Mirqasım Hacı Ömər oğlu Əfəndiyev 1902-ci ildə Qazax qəzasının I Şıxlı kəndində anadan olub. 3 yaşında olarkən anası- Söylü xatunu, 14 yaşında ikən (1916)  atası -dövrünün görkəmli alimi,  ilahiyyət nəzəriyyəsinə və təsəffüf fəlsəfəsinə dair əsərləri ilə şöhrət qazanmış Hacı Ömər Əmir oğlu Əfəndini itirir.  İbtidai təhsilini aldıqdan sonra 1918-ci ildə Qazax Müəllimlər Seminariyasına daxil olub. 1924-cü ildə seminariyanı bitirmiş Mirqasım Əfəndiyev Səməd Vurğun, Mehdixan Vəkilov, , Yusif əfəndi Əfəndiyev, Əli Hüseynov (Mehdi Hüseynin atası), kimi dövrünün məşhur və tanınmış ziyalıları ilə bir seminariyada, bir sinifdə oхuyub.

1925-ci illdə Gəncə seminariyasına riyaziyyat müəllimi və director müavini göndərilib. Bir müddət burada işləyəndən sonra Bakı Dövlət Universitetinin riyaziyyat və tarix fakultəsinə daxil olaraq 1931ci-ildə universiteti bitirib. 1931-1936-cı illər Mirqasım Əfəndiyev Maarif Nazirliyinin göndərişi ilə Gazax Myəllimlər Seminariyasına rəhbərlik edib. 1936-cı ildə Azərbaycanı repressiyalar dalğası bürüməyə başladığı dövrdə qardaşları- Mahmudalı Əfəndinin 1918-20-ci illər Azərbaycan Demokratik Cumhuriyyətinin Ordusunda musavatın ideyalarına xidmət etmiş zabit kimi, böyük qardaşı Məhəmmədəli Əfəndi və bacısı oğlu İsmayıl Əfəndi Allaha və islama olan dini əqidəsi və millətinə bağlılığı səbəbindən Sibirə sürgün edildiiklərinə görə, o Kommunist partiyasının sıralarından xaric edilib. 1938-ci ildə Gəncə Dəmiryol məktəbinə riyaziyyat müəllimi göndərilib. 1940-cı ıldə Gusar Pedaqoji məktəbinə director müavini vəzifəsinə təyin edilib. 1941-ci ildə 2-ci Dünya Müharibəsi başlananda qardaşlarının xalq düşməni elan edilməsi səbəbindən ordudan tərxis edilib. 1942-cı ildə Quba pedaqoji məktəbinə müəllim göndərilib. 1943-cü ildə ziyalıların böyük əksəriyyətinin repressiyaya məruz qalması və müharibəyə göndərilməsi ilə əlaqədar Maarif Nazirliyində vəziyyətin ağırlaşması-kadr qıtlığı səbəbindən Mirqasım Əfəndiyev Maarif Nazirliyinin Orta məktəblər İdarəsinə maarif müfəttişi təyin edilib. Fəaliyyəti dövründə müxtəlif vaxtlarda Sabirabadda, Qazaxda maarif şöbəsinin müdiri və yenidən Bakiya qayıdaraq Maarif Nazirliyində məsul vəzifələrdə calışıb. Gardaşları bəraət qazandıqdan sonra yenidən Kommunist partiyasının sıralarına bərpa olunub. Son illər Mərdəkan qəsəbəsindəki 150 №-li məktəbin direktoru, Bakıda 44№ li məktəbin director müavini, riyaziyyat müəllimi vəzifələrində çalışıb. 1970-ci ildə 45 illik pedagoji fəaliyyətdən sonra 68 yaşında təəgaüdə cıxib. Bir cox orden və medallarla təltif edilib. 1992-ci il yanvarın 13-də (90 yaşında) Bakı şəhərində vəfat edib. Vəsiyyətinə görə Qazax rayonu I Şıxlı qəbristanlığında atası Hacı Omar Əfəndinin türbəsi yanında dəfn olunub.