Mirzə Muxtar Mirzə Ələsgər oğlu Şuşa şəhərində musiqiçi ailəsində anadan olmuşdur. Atası Mirzə Əli Əsgər Qarabaği xanəndə, tarzən və kamança ifaçısı olmuş, Xurşidbanu Natəvanın atası Mehdiqulu xanın sarayında saray musiqiçisi vəzifəsinə layiq görülmüşdür. Mirzə Muxtar ilk təhsilini elə atasının yanında almış, muğamları ondan öyrənmişdir. Onun doğum ili müxtəlif mənbələrdə 1841, 1842, 1852 və 1859 kimi verilmişdir.

Mirzə Muxtar əvvəlcə mədrəsədə, iki il sonra isə türk-rus (rus-tatar) mütərəqqi məktəbində təhsil almış, fars və rus dillərini mənimsəmişdir. Yeniyetmə yaşlarından Azərbaycan və fars dillərində lirik şeirlər, qəzəllər müəllifi kimi tanınmışdır. Bundan əlavə, Xarrat Qulunun muğam məclislərində yaxından iştirak etmiş, "Segah", "Mahur-Hindi", "Qatar bayatısı" muğamlarını ifa etmişdir. Bununla yanaşı erkən yaşlarından Şuşada müəllimliklə məşğul olmuşdur. Qarabağ ziyalıları ona hörmət əlaməti olaraq "Mirzə" deyə müraciət etmişdir.

Mirzə Muxtar rus və erməni dillərini bildiyi üçün 1860–1870-ci illərində Şuşada "Qış klubu"nda səhnələşdirilən rus və erməni teatr tamaşalarında mütəmadi olaraq izləmiş, tamaşa hazırlamaq ideyası da bu dövrdə yaranmışdı. 1870-ci ildə Novruz bayramı münasibətilə hazırladığı "Qaravəlli" tamaşası yerli əhali tərəfindən müsbət qarşılanmışdı. Elə həmin il ziyalıları (əsasən müəllimləri) bir araya gətirərək "Hacı Quluların zalı"nda Mirzə Fətəli Axundovun "Hacı Qara" komediyasını tamaşaya qoymuş, lakin müəyyən səbəblərə görə tamaşa uğursuz keçmişdi. Buna baxmayaraq o, 1874-cü ildə bu komediyanı yenidən səhnəyə hazırlamışdır. Sonrakı illərdə də "Hacı Qara" komediyası Mirzə Muxtarın iştirakı ilə oynanılmışdır. Hətta 1880-ci ildə o, həmin tamaşanı Şuşada yerləşən kazarmada oynamışdır.

Mirzə Muxtar Məmmədovun aktyorluğunun 1883-cü ilə qədərki ilkin mərhələsi Şuşa ilə bağlı olmuşdur. 1883-cü ildə Mirzə Muxtar Gəncəyə köçərək burada müəllimlik etmiş, sonra isə Tiflisə gedərək xüsusi gimnaziyada təhsil almaqla yanaşı, türk-rus ilkin məktəbində dərs demişdir. Burada o, həvəskərlar dəstəsində aktyorluğuna davam etdirmiş, Sultanməcid Qənizadənin, Nəcəf bəy Vəzirovun, Əbdürrəhim bəy Haqverdiyevin kiçik məsxərələrini tamaşaya hazırlamışdır. 1897-ci ildə göstərilmiş "Məcnun Leylinin məzarı üstündə" birpərdəli musiqili tamaşasında iştirak etmişdir.

1899-cu ildə Mirzə Muxtar Bakıya köçərək burada məktəblərin birinə müəllim düzəlmiş, şəhərin teatr həvəskarları ilə tanış olmuşdur. Xüsusilə Cahangir Zeynalov, Məhəmməd Əlvəndi, Əbülfət Vəli ilə əlaqələri onun Bakının teatr mühitində tanınmasına səbəb olmuşdur. 1905-ci ildə Mirzə Muxtar müəllimliyi dayandırmış, bütünlüklə teatr fəaliyyətinə başlamışdır. Bununla o, "İkinci müsəlmən dram cəmiyyəti"nin, "Həmiyyət", "Nicat", "Səfa" mədəni-maarif cəmiyyətlərinin, Hüseynqulu Sarabskinin "Opera artistləri dəstəsi", "Zülfüqar bəy və Üzeyir Hacıbəyov qardaşlarının müdiriyyəti", Abbasmirzə Şərifzadənin "Müəlman artistləri ittifaqı" teatr truppalarında aktyorluq etmişdir.

