1993-cü ildə Fənərbaxçanın infrastrukturuna transfer oldu. 1993–1994 mövsümündə Fənərbaxça A2 komandasında yer alıb. Növbəti mövsüm o, A komandasına yüksəldi. Bununla belə, Engin İpekoğlu və Rüştü Reçber kimi qapıçılardan sonra üçüncü qapıçı olub. 19 fevral 1995-ci ildə ilk dəfə Vanspora qarşı oynamaq şansı qazandı. Sonrakı iki mövsümdə onun oynamaq şansı olmadı. O, 1997–98 mövsümündə "Şəkərspor"la qarşılaşmada Rüştünün zədəsi ilə son 15 dəqiqə oynayıb. Onun mövsüm ərzində daha bir matçda oynamaq şansı olub.

1998–99 mövsümünə "Karabükspor"a 4–1 hesabı ilə qalib gələrək qapısını qoruyaraq başladı. Qapı 10 noyabr 1998-ci ildə keçirilən Atatürk Kubokunda Yoahim Löv tərəfindən Şahinə təhvil verilib. "Fənərbaxça" 2:0 hesabı ilə qalib gəlib. Murat Şahin 5 ay sonra liqada yenidən Beşiktaşla matçda mövsümün üçüncü oyununa çıxdı. Rüştünün matçdan əvvəl təsadüfən əllərini kəsməsindən sonra formanı götürən Şahin 43-cü dəqiqədə komanda yoldaşı Uçe Okechukwunun ayağının sınmasına səbəb olub və onu aylarla futboldan uzaqlaşdırıb. "Fənərbaxça" matçda 2:1 hesabı ilə məğlub olub. Həmin mövsüm daha iki oyun keçirdi.

1999–2000-ci il mövsümünə ehtiyat qapıçı kimi başlayıb və "Ərzurumspor"u 2–0 hesabı ilə məğlub etdikləri liqa matçında fasilədə Rüştünü əvəzləyib. Bu matç sarı-göylü forma ilə son matç oldu. 2000–2001-ci il mövsümü ilə dövrə arasında icarə əsasında çıxış edən futbolçunun müqaviləsi 2001-ci ildə uzadılmamışdı.

2000-ci ildə 2. O, liqada mübarizə aparan "Konyaspor"a icarəyə verilib. O, yarım mövsümdə 15 dəfə bu komandanın qapısını qoruyub. Komanda 1 Ona liqanın pley-off mərhələsinə vəsiqə qazanmasına kömək etdi. Onlar "Diyarbakırspor"la yarımfinalda penaltilərlə mübarizədən kənarlaşdırılıb. Murat Şahin penaltilərdən birini istifadə edərək onu qola çevirdi.

2000–01 mövsümündə o, bu dəfə "Diyarbakırspor" a icarəyə verilib. O, səmərəli mövsüm keçirib və 32 liqa oyununda və 2 dəfə Türkiyə Kubokunda oynamaq şansı qazanıb. "Diyarbəkirspor" ən az qol buraxan komanda kimi ilk qrupunu lider olaraq tamamlayıb. Onlar pley-offda da uğurlu çıxış edərək 2-ci pillədə Super Liqaya yüksəliblər. Murat Şahin mövsüm ərzində iki penalti qolu vurub. Bunlardan biri də "Kayserispor"u 3:2 hesabı ilə məğlub etdikləri matçda qələbə qazandıran qol olub. Mövsümün son matçında İstanbul Böyükşəhər Belediyespor 9-cu dəqiqədə penaltidən vurduğu qolla vəziyyəti 1–0-a çatdırıb. Həmin matçda Diyarbəkirspor 3–2, 1 hesabı ilə qalib gəlib. Liqaya vəsiqə qazanmağa zəmanət verilir.

"Fənərbağça"dan ayrılan futbolçu yenə 2-dir. O, liqa komandalarından Adanaspor'a transfer oldu. 38 liqa oyunundan 35-də forma geyinən qolkiper bu dəfə 2. Liqanın üçüncüsü olaraq, ardıcıl ikinci dəfə Super Liqaya yüksəlməsinin uğurunu dadıb. Bundan əlavə, "Ankaragücü" və "İstanbulspor"u məğlub edərək Türkiyə Kubokunda yarımfinala yüksəlsələr də, "Kocaelispor"a 1:0 hesabı ilə uduzaraq finala yüksələ bilməyiblər. Bu matçların hamısında qolu Murat Şahin qoruyub.

2002–03 mövsümündə Adanaspor bir matçdan başqa bütün matçlarda qapısını qorudu və illər sonra yenidən Super Liqaya qayıtdı. O, 2003–04 mövsümünə "Adanaspor"da başlayıb, lakin uğursuz yarım mövsümdən sonra komandadan ayrılıb.

O , dövrə ərzində çoxluqda qalmaqda çətinlik çəkən "Çaykur Rizəspor" a transfer olunub. 14 matçda "Rizəspor"un formasını geyinən qolkiper "Beşiktaş", "Fənərbaxça" və "Qalatasaray" derbilərində çıxış edib və "Rizəspor"un hər üç matçında qalib gəlib. Mövsümün sonunda aşağı liqada qalmağı bacardılar.

