20 fevral 1830-cu ildə Qahirədə dünyaya gəldi. Atası Kavalalı İbrahim Paşa, anası isə onun xanımlarından Ülfət xanımdır. Qahirədə xüsusi müəllimlərdən aldığı xüsusi dərslərlə təhsilini tamamladı və 1845-ci ildə İstanbula gələrək sədarət məktubdarlığında xidmətə başladı. Bu illərdə Zəkayi Əfəndidən musiqi dərsləri almağa başladı. Qısa müddətlik Misirə dönsə də, 1851-ci ildə yenidən İstanbula gəldi və Əhkam-ı Ədliyyə məclisinə üzv seçildi. 1857-ci ildə Misirə gələrək burada əmisi Səid Paşa idarəsində maliyyə naziri təyin edildi. Ancaq bir il sonra vəzir rütbəsi alaraq Tənzimat məclisi üzvü seçilərək İstanbula qayıtdı. 1862-ci ilin martında yerli məhsulların təqdimatı məqsədilə açılması planlaşdırılan məhsul sərgisiylə bağlı yaradılan komissiyanın rəhbəri oldu.

Uzun bürokratik xidmətlərin ardından 18 noyabr 1862-ci ildə Maarif naziri təyin edildi. 11 yanvar 1863-cü ildə I dərəcəli Osmaniyə nişanı ilə təltif edilərək Maliyyə nazirliyinə təyin olundu. Əmisi Səid Paşanın vəfatının ardından böyük qardaşı İsmayıl Paşanın Misir hakimi təyin edilməsiylə vəliəhd oldu. Bu əsnada uzun müddətdir planlaşdırdığı sərginin açılışı 1863-cü ilin fevralında Sultanəhməd meydanında baş tutdu. 26 mart 1864-cü ildə yenidən nizama salınması vəzifəsiylə Ali məclisə təyin edildi. Ancaq bu təyinatın arxasında sədrəzəm Fuad Paşayla olan fikir ayrılığının olduğu deyilirdi. Bu vəzifədə ikən 5 noyabr 1865-ci ildə Xəzinə məclisi rəhbərliyinə təyin olundu. 1865-ci ilin iyunundan bəri gizli şəkildə toplanan və 1867-ci ildə Yeni Osmanlılar cəmiyyəti adını alan müxalif birliyinin öndə gələn üzvləriylə (Ziya bəy, Əli Suavi, Namiq Kamal) yaxın təmas qurmağa başladı. Fazil Paşanın yaşadığı ev sədrəzəm Fuad Paşa və xarici işlər naziri Əli Paşanın ağalıq etdiyi hökumətə qarşı çıxanların toplanma yerinə çevrilmişdi. Sonunda Fazil Paşanın aparılan maliyyə siyasəti barədə sultana yazdığı şikayət raportundan xəbər tutan sədrəzəm Fuad Paşa 18 fevral 1866-cı ildə onu bütün vəzifələrindən azad etdi. Vəzifədən alınmasında hökumətə və sədrəzəmə müxalif fikirləri ilə yanaşı, səlahiyyətlərini məhdudlaşdıran qardaşı İsmayıl Paşa ilə sədrəzəmin yaxın münasibəti mühüm rol oynadı.

Öncə Qahirəyə getmək istəyən Fazil Paşa, Misirdə özünün və övladlarının səltənətini təminat altına almaq istəyən qardaşı İsmayıl Paşanın etiraz etməsiylə 1866-cı ilin aprelində Neapola, ordan isə Parisə getdi. Sultan Əbdüləzizin 28 may 1866-cı il tarixli fərmanıyla Misirdəki vərasət sistemi dəyişdi və Misir hakimiyyəti İsmayıl Paşa ilə oğullarına buraxıldı. Beləcə, vəliəhdliyi ləğv edilən Fazil Paşanın Misirdəki bütün mal varlığı satılaraq qarşılığında bir neçə milyon İngilis sterlinqi təzminat ödəndi.

Fazil Paşa Parisdə qaldığı müddət ərzində maddi imkanlarından istifadə edərək Avropadakı müxalif qrupları və onlara bağlı mətbuat orqanlarını öz ətrafında toplamağa nail oldu. Bu tərəfdaşlarının köməyilə onun əleyhində alınan vərasət qanunu tənqid edildi. Ardından yazılma tarixi mübahisəli olan və Fazil Paşa tərəfindən yazıldığı söylənən Sultan Əbdüləzizə xitabən fransız dilində yazılmış bir məktub dərc olunmağa başlandı. Xüsusi bir nüsxəsi III Napoleona təqdim edilən bu məktub bir çox Avropalı diplomat, siyasətçi və mətbuat orqanlarına göndərildi. Bununla yanaşı məktubun bir nüsxəsi Namiq Kamal və tərəfdarlarına göndərildi və burada türk dilinə tərcümə edilərək İstanbulda da paylanmağa başlandı. Məktubun paşanın əl yazısıyla olan bir nüsxəsi 22 mart 1867-ci ildə Sultan Əbdüləzizə təqdim olundu.

