1997—2004-cü illərdə "" neft şirkətinin əsas sahibi və rəhbəri olmuşdur. 2003-cü ildə həbs olunub. Həbs olunduğu zaman dünyanın ən zəngin insanlarından biri olmuşdur.2005-ci ildə məhkəmə barəsində hökm çıxararaq dələduzluq və başqa cinayətlərin törədilməsində təqdirli bilmişdir. "YUKOS" şirkəti müflis elan edilmişdir. 2010-2011-ci illərdə Xodorkovski barəsində yeni hallara görə yeni hökm verilmişdir.

Xodorkovskinin cinayət təqibi Rusiya və beynəlxalq ictimaiyyət tərəfindən ziddiyyətli qiymət aldı: bəziləri Xodorkovskinin ədalətli şəkildə məhkum olunduğunu, digəriləri siyasi motivlərlə təqib olunan vicdan məhbusu hesab edirlər.

"" Xodorkovski və onun həmkarı "" statusu vermişdir. 2011-ci ilin mayında çıxardığı qərarında həbs zamanı prosedur pozuntularının olduğunu, ibtidai istintaq və məhkəmə baxışı, həbsdə saxlanılmaya dair şikayətlərə baxılma zamanı insan ləyaqətini alçaldan faktların mövcudluğunu müəyyən etmiş. Eyni zamanda AİHM hesab etmişdir ki, Xodorkovskinin cinayət təqibinin siyasi motivlərinin təkzibedilməz sübutları təqdim olunmamışdılar.

24 iyul 2012-ci ildə Xodorkovskinin şikayəti əsasında Rusiya Federasiyası Ali Məhkəməsinin hakimi V.M. Lebedev tərəfindən nəzarəti icraatı başlandığı məlum oldu. 20 dekabr 2012-ci ildə Moskva şəhər məhkəməsinin rəyasət heyəti qanunvericiliyin liberallaşması ilə əlaəqdar həbs müddətini 13 ildən 11 ilədək azaltmışdır. 29 may 2013-cü ildə Rusiya Federasiyası Ali Məhkəməsi Xodorkovski və Lebedevə daha yüngül cəzanın təyin olunmasının mümkünlüyü ilə əlaqədar yenidən nəzarət icraatına başladı.

Qüvvədə olan hökmlərə əsasən Xodorkovski azadlığa 25 oktyabr 2014-cü ildə çıxmalı idi. Ancaq Rusiya Federasiyasının Prezidenti Vladimir Putinin 20 dekabr 2013-cü il tarixli sərəncamı ilə o əfv olunaraq azadlığa çıxdı.