Muzeyin açılışı 1921-ci ilin mayın 1-də baş vermişdi. Onun ilk direktoru pedaqoq D. Serdyukov idi. 1934-cü ildə muzeyə oblast səviyyəli qurum statusu verilmişdi. 1928-ci ildə muzey üç balaca otaq və bir dəhliz əhatə edirdi. Həmin üç otaqda tarix, təbiət, etnoqrafiya və arxeologiya şöbələri yerləşirdi. Muzeyin o zaman böyük sayda eksponat var idi, lakin muzey direktoru İ.P. Kurılo-Krımçak onların üçün yerin çatışmazlığını və onların sistemsiz təşkilatlanmasını tənqid edirdi.

Erkən 1930-cu illərində Kurılo-Krımçaq konservasiya işi aparmağa başlayıb, ordaki təbii qoruqları kənd təsərüfatı üçün zəbtindən müdafiə edirdi. Fəqət, 1935-ci ildə o, muzeydən qovulub və həbs edilmişdir. İkinci Dünya Müharibə zamanı alman işğalçıları onu Melitopolun meri vəzifəsinə təyyin ediblər və o, yenə də muzeydə direktor kimi işləməyə davam edib.

1967-ci ildə muzey Marks küçəsində (indiki Ğruşevski küçəsində) yerləşən Çernikovun villasına köçürülüb.

2022-ci ilin martın 10-da, Rusiya Melitopol şəhərini işğal edəndən sonra, Rusiya Silahlı Qüvvələri muzeyin direktoru olan Leyla İbrahimovanı öz evindən naməlum yerə alaraq, həbs ediblər. Verilən məlumata görə, Rusiya qoşunları arxeoloqların 1950-ci illərdə aşkar etdikləri Skif qızılını oğurlayıblar. İbrahimova xəbər verib ki, ümumilikdə, Rusiya qoşunları tərəfindən 198 qızıl eksponat, o cümlədən nadir qədim silahlar, gümüş sikkələr və xüsusi medallar oğurlanmışdı.

İkinci gildiyanın taciri İvan Çernikovun üç mərtəbəli imarəti 1913-cü ildə inşa olunmuşdu. Binanın daxili suvaq ilə bəzədilmişdir. İvan Yeqoroviç Çernikov iki dəfə (1891-1895 və 1901-1905) Melitopol Şəhər Dumasının sədri seçilmişdir. Çernikov qardaşlarının ticarət evi Melitopolda manufaktura təchizadı ilə məşqul idi. İmarətinin birinci mərtəbində yerləşən mağazada Zinger tikiş maşınları satılırdı. İkinci və üçüncü mərtəbə isə yaşayış üçün istifadə olunurdu.

1917-ci ildə Çernikovlar Fransaya mühacirət edib. 1920-ci ildə iyundan oktyabra qədər imarətdə qərargahı yerləşirdi. 1920-ci və 1930-cu illərində burda işçilər klubları yerləşirdi. İkinci Dünya Müharibəsi ərzində isə burda alman komendaturası, Melitopolun azad olunmasından sonra isə Kommunist Partiyasının və Komsomolun şəhər komitələri yerləşirdi. Uzun vaxt ərzində binanın birinci mərtəbəsində əmanət bankı yerləşirdi.

1967-ci ildə şəhər rəsmiləri binanı Şəhər Diyarşünaslıq Muzeyinə bağışlayıb. 2010-cu illərində binada yenidənqurma işləri keçirilib.

•  
  Buz dövrü faunasının qalıqları
•  
  Qızıl yay-ox qabı
•  
  Donuz
•  
  Ukrayna kənd evində bir otaq, XIX əsr
•  
  Otaq, XX əsr
•  
  Diorama
•  
  Vətəndaş müharibəsində Qızıl Ordu tərəfindən işlənilən bir taçanka (foyton növü), 1920
•  
  Böyük Vətən Müharibəsi zalı