1942-ci ildə Laçın rayonunun Qarakeçdi kəndində anadan olmuşdur.

1962–1967-ci illərdədə S. M. Kirov adına Azərbaycan Dövlət Universitetinin (indiki Bakı Dövlət Universiteti) Fizika fakültəsində təhsil almış, ali məktəbi Fərqlənmə diplomu ilə bitirdikdən sonra Universitetin Elmi Şurasının qərarı ilə aspiranturada saxlanılmışdır.

T. Şevçenko adına Kiyev Dövlət Universitetinin fizika üzrə aspiranturasında təhsilini davam etdirmiş, fizika elminin müasir problemlərindən biri olan "Plazmanın Nəzəri Problemləri" mövzusunda elmi işlə məşğul olmuşdur

1971-ci ildə aspiranturanı vaxtından əvvəl bitirmiş və həmin ildə "Məhdud Plazma-Elektron Seli Sistemi Dayanıqsızlığının Tədqiqi" mövzusunda elmi iş müdafiə edərək fizika-riyaziyyat elmlər namizədi adı almışdır.

1969–1970-ci illərdə Xarkov Hərbi Radiotexnika Akademiyasında Xüsusi hərbi xidmətdə olmuşdur.

1971-ci ildə xüsusi təyinatla Azərbaycan Dövlət Universitetində elektronika kafedrasına müəllim təyin olunmuş, sonrakı illərdə "Atom və Molekulaların Kvant Mexanikası" kafedrasının assistenti, 1976-cı ildə baş müəllimi, dosenti olmuşdur.

1976–1977-ci illərdə Almaniya Federativ Respublikasında RDUR Universitetində, Plazma Nəzəriyyəsi inistitunda işləmiş, orada işlədiyi vaxt, Almaniya, İngiltərə, Çexoslovakiya və ABŞ alimləri ilə iş birliyi quraraq dörd elmi əsərin müəlifi olmuşdur.

Muğan Məmmədov 33 elmi əsərin və "Plazma Fizikası va Onun Tətbiqi prespektivləri" adlı kitabın müəllifidir. O, Azərbaycanda plazma fizikası ilə məşğul olan ilk alimlərdən biridir.

27 fevral 1985-ci ildə vəfat etmişdir.