Murat Şahinin türk futbolu gündəminin zirvəsinə qalxması 2004–2005 mövsümündə transfer olduğu Beşiktaşda baş tutub. Oskar Kordoba və Ramazan Kurşunludan sonra 3-cü qapıçı hesab edilən komandanın mövsümün ilk yarısında gözlənildiyindən daha çox oynamaq şansı oldu. Bunda komandaya yeni anlayış qoymağa çalışan yeni baş məşqçi Visente Del Boskenin üstünlükləri, zədə və formasızlıq səbəbindən Kordoba və Ramazanın qeyri-sabit kursu həlledici oldu. O, 2004-cü il avqustun 7-də "Malatyaspor"la 1:1 hesablı heç-heçə etdikləri matçda ilk dəfə ağ-qara formanı geyinib. 2004-cü il sentyabrın 16-da UEFA Kubokunda Bodo/Qlimt komandası ilə matçda 7-ci dəqiqədə zədələnən Kordobanı əvəzlədi,

lakin mövsümün ortasında Del Boskenin qəfil qovulmasından sonra vəzifəyə başlayan Rıza Çalımbay ona çox oynamaq şansı vermədi. Bir mövsüm sonra Çalimbayın yerinə keçən Jan Tiqananın dövründə də bu vəziyyət dəyişmədi. Digər tərəfdən, yüksək peşəkar motivasiyası ona uzun müddət oynamasa belə, oynamaq imkanı olanda hazır obrazı cızmağa imkan verdi.

2006–2007 mövsümünün ikinci yarısında Antalyaspor matçı bütün diqqətlərin Murat Şahinə çevrilməsinə səbəb oldu. O, həmin mövsüm Türkiyə Kubokunda "Bucaspor" a 5:1 hesabı ilə qalib gələn matçda oynamaq şansı qazanmışdı. Komandanın bütün peşəkar qapıçıları oynaya bilmədiyi üçün, çempionluq yarışında bu kritik qarşılaşmada gənc olan və daha əvvəl peşəkar oyun sərgiləməyən Erdem Köse qapını qorumalı olacaqdı. Ağır zədəsi olan Murat Şahin futbol həyatını riskə ataraq qapıya yollanıb. O, yalnız bir ayağından istifadə edə biləcəyi matçda çox uğurlu çıxış edib, qalib gələrək komandasının çempionluq yarışında qalmasına böyük töhfə verib. Beşiktaş rəhbərliyi bu jestinə cavab olaraq mövsümün sonunda başa çatacaq müqaviləsini qeyd-şərtsiz (Şahinin uzun müddət futboldan ayıracaq əməliyyat müddətini gözləməsinə baxmayaraq) uzadıb. 2007–08 mövsümünə Beşiktaşda başlasa da, oynamaq şansı tapa bilmədi.

O, 2008-ci ilin əvvəlində "Qaziantepspor" a icarəyə verilib və Türkiyə Kubokunda "Kayserispor"la matçda meydana qayıdıb. Birinci liqa matçında müqaviləsi davam edən "Beşiktaş"la BJK İnönü Stadionunda oynadı. O, mövsümün sonunda 10 matçda forma geyindiyi "Qaziantepspor"la müqavilə bağlayıb. 2008–2009 mövsümündə bir çox matçda "Qaziantepspor"un qapısını qoruyub. Mövsümün bitməsinə iki həftə qalmış "Kocaelispor"la matçda 49-cu dəqiqədə əks ayağı üstə yıxılıb və 4 ay meydandan kənarda qalıb. 2009–10 mövsümündə zədəsi başa çatdıqdan sonra o, "Qaziantepspor"la qarşılıqlı razılığa gəlib və ikitərəfli müqaviləyə xitam verib.

2010-cu ilin əvvəlində Super Liqa komandası Kasımpaşa 'nın qapısına köçdü. 2010–11 mövsümündə onun oynamaq şansları azalmağa başladı. Mövsümün sonunda aşağı liqaya düşdülər. Murat Şahinin müqaviləsi uzadılmayıb.

O, 2011–12 mövsümü üçün 1 illik "Eyüpspor" a transfer olunub. O, 2012–13 mövsümündə "Eyüpspor" a baş məşqçi təyin olunub.

Karyerasında 2003-cü ildə keçirilən FIFA Konfederasiyalar Kuboku üçün Türkiyə milli futbol komandasına çağırılıb, lakin o, Rüştü Reçber və Ömər Çatkıçdan sonra üçüncü qapıçı olub və oynamaq şansı tapa bilməyib. Türkiyə kubokunda üçüncü olub.

• FIFA Konfederasiyalar Kubokunun bürünc medalı (1) :
  • Türkiyə — 2003
• Super Liqa (1) :
  • Fənərbaxça — 1995–96
• Türkiyə Kuboku (2) :
  • Beşiktaş — 2005–06, 2006–07
• Türkiyə Superkuboku (1) :
  • Beşiktaş — 2006
• Baş Nazir Kuboku (1) :
  • Fənərbaxça — 1997–98
• Atatürk Kuboku (1) :
  • Fənərbaxça — 1998
• Super Liqaya yüksəlmə (2) :
  • Diyarbəkirspor — 2001–02
  • Adanaspor — 2002–03