1867-ci ilin ilk aylarında Bab-ı Əliyə qarşı tənqidlərin artması ilə sədrəzəm Əli Paşa mətbuata senzura tədbiq etməyə başladı və yaranan bu vəziyyətdən narazı olan Namiq Kamal, Ziya bəy və Əli Suavi Fazil Paşanın yardımıyla gizli yollarla Parisə qaçdılar. Bundan başqa İstanbulda qalan bəzi müxaliflər də həmin ilin iyununda Parisə gəlib bu birliyə qoşuldular. Sultan Əbdüləzizin 1867-ci ilin iyununda baş tutan Fransa səyahətindən öncə bütün tərəfdaşları Parisi tərk etsə də, Fazil Paşa burada qaldı və Tulon yaxınlığında padşahın qarşılanma mərasimində iştirak etdi. Sultan Əbdüləzizin Fransa və İngiltərə səyahətləri əsnasında bağışlanaraq İstanbula dönmə icazəsi aldı. Həmin ilin avqustunda İstanbula geri dönən sultanı Budapeştə qədər müşayiət etdi. Ardından Parisə dönərək Namiq Kamal və digərlərini yenidən ətrafında topladı. Yaradılan bu qrupun 30 avqust tarixli iclasında “Jön türk” cəmiyyətinin 13 maddəlik qərarnaməsi hazırlandı.

1867-ci ilin sentyabrında İstanbula dönən Fazil Paşanın 1869-cu ilin iyulunda məclis üzvü, 1870-ci ilin aprelində isə Maliyyə naziri olduğu qeyd edilsə də, bu məlumat yanlışdır. O, bu tarixlərdə Ədliyyə naziri olaraq fəaliyyətinə davam edirdi. 9 avqust 1870-ci ildə Mehmed Sadiq Paşanın yerinə maliyyə naziri oldu. Digər yandan yerli mətbuata dəstək verən Fazil Paşa 8 ay davam edən xəstəliyin ardından 2 dekabr 1875-ci ildə Veznəcilər (Fateh) səmtindəki köşkündə vəfat etdi. Ertəsi gün qılınan cənazə namazının ardından anasının dəfn edildiyi Mihrişah Validə Sultan külliyəsindəki imarətin həyətinə dəfn edildi. Daha sonra 25 iyun 1927-ci ildə cənazə Qahirədəki ailə məzarlığına daşındı.

• Rəngigül xanım (ö. 1891) — Osman Paşa və Fatimə Əzizə Əminə xanımın anasıdır. Mustafa Fazil Paşa türbəsinə dəfn edilmişdir.
• Dilazəd xanım (ö. 1885) — Nazlı Zeynəb xanımın anasıdır.
• Rəmziyə xanım (ö. 10 iyun 1867) — Mustafa Fazil Paşa türbəsinə dəfn edilmişdir.
• Ləbrizə Qadınəfəndi (ö. 1895) — Ruqiyyə xanımın anasıdır.
• Afitab Qadınəfəndi (ö. 1900) — Mehmed Əli Paşa və Hüsaməddin bəyin anasıdır.
• Nəvayuş Qadınəfəndi (ö. 1903) — Əli Kamil Paşanın anasıdır.
• Mislicahan Qadınəfəndi (ö. 1921) — Əhməd Rüşdü bəyin anasıdır.
• Bəhruz Qadınəfəndi (ö. 1876) — İbrahim Raşid Paşanın anasıdır.
• Ahufər Qadınəfəndi (ö. 1903) — Fatimə xanımın anasıdır.
• Nazəmsal Qadınəfəndi (ö. 1902) — Zəhra xanım və Səniyə xanımın anasıdır.
• Qoncaləb Qadınəfəndi (ö. 1933) — Əli Fazil bəyin anasıdır.

