Meri Ceyn Patterson Henri Patterson və Emelin Eliza Teylor Pattersonun uşaqlarının ən böyüyü idi. Onun neçə bacısı olduğuna dair ziddiyyətli məlumatlar var, lakin əksər mənbələr yeddi ilə on arasında sitat gətirir. Henri Patterson kərpicçi və suvaqçı işləmişdir. Bəzi mənbələrdə onun köləlikdən azadlığını 1852-ci ildə əldə etdiyi bildirilsə də, əslində o, azad doğulmuşdu. Henri Patterson köləlik edən Emelini satın alaraq, 1838-ci ildə və yenidən 1840-cı ildə müvəffəqiyyətlə azad edilməsi üçün ərizə vermişdir. Cütlük 1840-cı və ya 1841-ci ildə Emelin azad edilənə qədər uşaq sahibi olmağı gözləmişdir. Onların böyük övladı Meri Ceyn Patterson 1844-cü ildə anadan olmuşdur. Beləliklə, ailənin qaçaq kölə olduğunu bildirən bəzi hesablara baxmayaraq, onlar 1852-ci ildə Şimali Karolina ştatının Ohayo ştatının abolitionist məskunlaşmaq üçün köçəndə əslində azad vətəndaşlar idilər.

1857-ci ildə Patterson Oberlində bir illik hazırlıq kursu keçmişdir. O, bunu Oberlindəki xanımlar üçün adi akademik cəhətdən daha az çətin olan iki illik kursla davam etdirməmişdir. Bunun əvəzinə o, yunan, latın dili və ali riyaziyyat modulları daxil olmaqla, "cənablar" üçün nəzərdə tutulmuş kursu izləməyi seçmişdir. Meri Ceyn Patterson bakalavr dərəcəsi əldə edən ilk afroamerikalı qadın idi.