Əbdürrəhim bəy Haqverdiyev və Üzeyir Hacıbəyov Mirzə Muxtarı Şuşadan aktyor, teatr təşkilatçısı və xanəndə kimi tanıyırdılar. Buna görə də 1907-ci ilin sonlarında Bakıda maarifpərvər İmran Qasımovun (Kəngərli) evində və "İslamiyyə" mehmanxanasında məşqləri aparılan və ilk Azərbaycan operası olan "Leyli və Məcnun"un hazırlanmasına ilkin dəvət alanlardan da biri məhz Mirzə Muxtar olmuşdur. O, operanın 12 (25) yanvar 1908-ci ildə göstərilən ilk tamaşasında Əbdül Qeys (Məcnunun atası) rolunu ifa etmişdir. Üzeyir Hacıbəyovun növbəti opera premyeralarında — "Şah Abbas və Xurşid banu"da Vəzir rolunu, "Əsli və Kərəm"də İsfahan şahı obrazını canlandırmışdır.

Mirzə Muxtar yaşlı vaxtlarında aktisa çatışmazlığından Üzeyir Hacıbəyovun "Arşın mal alan"da Cahan xala, "Məşədi İbad"da Həsənqulu bəy və Gülnaz, "Ər və arvad"da Yetər, Nəcəf bəy Vəzirovun "Hacı Qəmbər" komediyasında Yetər, "Müsibəti-Fəxrəddin" faciəsində Hürü, Nəriman Nərimanovun "Şamdan bəy"nda Pərizad, Sultanməcid Qənizadənin "Axşam səbri xeyir olar" vedovilində Gülcamal kimi qadın rollarını oynamışdır. Sonra müxtəlif janrlı tamaşalarda Səfər bəy, Arakel və Sərkis ("Hacı Qara", Mirzə Fətəli Axundov), Zabit, Şiruyə və baş möbid ("Dəmirçi Gavə", Şəmsəddin Sami), İbrahim ("Qəzavat", S. Lanskoy), keşiş ("Qaçaqlar", Fridrix Şiller), könüllü əsgər, Əkbər şah Hindu ("Vətən" və "Qara bəla", Namiq Kamal), Kaysarov ("Napoleon müharibəsi və yaxud Moskva yanğını", Baxmetov), Zabit ("Tariq ibn Ziyad", Əbdülhəq Hamid), müəllim ("Xan-xan", Haşım bəy Vəzirov), möbid ("Ənuşirəvani adil", Əbdürrəsul Şərifzadə), Şeyx Əhməd ("Ölülər", Cəlil Məmmədquluzadə), Mirzə Qoşunəli və Mirzə Bayram ("Dağılan tifaq", Əbdürrəhim bəy Haqverdiyev), Əhməd Rza ("Sultan Əbdülhəmidin xəli", Mehdi bəy Hacınski), Molla Sübhan ("Ədirnə fəthi", Cəfər Cabbarlı), Yusif, Cəfər xan ("Şamdan bəy" və "Nadir şah", Nəriman Nərimanov) obrazlarında səhnəyə səhnəyə çıxmışdır. Bu rolların əksəriyyətini bir neçə quruluşda oynamışdır.

1913-cü ildə Mirzə Muxtarın səhnə fəaliyyətinin 40 illiyi münasibətilə yubiley gecəsi keçirilmiş, yubilyarın da iştirakı ilə Üzeyir Hacıbəyovun "Rüstəm və Söhrab", "Leyli və "Məcnun" operalarından səhnələr göstərilmişdir.

1918-ci ilin martında Bakıda erməni birləşmələri tərəfindən törədilmiş kütləvi qırğınlar zamanı Mirzə Muxtarın evi dağıdılmış, varidatı əlindən çıxmışdır. "Bəsirət" qəzetinin 17 noyabr 1918-ci il tarixli sayında bu barədə "Dilənçi artist" adlı məqalə də dərc edilmişdi. Teatr xadiminin ağır həyat şəraitindən xəbər tutan Hacıbəyov qardaşları ona ayda 500 manat təqaüd təyin etmişdilər. Mirzə Muxtar həyatının son 10 ilində (1919–1929) musiqişünaslıqla məşğul olmuş, xanəndə və musiqiçilərdən ibarət "muğamat komissiyonu" adlanan elmi şuranın yığıncaqlarında iştirak etmişdir.

Mirzə Muxtar Məmmədov 1929-cu ilin təqribən yanvar ayının 16-da Bakıda vəfat etmişdir.