Muzeyin yerləşdiyi yeddimərtəbəli bina 1938-ci ildə Tokio Universitetinin Memarlıq fakültəsinin professoru Uçida Yoşikazu tərəfindən dizayn edilmişdir. Bina Uçida-qotika adlı xüsusi memarlıq üslubuna malikdir. Binada renovasiya işləri aparılarkən keçmiş auditoriya, otaqlar və laboratoriyalar kimi xüsusiyyətlər saxlanmışdır.

Muzey binası 1938–2002-ci illərdə İctimai Sağlamlıq İnstitutunun baş qərargahı kimi fəaliyyət göstərmişdir. Bu təşkilat 1923-cü ildə baş vermiş Böyük Kanto zəlzələsindən sonra şəhərdə artan xəstəlik halları ilə mübarizə aparmaq üçün Rokfeller Fondu tərəfindən yaradılmış və maliyyələşdirilmişdi.

Binanın bir neçə otağı və mərtəbəsi ziyarətçilərin üzünə açıqdır. Muzeydə Minatonun tarixinə həsr olunmuş (tarix öncəsi dövrdən müasir dövrə qədər) qalereyalar yerləşir. Muzeyin daimi kolleksiyasına Minatoda tapılmış artefaktlar, balıqqulağı qalıqları, balina skeleti və Comon dövrünə aid dulusçuluq məmulatları daxildir.

Daimi sərgi otağında üç mövzuya bölünmüşdür. "Okean və insanın dinamizmi" Tokio körfəzinin tarixinə həsr olunmuşdur: ətraf mühit, balıqqulağı və balıqçılıqdan bəhs edir. "Şəhər həyatı və mədəniyyətin yayılması" Minatonun Edo dövründəki tarixinə həsr olunmuşdur: şəhərin inkişafı, samuray evləri, məbədlər və əhalidən bəhs edir. "İnsanların hərəkəti və yaşayışı" isə müasir dövrdə həsr olunmuşdur: beynəlxalqlaşma, təhsil, nəqliyyat, sənaye və fəlakətlərdən bəhs edir.

Muzeydə daimi və xüsusi sərgilər, kafe, hədiyyə dükkanı yerləşir, tədbirlər keçirilir. Muzey kitabxanasında Minato Təhsil Şurasının nəşrləri və muzeyin öz sənədləri qorunur. Ziyarətçilər kitabxanada Minatonun tarixi və mədəniyyəti barədə məlumatlana bilərlər.

• — Minato Şəhər Tarix-Diyarşünaslıq Muzeyinin rəsmi saytı