Miyamoto Musaşinin həyatı ilə bağlı tarixi mənbələrdə bir çox faktlar olsa da, onun həyatının bütün dövrləri məlum deyil. Tarixçilər tərəfindən qəbul edilmiş, ümumi fikir belədir ki; böyük qardaşı Sirota (1578-1660) və Musaşi, Mimasaka əyalətinin Miyamoto kəndində yaşayan, Hiratalar olaraq adlandırılan varlı samuray nəslindəndir. Digər bir ehtimala görə isə Miyamoto həmin əyalətdə yerləşən Bansu kəndində dünyaya gəlmişdir. Musaşi ailəsi Şinmen boyuna mənsub idi. Musaşi yazdığı Şinmen boyuna mənsub olduğunu və əsl adının Musaşi no Kami Fujivara no Genşin olduğunu yazmışdır.

Musaşinin doğum tarixi ilə bağlı bəzi fikir ayrılqıları mövcuddur. Doğulduğu yer və zamana aid olan məlumatlar tam dəqiq deyildir. Mənbələrdə atasının adı Hirata Munisayi şəklində qeyd edilmişdir. Hirata Munsayi Şinmen boyuna bağlı, jitte silahlı dəstəsinin ustad döyüşçülərindən biri idi. O, eyni zamanda qılıncla davranmaqda mahir bir döyüşçü kimi tanınırdı.

Gənclik illərində Yoşiyoka ilə qılınc duellinə girmiş və qalib gəlmişdir. Bu qələbədən sonra şoqun tərəfindən Hirata Munisayi Yaponiyanın ən yaxşısı ünvanını almışdır. Munisayi meşəlik ərazidə yerləşən evində övladlarına jitte fəndləri əsasında qılınc dərsləri keçməyə başladı. Munisayinin məzarında vəfat tarixi kimi 1580-cı il qeyd olunmuşdur. Bu tarix Musaşinin doğum tarixi olaraq qəbul edilən 1584-cü il ilə uyğunluq təşkil etmir.