəndə seçir. 12 dekabr 1919-cu ildən M. Əfəndizadə parlamentdə Əhrar partiyasının üzvü kimi fəaliyyət göstərir. 1920-ci ilin aprelində Nəsib bəy Yusifbəyov kabineti istefa verərkən o, da siyasətdən uzaqlaşır və maarifçilik fəaliyyətini davam etdirir. Cəmi 3 ay 19 gün parlamentdə olması onun bütün həyatı üzərinə qara kölgələr salır. Bədxahlar Muxtar Əfəndizadəni damğalamağa can atır, ləkələməyə çalışırlar. Sonralar isə 30-cu illərin repressiyasının qara buludları ondan da yan keçmir və haqsızlığa məruz qalan maarifçi bir neçə il sürgün həyatı keçirməyə məcbur olur. 1930-cu ildə o, savadlı bir maarifçi kimi maarif nazirinin təklifi ilə Gürcüstana göndərilir. Muxtar Əfəndizadə 1932-ci ilə qədər Tiflisin ali tədris ocaqlarında dil və ədəbiyyat dərslərini deməklə həm də Tiflisdə nəşr olunan "Yeni kənd" qəzetinin redaktoru və "Dan ulduzu" məcmuəsinin korrektoru vəzifəsində çalışır. Lakin səhhəti ilə əlaqədar o, həkimlərin məsləhəti ilə Bakıya qayıtmağa məcbur olur. Bakıya qayıtdıqdan sonra Muxtar Əfəndi maarif nazirinin əmri ilə baş mətbuat müdirliyində və tarix institutunda tərcüməçilik fəaliyyətinə başlayır. 1939–1944-cü illərdə o, ərəb və fars dillərindən İsgəndər Münşinin, Mirxondun, İbn Əl-Əsirin əsərlərini Azərbaycan dilinə tərcümə edir. Sonralar, 1958-ci ildə isə Muxtar Əfəndi Sədinin məşhur "Gülüstan" əsərinin Azərbaycan dilinə sətri tərcüməsini edir. 1944-cü ildə Azərbaycan Dövlət Universitetinin rəbərliyi ərəb və fars dillərinin mükəmməl bilicisi kimi Muxtar Əfəndizadəni elm ocağına dəvət edir və o, uzun illər universitetin şərq dilləri fakültəsində dərs deməyə başlayır. 1947-ci ildə Muxtar Əfəndi professor İbadulla Qarayevin tapşırığı ilə "Miftahül lisan ül ərəb" (ərəb dilinin açarı) adlı dərslik yazır. Ali məktəblər üçün yazılmış bu dərslik keçmiş SSRİ-də nadir hadisə hesab edilirdi və dünya şöhrətli ərəb dili mütəxəssisi akademik Kraçkovski bu dərsliyə yüksək qiymət verərək Muxtar Əfəndizadəni ərəb və fars dillərinin mükəmməl bilicisi adlandırır. Muxtar Əfəndi o illərdə ali və orta məktəblər üçün əlavə bir neçə "Ərəb dili" dərsliklərinin də müəllifi olur. Azərbaycan Elmlər Akademiyasında, Azərbaycan Dövlət Universitetinin şərq fakültəsində işləyəndə, hətta pensiyada olduğu dövrdə də Azərbaycanın demək olar ki, bütün gənc şərqşünasları, ümumiyyətlə şərqşünas alimlərin əksəriyyəti, eləcə də nüfuzlu din xadimləri bir çətinliyə düşərkən mütləq Muxtar Əfəndi ilə məsləhətləşirdilər, onun tövsiyələrinə ehtiyac duyurdular. Onu da qeyd etmək lazımdır ki, şəriət elmini dərindən bilən bu nadir şəxsiyyətə respublikanın bütün din xadimləri böyük hörmət və ehtiram hissi ilə yanaşırdılar. Dövlətimizin elm, mədəniyyət və maarifçiliyi qarşısında misilsiz xidmətləri olan bu böyük şəxsiyyət bütün əziyyətlərə qatlanaraq Azərbaycanın torpaqlarını qarış-qarış gəzmiş, qədim əlyazmalarını, nadir kitabları toplamış, onları məhv olmaqdan xilas edərək Respublika Əlyazmalar İnstitutunun Fonduna təqdim etmişdi. Muxtar Əfəndizadə bu xidmətləri fəxri adlar, elmi rütbə naminə etmirdi, çünki zamanın girdabında ona qarşı olan müxtəlif haqsızlıqlar bu mükafatları onun nəzərində qiymətsiz və mənasız etmişdi. Görkəmli maarif xadimi Muxtar Əfəndizadə 1975-ci il 19 oktyabrda 95 yaşında vəfat etdi. Təpədən-dırnağa qədər vətənpərvərlik hissi ilə alışıb yanan, həyatının 80 ilini Vətənimizdə elmin, mədəniyyətin, maarifçiliyin inkişafına həsr edərək böyük irs qoyub getmiş bu böyük şəxsin xatirəsi qədirbilən millətimizin qəlbində həmişə yaşayacaq.

O, şərqşünas, tərcüməçi İsgəndər Münşinin "Tarixi-aləm-arayi Abbasi", İbn əl-Əsrin "Əl-Kamil Fit-T-Tarix" və s. əsərlərini Azərbaycan dilinə tərcümə edib. "Ərəb dilinin açarı" (1947) adlı Ali məktəblər üçün dərslik hazırlayıb. Şəmsabad kənd orta məktəbinə və Ağdaş şəhərində yaşadığı küçəyə adı verilib.