Universitetin təməli Muş Peşə Kollecindən başlayır. 1986-cı ildə Fırat Universitetinin nərzində yaranan kollecdə Sağlamlıq Elmləri və İnşaat Mühəndisliyi proqramları üzrə dərslər keçirilirdi.

Muş Alparslan Universiteti 29 may 2007-ci ildə yaradılıb. Yarandıqdan sonra Muş vilayətində olan və Fırat Universitetinə bağlı akademik qurumların hamısı Muş Alparslan Universitetinin mülkiyətinə keçmişdir.

Şəhər universiteti kimi fəaliyyət göstərən universitet 2012-2013-cü tədris ilində yeni kampusuna köçərək kampus universiteti adını aldı.

• Təhsil fakültəsi
• İncəsənət və Elmlər fakültəsi
• İqtisadiyyat və İnzibati Elmlər fakültəsi
• Rabitə fakültəsi
• Mühəndislik və Memarlıq fakültəsi
• İlahiyyat fakültəsi
• İdman Elmləri fakültəsi
• Tətbiqi Elmlər fakültəsi
• Stomatologiya fakültəsi

• Elm və Texnologiya İnstitutu
• Sosial Elmlər İnstitutu

• Muş Texniki Elmlər Peşə kolleci
• Malazgirt Peşə kolleci
• Muş İctimai Elmlər Peşə kolleci
• Muş Sağlamlıq Xidmətləri Peşə kolleci

Muş Peşə Kollecində mövcud olan proqramlar: Mühasibat uçotu, Bank işi, Biznesin idarə edilməsi, Ofis menecmenti, Katiblik, Süd məhsulları texnologiyası, Qida texnologiyası, Elektrik, İnşaat, Sənaye Elektronikası, Maşınqayırma, Avtomobil, Uşaq İnkişafı, Radio və Televiziya texnologiyaları, İctimaiyyətlə Əlaqələr və Təbliğ, Səhiyyə Müəssisələrinin İdarəedilməsi.

• Qafqaz Universitetlər Birliyi