1258-ci ildə Məngu Xubilaya Şərqi Ordunun komandanlığını verdi və ona üzərinə olan hücümu dəstəkləməyi əmr etdi. Xubilay podaqradan əziyyət çəkdiyi üçün ona evdə qalmağa icazə verildi, ancaq o, Mengünü dəstəkləmək üçün hərəkət etdi. 1259-cu ildə Xubilay gəlməzdən əvvəl Məngunun ölməsi xəbəri gəldi. Xubilay qardaşının ölümünü gizli saxlamağa qərar verdi və Yanszı çayı yaxınlığındakı Vuhana hücum elədi. Xubilayın qüvvələri Vuçanqı mühasirəyə alanda Uryanxaday ona qoşuldu. Sun sülaləsinin naziri Cia Sidoa sülh üçün şərtləri təklif elədi. O, Yanszı çayının dövlətlər arasında sərhəd olmasına monqolların razılaşması əvəzində illik xərac olaraq 200 min tael gümüş və 200 min top ipək təklif elədi. Xubilay əvvəlcə təklifi rədd etdi, ancaq sonra Cia Sidao ilə sülh razılaşmasına gəldi.

Xubilay arvadından qardaşı Arıq Buğanın ordu toplaması xəbərini aldı və şimala - Monqolustan ovalarına qayıtdı. O, Monqolustana çatmazdan əvvvəl öyrəndi ki, paytaxt Qaraqorumda Arıq Buğa qurultay keçirib və Çingiz xanın nəslindən olan kəslərin bir çoxunun dəstəyi ilə Böyük Xan seçilib. Xubilay və onun dördüncü qardaşı Hülaku xan buna qarşı çıxdılar. Xubilayın çinlilərdən ibarət heyəti onun taxta çıxmasını dəstəklədi və Şimali Çindəki və Mancuriyadakı yüksək rütbəli şahzadələrin demək olar ki, hamısı onun namizədliyini dəstəklədi. Öz ərazilərinə qayıdandan sonra Xubilay öz qurultayını çağırdı. Baxmayaraq ki iştirakçıların kiçik bir hissəsini Cuçi xanınkılar istisna olmaqla boruciginlərin nümayəndələri təşkil edirdi, ancaq hökmdar ailəsinin az bir hissəsi Xubilayın Böyük Xan tituluna olan iddiasını dəstəklədi. Arıq Buğanın qanuni iddiasına baxmayaraq, 15 aprel 1260-cı ildə qurultay Xubilayı Böyük Xan seçdi.

Şensi və Siçuanda Məngunun ordusu Arıq Buğanı dəstəklədi. Layn Jijini Şensi və Siçuana göndərdi. Onlar burada Arıq Buğanın mülki idarəçisi Liu Taypinqi edam etdilər və digər generallar üzərində də qələbə qazandılar. Cənub cəbhəsini qorumaq üçün Xubilay diplomatik həll tapmağa cəhd göstərdi və Hanczouya elçilər göndərdi, ancaq Cia vədini pozdu və onları həbs etdirdi. Xubilay Cığatay xanlığına yeni xan kimi Abişqanı göndərdi. Arıq Buğa Abişqa, iki başqa şahzadə və 100 adamı ələ keçirdi. Çağatayın nəvəsi və Cağatayın ərazisinin xanı olan Alqu xan Arıq Buğanın tərəfində idi.

Arıq Buğa ilə Xubilay arasında olan ilk silahlı toqquşmada Arıq Buğa məğlub oldu və onun sərkərdəsi Ələmdar döyüşdə öldürüldü. Əvəz çıxmaq üçün Arıq Buğa Abişqanı edam etdi. Ögedey xanın oğlu Kadanın dəstəyi ilə Xubilay Qaraqoruma gedən qida təchizatını kəsdi. Qaraqoruma Xubilayın böyük ordusu tərəfindən ələ keçirildi, ancaq Xubilayın gedişindən sonra 1261-ci ildə Arıq Buğa tərəfindən yenidən işğal edildi. Yizu qubernatoru Li Tan 1262-ci ilin fevralında monqol hakimiyyətinə qarşı mübarizəyə başladı. Xubilay öz naziri Çi Tianze və Şi Şuya Li Tana hücum etməyi əmr etdi. İki ordu yalnız bir neçə ayda Li Tanın qiyamını yatırdı və Li Tan edam edildi. İki ordu həm də Li Tanın qaynatası Vanq Ventonqu edam etdi.

Arıq Buğanın hakimiyyətə gətirdiyi Cığatay xanı Alqu xan Xubilaya bağlılığını elan etdi və 1262-ci ildə Arıq Buğa tərəfindən göndərilən cəzalandırıcı ekspedisiyanı məğlub etdi. Elxanilər dövlətinin hökmdarı Hülaku xan Xubilayı dəstəklədi və Arıq Buğanı tənqid etdi. 21 avqust 1264-cü ildə Arıq Buğa Şanduda Xubilaya təslim oldu. Qərbi xanlıqların hökmdarları Xubilayın Monqolustanda qələbəsini və hökmdarlığını qəbul etdilər. Xubilay onları yeni qurultaya yığanda Alqu xan etdiklərinin əvəzində Xubilaydan onun qeyri-leqal vəzifəsinin qəbul edilməsini tələb etdi. Hülaku xan və Qızıl Ordu hökmdarı Bərkə xan əvvəl Xubilayın dəvətini qəbul etdilər. Ancaq tezliklə qurultayda iştirak etməkdən imtina etdilər. Xubilay Arıq Buğanın əsas tərəfdarlarını edam etdirsə də, Arıq Buğanı bağışladı. 1266-cı ildə Arıq Buğa həbsdə olarkən öldü və bu da Xubilayın onu zəhərlədiyi haqqda fərziyyələrə səbəb oldu.