Nazirlik öz fəaliyyətində Azərbaycan Respublikasının Konstitusiyasını, Azərbaycan Respublikasının qanunlarını, Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fərman və sərəncamlarını, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin qərar və sərəncamlarını, habelə Azərbaycan Respublikasının tərəfdar çıxdığı beynəlxalq müqavilələri, Nazirliyin əsasnaməsini və normativ-hüquqi aktlarını rəhbər tutmuşdur. Nazirlikdə işləmək üçün Milli Təhlükəsizlik Nazirliyi Heydər Əliyev adına Akademiyasına daxil olub burada təhsil ala bilərdilər.

Milli Təhlükəsizlik Nazirliyinin rəsmi internet saytı Nazirliyin başlıca fəaliyyət istiqamətləri barədə məlumatların ölkə və dünya ictimaiyyətinə ilk mənbədən çatdırılmasına xidmət etmişdir.

• İlhüseyn Pirhüseyn oğlu Hüseynov (7 noyabr 1991 – 16 may 1992)
• Fəxrəddin Ayət oğlu Təhməzov (16 may 1992 – 17 iyun 1993)
• Nəriman Şamo oğlu İmranov (3 iyul 1993 – 22 sentyabr 1994)
• Namiq Rəşid oğlu Abbasov (22 mart 1995 – 23 iyul 2004)
• Eldar Əhməd oğlu Mahmudov (23 iyul 2004 – 17 oktyabr 2015)

• Namiq Rəşid oğlu Abbasov (i. e. 17 iyun – 3 iyul 1993; 22 sentyabr 1994 – 22 mart 1995)
• Mədət Qəzənfər oğlu Quliyev (i. e. 20 oktyabr – 14 dekabr 2015)

• Azərbaycan Respublikasının Dövlət Təhlükəsizliyi Xidməti
• Azərbaycan Respublikasının Xarici Kəşfiyyat Xidməti