• Osman Paşa (d. 1850 - ö. 1898) — Pakizə xanımla (ö. 1 may 1922) evləndi.
• Mehmed Əli Paşa (d. 1857 - ö. 1915) — İlk evliliyi Hilmi Paşanın qızı Mələk xanımla, ikinci evliliyi isə əmisi Mehmed Əbdülhəlim Paşanın qızı Nazlı xanımla baş tutmuşdur.
• Əli Kamil Paşa (d. 1858 - ö. 18 aprel 1929) — İlk evliliyi 1881-ci ildə əmisi Mehmedəli Paşanın nəvəsi Naimə xanımla, ikinci evliliyi isə 1886-cı ildə Saliha Zeynəb Əyadla baş tutmuşdur. Nitsada vəfat etmiş, cənazəsi Qahirədəki İmam Şafii məzarlığına dəfn edilmişdir.
• Əhməd Rüşdü bəy (d. 1858 - ö. 1879) — Fərəhdil xanımla (ö. 1883) evləndi. Hər ikisi Mustafa Fazil Paşa türbəsinə dəfn edilmişdir.
• İbrahim Raşid Paşa (d. 1861 - ö. 16 dekabr 1907) — Ratib Paşanın qızı Dövlət xanımla evləndi. Cənazəsi Qahirədəki İmam Şafii məzarlığına dəfn edilmişdir.
• Hüsaməddin bəy (d. 1868 - ö. 21 iyul 1897) — Moreyalı Əbdürrəhman Sami Paşanın qızı Mələk xanımla evləndi. Mustafa Fazil Paşa türbəsinə dəfn edilmişdir.
• Əli Fazil bəy (d. 1875 - ö. 1925) — Marta Suarezlə evləndi.

• Nazlı Zeynəb xanım (d. 1853 - ö. 28 dekabr 1913) — İlk evliliyi 1873-cü ildə Xəlil Şərif Paşayla, ikinci evliliyi isə 1900-cü ildə Xəlil Buhaqeblə baş tutmuşdur. Cənazəsi Qahirədəki İmam Şafii məzarlığına dəfn edilmişdir.
• Fatma Əzizə Əminə xanım (d. 1854 - ö. 1895) — sədrəzəm Fuad Paşanın nəvəsi İzzət Fuad Paşa ilə evləndi. Mustafa Fazil Paşa türbəsinə dəfn edilmişdir.
• Ruqiyyə xanım (d. 1856 - ö. 1906) — Tunisli Mahmud Əyadın oğlu Tahir bəylə evləndi.
• Fatimə xanım (d. 1861 - ö. 1933) — Misirli Fuad Paşayla evləndi.
• Zəhra xanım (d. 1868 - ö. 1915) — Mustafa Paşa Örfi ilə evləndi.
• Səniyə xanım (d. 1870 - ö. 1905) — Xalidəli Saleh Naili ilə evləndi.

• BA, İrade-Dahiliye, nr. 33912, 33921, 34093, 36058, 37982, 42527, 42655;
• Mustafa Fâzıl Paşa, Bir Eser-i Siyâsî, İstanbul 1326;
• a.mlf., Paris’ten Bir Mektup, İstanbul 1326;
• Mehmet Zeki Pakalın, Tanzimat Maliye Nazırları, İstanbul, ts. (Kanaat Kitabevi), II, 3-65;
• İbnülemin, Son Sadrıazamlar, I-II, 107-108, 173, 510, 608, 741;
• Midhat Cemal Kuntay, Nâmık Kemal (Devrinin İnsanları ve Olayları Arasında), İstanbul 1944, I, 311-328, 348-355;
• Ahmet Hamdi Tanpınar, XIX. Asır Türk Edebiyatı Tarihi (İstanbul 1956), İstanbul 1985, s. 221-227, 231-232, 627;
• Şerif Mardin, The Genesis of Young Ottoman Thought, Princeton 1962;
• M. Kaya Bilgegil, Ziyâ Paşa Üzerinde Bir Araştırma, Erzurum 1970, tür.yer.;
• a.mlf., Yakın Çağ Türk Kültür ve Edebiyatı Üzerinde Araştırmalar I: Yeni Osmanlılar, Ankara 1976, s. 5-105;
• Butrus Abu-Manneh, Some Aspects of Ottoman Rule in Syria in the Second Half of the Nineteenth Century: Reforms, Islam and Caliphate (doktora tezi, 1971), St. Antony’s College, Oxford University, s. 93-121;
• Ebüzziya Tevfik, Yeni Osmanlılar Tarihi (haz. Ziyad Ebüzziya), İstanbul 1973, I, 9-47, 64-65, 134-137;
• Hüseyin Çelik, Ali Suavî ve Dönemi, İstanbul 1994, tür.yer.;
• a.mlf., “Mustafa Fazıl Paşa ve Yeni Osmanlılar Cemiyeti’nin Tüzüğü”, TT, XVIII/108 (1992), s. 6-8;
• Basîret, nr. 1675, İstanbul 4 Zilkade 1292; nr. 1676 (5 Zilkade 1292);
• E. Kuran, “Muṣṭafā Fāḍıl Pas̲h̲a, Mıṣırlı”, EI2 (İng.), II, 728.